Job Description P39276 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:58:45 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 411 % Identity 12% Template d1pv7a_ SCOP info MFS general substrate transporter MFS general substrate transporter LacY-like proton/sugar symporter Resolution 3.60

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	I	Y	Y	I	V	A	I	Q	I	W	E	Y	F	S	F	Y	G	M	R	A	L	L	I	L	Y	L	T	H	Q	L	G	F	D	D	N	H	A	I	S	L	F	S	A	Y	A	S	L	V	Y	V	T	P	I	L	G	G	W	L	A	D	R	L	L	G	N	R	T	A	V	I	A	G	A	L	L	M	T	L
Query Conservation
Alig confidence																																																																		.
Template Conservation																																																																		.
Template Sequence		T	N	F	W	M	F	G	L	F	F	F	F	Y	F	F	I	M	G	A	Y	F	P	F	F	P	I	W	L	H	D	I	N	H	I	S	K	S	D	T	G	I	I	F	A	A	I	S	L	F	S	L	L	F	Q	P	L	F	G	L	L	S	D	K	L	.	G	L	R	K	Y	L	L	W	I	I	T	G	M	L	V
Template Known Secondary structure																																																						T												.	T	T		T
Template Predicted Secondary structure																																																																		.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	H	V	V	L	G	I	D	T	N	S	T	F	S	L	Y	L	A	L	A	I	I	I	C	G	Y	G	L	F	K	S	N	I	S	C	L	L	G	E	L	Y	D	E	N	D	H	R	R	D	G	G	F	S	L	L	Y	A	A	G	N	I	G	S	I	A	A	P	I	A	C	G	L	A	A	Q	W	Y	G	W	H
Query Conservation
Alig confidence									.
Template Conservation									.
Template Sequence		M	F	A	P	F	F	I	.	F	I	F	G	P	L	L	Q	Y	N	I	L	V	G	S	I	V	G	G	I	Y	L	G	F	C	F	N	A	G	A	P	A	V	E	A	F	I	E	K	V	S	R	R	S	N	F	E	F	G	R	A	R	M	F	G	C	V	G	W	A	L	G	A	S	I	V	G	I	M	F	T	I
Template Known Secondary structure		T							.		T							T	T								T	T	T	T	G	G	G	G	G	T	T																	S
Template Predicted Secondary structure									.
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.		.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	F	A	L	A	G	G	G	M	F	I	G	L	L	I	F	L	S	G	H	R	H	F	Q	S	T	R	S	M	D	K	K	A	L	T	S	V	K	F	A	L	P	V	W	S	W	L	V	V	M	L	C	L	A	P	V	F	F	T	L	L	L	E	N	D	W	S	G	Y	L	L	A	I	V	C	L	I	A	A
Query Conservation
Alig confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	N	Q	F	V	F	W	L	G	S	G	C	A	L	I	L	A	V	L	L	F	F	A	K	T	D	A	P	S	S	A	T	V	A	N	A	V	G	A	N	H	S	A	F	S	L	K	L	A	L	E	L	F	R	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																							S	S				S		S	S	S		S	S					S														T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	I	I	A	R	M	M	I	K	F	P	E	H	R	R	A	L	W	Q	I	V	L	L	M	F	V	G	T	L	F	W	V	L	A	Q	Q	G	G	S	T	I	S	L	F	I	D	R	F	V	N	R	Q	A	F	N	I	E	V	P	T	A	L	F	Q	S	V	N	A	I	A	V	M	L	A	G	V	V	L	A	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	W	F	L	S	L	Y	V	I	G	V	S	C	T	Y	D	V	F	D	Q	Q	F	A	N	F	F	T	S	F	F	A	T	G	E	Q	G	T	R	V	F	G	Y	V	T	T	M	G	E	L	L	N	A	S	I	M	F	F	A	P	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												T	T	S	S	S																									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																					221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	S	P	E	S	R	G	N	S	T	L	R	V	W	L	K	F	A	F	G	L	L	L	M	A	C	G	F	M	L	L	A	F	D	A	R	H	A	A	A	D	G	Q	A	S	M	G	V	M	I	S	G	L	A	L	M	G	F	A	E	L	F	I	D	P	V	A	I	A	Q	I	T	R	L	K	M	S	G	V
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	I	N	R	I	G	G	K	N	A	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	G	T	I	M	S	V	R	I	I	G	S	S	F	A	T	S	A	L	E	V	V	I	L	K	T	L	H	M	F	E	V	P	F	L	L	V	G	C	F	K	Y	I	T	S	Q	F	E	V	R	F	S	A	T
Template Known Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T																																	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.														.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	G	I	Y	M	L	A	T	G	A	V	A	N	W	L	A	G	V	V	A	Q	Q	T	T	E	S	Q	I	S	G	M	A	I	A	A	Y	Q	R	F	F	S	Q	M	G	E	W	T	L	A	C	V	A	I	I	V	V	L	A	F	A	T	R	F	L	F	S	T	P	T	N	M	I	Q	E	S
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	Y	L	V	C	F	C	F	F	K	Q	L	A	M	I	F	M	S	V	L	A	G	N	M	Y	E	S	I	.	.	.	.	.	.	.	G	F	Q	G	A	Y	L	V	L	G	L	V	A	L	G	F	T	L	I	S	V	F	T	L	S	G	P	G	P	L	S	L	L	R	R	Q	V	N	E	V	A
Template Known Secondary structure								T	T	T																				.	.	.	.	.	.	.																								S			S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.								.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.