Job Description P15038 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:22 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 431 % Identity 31% Template c3lfuA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:dna helicase ii; PDBTitle: crystal structure of e. coli uvrd Resolution 1.80 Å

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		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.			.	270	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.
Query SS confidence																																																																												.	.
Query Sequence		S	P	L	N	P	A	Q	A	R	A	V	V	N	G	E	H	S	L	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	S	V	L	V	A	R	A	G	W	L	L	A	R	G	E	A	S	P	E	Q	I	L	L	L	A	F	G	R	K	A	A	E	E	M	D	E	R	I	R	E	R	L	H	T	E	.	.	D	I	T	A
Query Conservation																																																																												.	.
Alig confidence																																																																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	S	L	N	D	K	Q	R	E	A	V	A	A	P	R	S	N	L	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	R	V	L	V	H	R	I	A	W	L	M	S	V	E	N	C	S	P	Y	S	I	M	A	V	T	F	T	N	K	A	A	A	E	M	R	H	R	I	G	Q	L	M	G	T	S	Q	G	G	M	W	V
Template Known Secondary structure		T	T										T			S	S								T	T	S																T	S				G	G	G						S	S																	S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	T	F	H	A	L	A	L	H	I	I	Q	Q	G	S	K	K	V	P	I	V	S	K	L	E	N	D	T	A	A	R	H	E	L	F	I	A	E	W	R	K	Q	C	S	E	K	K	A	Q	A	K	G	W	R	Q	W	L	T	E	E	M	Q	W	S	V	P	E	G	N	F	W	D	D	E	K	L	Q	R	R	L
Query Conservation
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	T	F	H	G	L	A	H	R	L	L	R	A	H	H	M	D	A	N	L	P	Q	D	F	Q	I	L	D	S	E	D	Q	L	R	L	L	K	R	L	I	K	A	M	N	L	D	E	K	Q	W	P	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	A
Template Known Secondary structure															T	T	G	G	G	T			T	T																				T	T			T	T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										140	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.						.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	R	L	D	R	W	V	S	L	M	R	M	H	G	G	A	Q	A	E	M	I	A	S	A	P	E	E	I	R	D	L	F	S	K	R	I	K	L	M	A	P	L	L	K	A	W	K	G	A	L	K	A	E	N	A	V	D	F	S	G	L	I	H	Q	A	I	V	I	L	E	K	G	R	.	.	.	.	.	F
Query Conservation																																																																												.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	W	Y	I	N	S	Q	K	D	E	G	L	R	P	H	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	N	P	V	E	Q	T	W	Q	K	V	Y	Q	A	Y	Q	E	A	C	D	R	A	G	L	V	D	F	A	E	L	L	L	R	A	H	E	L	W	L	N	K	P	H	I	L	Q	H	Y
Template Known Secondary structure											T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	S	P	W	K	H	I	L	V	D	E	F	Q	D	I	S	P	Q	R	A	A	L	L	A	A	L	R	K	Q	N	S	Q	T	T	L	F	A	V	G	D	D	W	Q	A	I	Y	R	F	S	G	A	Q	M	S	L	T	T	A	F	H	E	N	F	G	E	G	E	R	C	D	L	D	T	T	Y	R	F	N	S	R
Query Conservation
Alig confidence																													.	.
Template Conservation																													.	.
Template Sequence		R	E	R	F	T	N	I	L	V	D	E	F	Q	D	T	N	N	I	Q	Y	A	W	I	R	L	L	A	.	.	G	D	T	G	K	V	M	I	V	G	D	D	D	Q	S	I	Y	G	W	R	G	A	Q	V	E	N	I	Q	R	F	L	N	D	F	P	G	A	E	T	I	R	L	E	Q	N	Y	R	S	T	S	N
Template Known Secondary structure											S	S	G	G	G														.	.	T	T	T									G	G	G				G	G	G	T			T	T										T	T								B		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.
Template SS confidence
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.			.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.							.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	G	E	V	A	N	R	F	I	Q	Q	N	P	G	Q	L	K	K	P	L	N	S	L	T	N	G	D	K	K	A	V	T	L	L	.	.	.	.	.	.	D	E	S	Q	L	D	A	L	L	D	K	L	S	G	Y	A	K	P	E	E	R	I	L	I	L	A	R	Y	H	H	M	R	P	A	S	L	E	K	A	A
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	L	S	A	A	N	A	L	I	E	N	N	N	G	R	L	G	K	K	L	W	T	D	G	A	D	G	E	P	I	S	L	Y	C	A	F	N	E	L	D	E	A	R	F	V	V	N	R	I	K	T	W	Q	D	N	G	G	A	L	A	E	C	A	I	L	Y	R	S	N	A	Q	S	R	V	L	E	E	A	L	L
Template Known Secondary structure											T	T		S	S							B		S	S																															T	T			G	G	G						S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		582
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	A	S	M	P	Y	R	I	Y	G	G	M	R	F	F	E	R	Q	E	I	K	D	A	L	S	Y	L	R	L	I	A	N	R	N	D	D	A	A	F	E	R	V	V	N	T	P	T	R	G	I	G	D	R	T	L	D	V	V	R	Q	T	S	R	D	R	Q	L	T	L	W	Q	A	C	R	E	L	L	Q	E	K
Template Known Secondary structure			T	T						S	S	S			G	G	G	S																T	T									T	T	S	S																			T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	A	G	R	A	A	S	A	L	Q	R	F	M	E	L	I	D	A	L	A	Q	E	T	A	D	M	P	L	H	V	Q	T	D	R	V	I	K	D	S	G	L	R	T	M	Y	E	Q	E	K	G	E	K	G	Q	T	R	I	E	N	L	E	E	L	V	T	A	T	R	Q	F	S	E	D	L	M	P	L	Q	A
Template Known Secondary structure			S																						T	T	T	S													T	S							T	S		S																								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
															583	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	W	P	K	L	Q	I	D	F	M	T	I	H	A	S	K	G	Q	Q	A	D	Y	V	I	I	V	G	L	Q	E	G	S	D	G	F	P	A	A	A	R	E	S	I	M	E	E	A	L	L	P	P	V	E	D	F	P	D	A	E	E	R	R	L	M	Y	V	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	L	S	H	A	A	L	E	G	E	G	Q	A	D	T	W	Q	D	A	V	Q	L	M	T	L	H	S	A	K	G	L	E	F	P	Q	V	F	I	V	G	M	E	E	G	M	F	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	M	S	L	G	G	R	L	E	E	E	R	R	L	A	Y	V	G
Template Known Secondary structure												S	S		S	S										T	G	G	G	T	T												B	T	B	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580															.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.											.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	R	A	R	H	R	V	W	A	L	F	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	N	P	S	P	F	V	E	I	L	K	N	L	D	V	P	V	A	R
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	R	A	M	Q	K	L	T	L	T	Y	A	E	T	R	R	L	Y	G	K	E	V	Y	H	R	P	S	R	F	I	G	E	L	P	E	E	C	V	E	E	V	R
Template Known Secondary structure			T	T																T	T							B							S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		603	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.