Job Description P31456 Confidence 99.17% Date Thu Jan 5 11:47:48 GMT 2012 Rank 146 Aligned Residues 296 % Identity 14% Template c2xagA_ PDB info PDB header:transcription Chain: A: PDB Molecule:lysine-specific histone demethylase 1; PDBTitle: crystal structure of lsd1-corest in complex with para-bromo-2 (-)-trans-2-phenylcyclopropyl-1-amine Resolution 3.10 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.		.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.													.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Query SS confidence																									.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Query Sequence		E	H	F	D	V	A	I	I	G	L	G	P	A	G	S	A	L	A	R	K	L	A	G	.	K	M	Q	V	I	A	L	D	K	K	H	Q	C	G	T	E	G	F	S	K	P	C	G	G	L	L	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	Q	R	S	F	I	R	D	G	L	T	.	.	.	.
Query Conservation																									.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Alig confidence																									.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	T	G	K	V	I	I	I	G	S	G	V	S	G	L	A	A	A	R	Q	L	Q	S	F	G	M	D	V	T	L	L	E	A	R	D	R	V	G	G	R	V	A	T	F	R	K	G	N	Y	V	A	D	L	G	A	M	V	V	T	G	L	G	G	N	P	M	A	V	V	S	K	Q	V	N	M	E	L	A	K	I
Template Known Secondary structure												S													T	T								S	S	S	S	S		T	T							T	T					S	S							S	B	T										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Q	K	C	P	L	Y	E	A	N	G	Q	A	V	P	K	E	K	D	E	M	V	E	Q	E	F	N	R	L	L	E	A	T	S	Y	L	S	H	Q	L	D	F	N	V	L	N	N	K	P	V	S	L	G	Q	A	L	E	V	V	I	Q	L	Q	E	K	H	V	K	D	E	Q	I	E	H	W	K	K	I	V	K
Template Known Secondary structure										T	T	S		B																										T	S						T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	Q	E	E	L	K	E	L	L	N	K	M	V	N	L	K	E	K	I	K	E	L	H	Q	Q	Y	K	E	A	S	E	V	K	P	P	R	D	I	T	A	E	F	L	V	K	S	K	H	R	D	L	T	A	L	C	K	E	Y	D	E	L	A	E	T	Q	G	K	L	E	E	K	L	Q	E	L	E	A	N	P	P
Template Known Secondary structure																																	S		S	S																																				T	T						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
																			65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	V	D	V	I	A	N	P	Q	I	F	S	V	K	T	V	D	V	A	A	S	L	T	R	N	Y	Q	R	S	Y	I	N	I	N	R	H	A	F	D	L	W	M	K	S	L	I	P	A	S	V	E	V	Y	H	D	S	L	C	R	K	I	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Template Conservation																																																							.	.
Template Sequence		S	D	V	Y	L	S	S	R	D	R	Q	I	L	D	W	H	F	A	N	L	E	F	A	N	A	T	P	L	S	T	L	S	L	K	H	W	D	Q	D	D	D	F	E	F	T	G	S	H	L	T	V	R	N	.	.	G	Y	S	C	V	P	V	A	L	A	E	G	L	D	I	K	L	N	T	A	V	R	Q	V	R
Template Known Secondary structure			S		S	S		T	T																	T	S		T	T	T	B	B	T	T	T	T	T	G	G	G	G	G			B	S						T	T	.	.		T	T							T	T	T						S
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.
Template SS confidence
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.			570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.				140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.																.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	E	D	D	K	W	H	V	I	F	R	A	.	.	.	D	G	W	E	Q	H	I	T	A	R	Y	L	V	G	A	D	G	A	N	S	M	V	R	R	H	L	Y	P	D	H	Q	I	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	A	I	Q	Q	W	F	A	E	K	H	P	V	P	F
Query Conservation														.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	T	A	S	G	C	E	V	I	A	V	N	T	R	S	T	S	Q	T	F	I	Y	K	C	D	A	V	L	C	T	L	P	L	G	V	L	K	Q	Q	P	P	A	V	Q	F	V	P	P	L	P	E	W	K	T	S	A	V	Q	R	M	G	F	G	N	L	N	K	V	V	L	C	F	D	R	V	F	W	D	P	S
Template Known Secondary structure				T	T									S	S	S	T	T								S														S	S		S	S				S													S													S	S			S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.
		190	.	.	.	.	.	.	.						.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.					.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Query Sequence		Y	S	C	I	F	D	N	S	.	.	.	.	.	I	T	N	C	Y	S	W	S	I	S	K	D	G	Y	F	I	F	G	G	A	Y	.	.	.	.	P	M	K	D	G	Q	T	R	F	T	T	L	K	E	K	M	S	A	F	Q	F	Q	F	G	K	T	V	K	S	E	K	C	T	V	L	F	P	S	R	W	Q	D
Query Conservation										.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	N	L	F	G	H	V	G	S	T	T	A	S	R	G	E	L	F	L	F	W	N	L	Y	K	A	P	I	L	L	A	L	V	A	G	E	A	A	G	I	M	E	N	I	S	D	D	V	I	V	G	R	C	L	A	I	L	K	G	I	F	G	S	S	A	V	P	Q	P	K	E	T	V	V	S	R	W	R	A	D
Template Known Secondary structure										S	S	S	T	T	T	T	T	T							S	S	S	S														G	G	G	S																			T	T	T					S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		675	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.
		261	.	.	.	.	.																																			.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	V	C	G	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	F	L	I	G	E	A	A	G	F	I	S	A	S	S	L	E	G	I	S	Y	A	L	D	S	T	D	I	L	R	S	V	L	L	K
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.
Template Sequence		P	W	A	R	G	S	Y	S	Y	V	A	A	G	S	S	G	N	D	Y	D	L	M	A	Q	P	I	T	P	G	P	S	I	P	G	A	P	Q	P	I	P	R	L	F	F	A	G	E	H	T	I	R	N	Y	P	.	.	.	A	T	V	H	G	A	L	L	S	G	L	R	E	A	G	R	I	A	D
Template Known Secondary structure		T	T	T	S	S	S					B	T	T			T	T					T	T	S		B					S	S	T	T												S	G	G	G		T	T	S	T	.	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.
Template SS confidence
		755	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.				.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.