Job Description P0AD42 Confidence 99.79% Date Thu Jan 5 11:19:57 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 132 % Identity 26% Template c2qyhD_ PDB info PDB header:structural genomics, unknown function Chain: D: PDB Molecule:hypothetical conserved protein, gk1056; PDBTitle: crystal structure of the hypothetical protein (gk1056) from2 geobacillus kaustophilus hta426 Resolution 2.60 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	V	V	F	F	D	L	D	G	T	L	H	Q	Q	D	M	F	G	S	F	L	R	Y	L	L	R	R	Q	P	L	N	A	L	L	V	L	P	L	L	P	I	I	A	I	A	L	L	I	K	G	R	A	A	R	W	P	M	S	L	L	L	W	G	C	T	F	G	H	S	E	A	R	L	Q	T	L	Q	A	D
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	K	I	V	F	F	D	I	D	G	T	L	L	D	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S	B	T	T	T	B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	V	R	W	F	R	D	N	V	T	A	F	P	L	V	Q	E	R	L	T	T	Y	L	L	S	S	D	A	D	I	W	L	I	T	G	S	P	Q	P	L	V	E	A	V	Y	F	D	T	P	W	L	P	R	V	N	L	I	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Q	L	P	L	S	T	I	E	A	V	R	R	L	K	Q	S	G	V	Y	V	A	I	A	T	G	R	A	P	F	X	F	E	H	V	R	K	Q	L	G	I	D	S	F	V	S	F	N	G	Q	Y	V	V	F	E	G	N	V	L	Y	K	Q	P	L	R	R	E	K	V	R	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																T	T								S	S		G	G	G	S								T							G	G	G	T					T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																																145	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	E	E	A	H	K	N	G	H	P	L	V	F	X	D	A	E	K	X	R	A	S	I	G	D	H	P	H	I	H	V	S	X	A	S	L	K	F	A	H	P	P	V	D	P	L	Y	Y	E	N	K	D	I	Y	Q	A	L	L	F	C	R	A	E	E	E	E	P	Y	V	R	N	Y	P	E	F	R	F	V	R
Template Known Secondary structure									T	T								S	S					S	S	T	T										T	T	T						B		T	T					S			S								T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.		.	.	.	.	.	.	.	.	210
Predicted Secondary structure																																																									.
Query SS confidence																																																									.
Query Sequence		Q	R	G	Y	G	G	W	V	L	T	M	R	C	L	G	H	E	K	V	A	Q	L	E	R	K	I	G	T	P	L	R	L	Y	S	G	Y	S	D	S	N	Q	D	N	P	L	L	Y	F	C	Q	H	R	W	R	V	.	T	P	R	G	E	L	Q	Q	L
Query Conservation																																																									.
Alig confidence																																																									.
Template Conservation
Template Sequence		W	H	D	V	S	T	D	V	L	P	A	G	G	S	K	A	E	G	I	R	X	X	I	E	K	L	G	I	D	K	K	D	V	Y	A	F	G	D	G	L	N	D	I	E	X	L	S	F	V	G	T	G	V	A	X	G	N	A	H	E	E	V	K	R	V
Template Known Secondary structure				T	T							T	T															T			G	G	G							S	G	G	G							S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions