Job Description P31456 Confidence 99.21% Date Thu Jan 5 11:47:48 GMT 2012 Rank 139 Aligned Residues 221 % Identity 14% Template c3kd9B_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:coenzyme a disulfide reductase; PDBTitle: crystal structure of pyridine nucleotide disulfide oxidoreductase from2 pyrococcus horikoshii Resolution 2.75 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.				.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.
Query Sequence		M	E	H	F	D	V	A	I	I	G	L	G	P	A	G	S	A	L	A	R	K	L	A	G	.	.	.	K	M	Q	V	I	A	L	D	K	K	H	Q	C	G	T	E	G	F	S	K	P	C	G	G	L	L	A	P	D	A	Q	R	S	F	I	R	D	G	L	T	L	P	V	D	V	I	A	N	P	Q	I	F	S
Query Conservation																										.	.	.
Alig confidence				.	.																					.	.	.
Template Conservation				.	.
Template Sequence		L	K	.	.	K	V	V	I	I	G	G	G	A	A	G	M	S	A	A	S	R	V	K	R	L	K	P	E	W	D	V	K	V	F	E	A	T	E	W	V	S	E	V	F	I	K	K	R	G	I	D	L	H	L	N	A	E	V	I	E	V	D	T	G	Y	V	R	V	R	E	N	G	G	E	K	S	Y	E	W	D
Template Known Secondary structure				.	.								S															T	T	S							S	S	S						T					T						T								T	T							T	T								S
Template Predicted Secondary structure				.	.
Template SS confidence
		3	.			.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	K	T	V	D	V	A	A	S	L	T	R	N	Y	Q	R	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	L	V	F	A	N	G	A	S	P	Q	V	P	A	I	E	G	V	N	L	K	G	V	F	T	A	D	L	P	P	D	A	L	A	I	R	E	Y	M	E	K	Y	K	V	E	N	V	V	I	I	G	G	G	Y	I	G	I	E	M	A	E	A	F	A	A	Q	G	K	N	V	T	M	I	V	R	G	E	R	V	L
Template Known Secondary structure																S	B				S	T	T				S		S												T	T	S											S												T	T	T								S	S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.			.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.
Query SS confidence																																																															.	.
Query Sequence		I	N	I	N	R	H	A	F	D	L	W	M	K	S	L	I	P	A	S	V	E	V	Y	H	D	S	L	C	R	K	I	W	R	E	D	D	K	W	H	V	I	F	R	A	D	G	W	E	Q	H	I	T	A	R	Y	L	V	G	A	D	G	.	.	A	N	S	M	V	R	R	H	L	Y	P	D	H	Q	I	R	K
Query Conservation																																																															.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.																.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.
Template Sequence		R	R	S	F	D	K	E	V	T	D	I	L	E	E	K	L	K	K	H	V	N	L	R	L	Q	E	I	T	M	K	I	E	G	E	E	R	V	E	K	V	V	T	.	.	.	.	D	A	G	E	Y	K	A	E	L	V	I	L	A	T	G	I	K	P	N	I	E	L	A	K	Q	L	G	V	R	I	G	E	T	G
Template Known Secondary structure		T	T	T	S													T	T	T	S					S								B	S	S	S	B						.	.	.	.	T	T						S						S											T	T	T			B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.					.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	V	A	I	Q	Q	W	F	A	E	K	H	P	V	P	F	Y	S	C	I	F	D	N	S	I	T	N	C	Y	S	W	S	I	S	K	D	G	Y	F	I	F	G	G	A	Y	P	M	K	D	G	Q	T	R	F	T	T	L	K	E	K	M	S	A	F	Q	F	Q	F	G	K	T	V	K	S	E	K	C	T	V	L
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	I	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		261	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.						.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		F	P	S	R	W	Q	D	F	V	C	G	K	D	N	A	F	L	I	G	E	A	A	G	F	I	S	A	S	S	L	E	G	.	.	.	.	.	I	S	Y	A	L	D	S	T	D	I	L	R	S	V	L	L	K	Q	P	E	K	L
Query Conservation																																		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																														.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	T	N	E	K	M	Q	T	S	V	E	N	V	Y	A	A	G	D	V	A	E	T	R	H	V	I	T	G	R	R	V	W	V	P	L	A	P	A	G	N	K	M	G	Y	V	A	G	S	N	I	A	G	K	E	L	H	F
Template Known Secondary structure		.	.	.			T	T		B		S	S	T	T					G	G	G	B				B	T	T	T		S																						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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