Job Description P00490 Confidence 99.45% Date Thu Jan 5 10:56:40 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 348 % Identity 13% Template c3o3cD_ PDB info PDB header:transferase Chain: D: PDB Molecule:glycogen [starch] synthase isoform 2; PDBTitle: glycogen synthase basal state udp complex Resolution 3.51 Å

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		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Q	C	A	C	S	V	A	D	I	L	R	R	H	H	L	A	G	R	K	L	H	E	L	A	D	Y	E	V	I	Q	L	N	D	T	H	P	T	I	A	I	P	E	L	L	R	V	L	I	D	E	H	Q	M	S	W	D	D	A	W	A	I	T	S	K	T	F	A	Y	T	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	T	V	A	W	F	L	G	E	V	A	H	L	D	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	A	I	V	A	H	F	H	E	W	L	A	G	V	A	L	P	L	C	R	K	R	R	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	T	I	F	T	T	H	A	T	L	L	G	R	Y	L
Template Known Secondary structure																	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.									S	G	G	G		T								T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160										.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.															.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
					347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	T	L	M	P	E	A	L	E	R	W	D	V	K	L	V	K	G	L	L	P	R	H	M	Q	I	I	N	E	I	N	T	R	F	K	T	L	V	E	K	T	W	P	G	D	E	K	V	W	A	K	L	A	V	V	H	D	K	Q	V	H	M	A	N	L	C	V	V	G	G	F	A	V	N	G	V	A	A
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	A	S	G	D	F	Y	N	C	L	E	S	V	D	V	D	H	E	A	G	R	F	G	I	Y	H	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	C	I	E	R	A	A	A	H	S	A	D	V	F	T	T	V	S	Q
Template Known Secondary structure			T	T				T	T	G	G	G	G											T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	H	S	D	L	V	V	K	D	L	F	P	E	Y	H	Q	L	W	P	N	K	F	H	N	V	T	N	G	I	T	P	R	R	W	I	K	Q	C	N	P	A	L	A	A	L	L	D	K	S	L	Q	K	E	W	A	N	D	L	D	Q	L	I	N	L	E	K	F	A	D	D	A	K	F	R	Q	Q	Y	R	E	I
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.										.	.											.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.										.	.											.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	T	A	F	E	A	E	H	.	.	.	.	.	L	L	K	R	K	P	D	G	I	.	.	L	P	N	G	L	N	V	I	K	F	.	.	.	.	Q	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	K
Template Known Secondary structure										.	.	.	.	.			S				S			.	.					B		G	G	G	T	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.										.	.											.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.						.	.	260	.	.	.	.	.	.			.	.	.	270	.	.	.	.	.	.					.	.	.																																					280	.	.
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580
Predicted Secondary structure																																						.																																										.	.
Query SS confidence																																						.																																										.	.
Query Sequence		K	Q	A	N	K	V	R	L	A	E	F	V	K	V	R	T	G	I	E	I	N	P	Q	A	I	F	D	I	Q	I	K	R	L	H	E	Y	.	K	R	Q	H	L	N	L	L	H	I	L	A	L	Y	K	E	I	R	E	N	P	Q	A	D	R	V	P	R	V	F	L	F	G	A	K	A	A	P	G	Y	Y	.	.
Query Conservation																																						.																																										.	.
Alig confidence																								.														.						.																																				.	.
Template Conservation																								.																				.
Template Sequence		K	E	K	I	N	D	F	V	R	G	H	F	H	G	C	F	D	F	D	L	D	N	.	T	L	Y	F	F	I	A	G	R	Y	E	Y	K	N	K	G	A	D	M	.	F	I	E	A	L	A	R	L	N	Y	R	L	K	V	S	G	S	K	K	T	V	V	A	F	I	V	M	P	A	K	N	N	S	F	T	V	E
Template Known Secondary structure													S	T	T				S		G	G	G	.								S	S							T				.															T	T		S												S
Template Predicted Secondary structure																								.																				.
Template SS confidence
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.		.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330		.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
				581	.	.	.	.	.	.																																																																	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	L	A	K	N	I	I	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	I	N	K	V	A	D
Query Conservation		.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	K	G	Q	A	E	V	R	A	L	E	N	T	V	H	E	V	T	T	S	I	G	K	R	I	F	D	H	A	I	R	Y	P	E	L	L	K	S	S	D	K	V	M	L	K	R	R	I	L	A	L	R	R	P	E	G	Q	L	P	P	I	V	T	H	N	M	V	D	D	A	N	D	L	I	L	N	K	I	R
Template Known Secondary structure																																						S														T	T				T	T					S	B	S				T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
		595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.								.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	I	N	N	D	P	L	V	G	D	K	L	K	V	V	F	L	P	D	.	.	.	.	.	.	.	Y	C	V	S	A	A	E	K	L	I	P	A	A	D	I	S	E	Q	I	S	T	A	G	K	E	A	S	G	T	G	N	M	K	L	A	L	N	G	A	L	T	V	G	T	L	D	G	A	N	V	E	I	A	E
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation																																																	.	.
Template Sequence		Q	V	Q	L	F	N	S	P	S	D	R	V	K	M	I	F	H	P	E	F	L	N	A	N	N	P	I	L	G	L	D	Y	D	E	F	V	R	G	C	H	L	G	V	F	P	S	Y	.	.	Y	E	P	W	G	Y	T	P	A	E	C	T	V	M	G	V	P	S	I	T	T	N	V	S	G	F	G	S	Y	M	E
Template Known Secondary structure			T	T					T	T		S								S				T	T		S	S												S	S							S	.	.	S	B	S	S										T	T							S	S	B
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.			.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	V	G	E	E	N	I	F	I	F	G	H	T	V	E	Q	V	K	A	I	L	A	K	G	Y	D	P	V	K	W	R	K	K	D	K	V	L	D	A	V	L	K	E	L	E	S	G	K	Y	S	D	G	D	K	H	A	F	D	Q	M	L	H	S	I	G	K	Q	G	G	D	P	Y	L	V	M	A	D	F	A	A
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	L	A	K	D	Y	G	I	Y	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	R	R	F	K	A	P	D	E	S	V	E	Q	L	V	D	Y	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T			G	G	G	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		539	540	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
		748	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.			.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790
Predicted Secondary structure																														.	.
Query SS confidence																														.	.
Query Sequence		Y	V	E	A	Q	K	Q	V	D	V	L	Y	R	D	Q	E	A	W	T	R	A	A	I	L	N	T	A	R	.	.	C	G	M	F	S	S	D	R	S	I	R	D	Y	Q	A
Query Conservation																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	F	V	K	K	T	A	A	Q	A	I	N	Q	R	N	R	T	E	R	L	S	D	L	L	D	W	K	R	M	G	L	E	Y	V	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.					T																	G	G	G	G	B					T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.