Job Description P31456 Confidence 99.65% Date Thu Jan 5 11:47:48 GMT 2012 Rank 47 Aligned Residues 298 % Identity 19% Template c1ltxR_ PDB info PDB header:transferase/protein binding Chain: R: PDB Molecule:rab escort protein 1; PDBTitle: structure of rab escort protein-1 in complex with rab2 geranylgeranyl transferase and isoprenoid Resolution 2.70 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.		.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50
Predicted Secondary structure																								.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	H	F	D	V	A	I	I	G	L	G	P	A	G	S	A	L	A	R	K	L	A	.	G	K	M	Q	V	I	A	L	D	K	K	H	Q	C	G	T	E	G	F	S	K	P	C	G	G	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																								.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	F	D	V	I	V	I	G	T	G	L	P	E	S	I	I	A	A	A	C	S	R	S	G	Q	R	V	L	H	V	D	S	R	S	Y	Y	G	G	N	W	A	S	F	S	F	S	G	L	L	S	W	L	K	E	Y	Q	E	N	T	E	N	S	M	W	Q	E	Q	I	L	E	N	E	E	A	I	P	L	S	S
Template Known Secondary structure		S	B		S							S													T	T								S	S	S	S	S		G	G	G														T	T	T								G	G	G	G	S		T	T						B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	D	K	T	I	Q	H	V	E	V	F	C	Y	A	S	Q	D	K	N	R	I	T	Y	S	Q	I	I	K	E	G	R	R	F	N	I	D	L	V	S	K	L	L	Y	S	R	G	L	L	I	D	L	L	I	K	S	N	V	S	R	Y	A	E	F	K	N	I	T	R	I	L	A	F	R	E	G	T	V	E	Q	V
Template Known Secondary structure		S													S	T	T													T	G	G	G					S	S						T	T	S										T	G	G	G	G														T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
																																												51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	D	A	Q	R	S	F	I	R	D	G	L	T	L	P	V	D	V	I	A	N	P	Q	I	F	S	V	K	T	V	D	V	A	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	C	S	R	A	D	V	F	N	S	K	Q	L	T	M	V	E	K	R	M	L	M	K	F	L	T	F	C	V	E	Y	E	E	H	P	D	E	Y	R	A	Y	E	G	T	T	F	S	E	Y	L	K	T	Q	K	L	T	P	N	L	Q	Y	F	V	L	H	S	I	A	M	T	S	T	S	C	T	V	D	G	L	K
Template Known Secondary structure				S								S	S	S																T	T	G	G	G		G	G	G	T	G	G	G	T	T	S	B								S	S											T	T	T	S						B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
							85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.				.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.		.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																		.	.	.													.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																		.	.	.													.
Query Sequence		.	.	.	.	.	A	S	L	T	R	N	Y	Q	R	S	Y	I	N	I	N	R	H	.	.	.	A	F	D	L	W	M	K	S	L	I	P	A	.	S	V	E	V	Y	H	D	S	L	C	R	K	I	W	R	E	D	D	K	W	H	V	I	F	R	A	D	G	W	E	Q	H	I	T	A	R	Y	L	V	G	A	D
Query Conservation		.	.	.	.	.																		.	.	.													.
Alig confidence		.	.	.	.	.																		.	.	.													.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	K	K	F	L	Q	C	L	G	R	Y	G	N	T	P	F	L	F	P	L	Y	G	Q	G	E	L	P	Q	C	F	C	R	M	C	A	V	F	G	G	I	Y	C	L	R	H	S	V	Q	C	L	V	V	D	K	E	S	R	K	C	K	A	V	I	D	Q	F	G	Q	R	I	I	S	K	H	F	I	I	E	D
Template Known Secondary structure								T	T	T	T	S	S	S	S	S	S					T	T		T	T													T	T					T	T										T	T	T									T	T							S						G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.						.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.								.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	A	N	S	M	V	R	R	H	L	Y	P	D	H	Q	I	R	K	Y	V	A	I	Q	Q	W	F	A	E	K	H	P	V	P	F	Y	S	C	I	F	.	.	.	.	.	D	N	S	I	T	N	C	Y	S	W	S	I	.	.	.	.	.	.	.	S	K	D	G	Y	F	I	F	G	G	A	Y	P	M	K	D	G
Query Conservation																																									.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	Y	L	S	E	N	T	C	S	R	V	Q	Y	R	Q	I	S	R	A	V	L	I	T	D	G	S	V	L	K	T	D	A	D	Q	Q	V	S	I	L	T	V	P	A	E	E	P	G	S	F	A	V	R	V	I	E	L	C	S	S	T	M	T	C	M	K	G	T	Y	L	V	H	L	T	C	M	S	S	K	T	A
Template Known Secondary structure		G	G	B		T	T	T	T	S	S														S	S		S	S			S	S													S	S	S											G	G	G	S	S	S		T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.						.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	T	R	F	T	T	L	K	E	K	M	S	A	F	Q	F	Q	F	G	K	T	V	K	S	E	K	C	T	V	L	F	P	S	R	W	Q	D	F	V	C	G	K	.	.	.	.	.	D	N	A	F	L	I	G	E	A	A	G	F	I	S	A	S	S	L	E	G	I	S	Y	A	L	D	S	T	D	I	L	R	S
Query Conservation																																												.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	E	D	L	E	R	V	V	Q	K	L	F	T	P	Y	T	E	I	E	E	K	P	R	L	L	W	A	L	Y	F	N	M	R	D	S	S	D	I	S	R	D	C	Y	N	D	L	P	S	N	V	Y	V	C	S	G	.	.	.	.	.	.	P	D	S	G	L	G	N	D	N	A	V	K	Q	A	E	T	L	F	Q
Template Known Secondary structure																		S																				S			G	G	G	S	S	S			T	T							.	.	.	.	.	.			S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.							.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
		299	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	L	K	Q	P	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	I	C	P	N	E	D
Template Known Secondary structure				S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		594	.	.	.	.	.	600