Job Description P15038 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:22 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 363 % Identity 20% Template c2xzlA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent helicase nam7; PDBTitle: upf1-rna complex Resolution 2.40 Å

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		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.			.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.
Query SS confidence														.	.
Query Sequence		P	L	N	P	A	Q	A	R	A	V	V	N	.	.	G	E	H	S	L	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	S	V	L	V	A	R	A	G	W	L	L	A	R	G	E	A	S	P	E	Q	I	L	L	L	A	F	G	R	K	A	A	E	E	M	D	E	R	I	R	E	R	L	H	T	E	D	I	T	A	R
Query Conservation														.	.
Alig confidence														.	.																																	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	N	S	S	Q	S	N	A	V	S	H	V	L	Q	R	P	L	S	L	I	Q	G	P	P	G	T	G	K	T	V	T	S	A	T	I	V	Y	H	L	S	K	I	H	K	D	.	.	.	R	I	L	V	C	A	P	S	N	V	A	V	D	H	L	A	A	K	L	R	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															T	T		S							S	T	T	S	S																			.	.	.							S	S														T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.				.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	F	H	A	L	A	L	H	I	I	Q	Q	G	S	K	K	V	P	I	V	S	K	L	E	N	D	T	A	A	R	H	E	L	F	I	A	E	W	R	K	Q	C	S	E	K	K	A	Q	A	K	G	W	R	Q	W	L	T	E	E	M	Q	W	S	V	P	E	G	N	F	W	D	D	E	K	L	Q	R	R	L	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	G	L	K	V	V	R	L	T	A	K	S	R	E	D	V	E	S	S	V	S	N	L	A	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	T									G	G	G	T	T	S			T	T	G	G	G	B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
							476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	R	L	D	R	W	V	S	L	M	R	M	H	G	G	A	Q	A	E	M	I	A	S	A	P	E	E	I	R	D	L	F	S	K	R	I	K	L	M	A	P	L	L	K	A	W	K	G	A	L	K	A	E	N	A	V	D	F	S	G	L	I	H	Q	A	I	V	I	L	E	K	G	R	F	I	S	P	W	K	H
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	N	L	V	G	R	G	A	K	G	E	L	K	N	L	L	K	L	K	D	E	V	G	E	L	S	A	S	D	T	K	R	F	V	K	L	V	R	K	T	E	A	E	I	L	N	K	A	D	V	V	C	C	.	.	.	.	.	T	C	V	G	A	G	D	K	R	L	D	T	K	F	R	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.					T	T			T													S																								T		S					.	.	.	.	.		T	T	G	G	G		T	T			S			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
									501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.						.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.								.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	L	V	D	E	F	Q	D	I	S	P	Q	R	A	A	L	L	A	A	L	R	K	Q	N	S	Q	T	T	L	F	A	V	G	D	D	W	Q	A	I	Y	.	.	.	.	.	.	.	R	F	S	G	A	Q	M	S	L	T	T	A	F	H	E	N	F	G	E	G	E	R	C	D	L	D	T	T	Y	R	F	N	S
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation																.	.	.	.																																														.	.
Template Sequence		V	L	I	D	E	S	T	Q	A	S	E	P	E	C	.	.	.	.	L	I	P	I	V	K	G	A	K	Q	V	I	L	V	G	D	H	Q	Q	L	G	P	V	I	L	E	R	K	A	A	D	A	G	L	K	Q	S	L	F	E	R	L	I	S	L	.	.	G	H	V	P	I	R	L	E	V	Q	Y	R	M	N	P
Template Known Secondary structure					T	T	G	G	G	S						.	.	.	.					T	T	T	B	S								T	T	S													T	T	T	T										T	.	.	T											S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.																																														.	.
Template SS confidence
		569	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.					.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.			.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.
		507	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	I	G	E	V	A	N	R	F	I	Q	Q	N	P	G	Q	L	K	K	P	L	N	S	L	T	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	K	A	V	T	L	L	D	E	S	Q	L	D	A	L	L	D	K	L	S	G	Y	A	K	P
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	L	S	E	F	P	S	N	M	F	Y	E	G	S	L	Q	N	G	V	T	I	E	Q	R	T	V	P	N	S	K	F	P	W	P	I	R	G	I	P	M	M	F	W	A	N	Y	G	R	E	E	I	S	A	N	G	T	S	F	L	N	R	I	E	A	M	N	C	E	R	I	I	T	K	L	F	R	D	G	V	K
Template Known Secondary structure												S	T	T					S	S		T	T	T	T			T	T						S	S	T	T																T	T	S	S	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		643	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.						.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.
Query Sequence		E	E	R	I	L	I	L	A	R	Y	H	H	M	R	P	A	S	L	E	K	A	A	T	R	W	P	K	L	.	.	.	.	.	Q	I	D	F	M	T	I	H	A	S	K	G	Q	Q	A	D	Y	V	I	I	V	G	L	Q	E	G	S	D	G	F	P	A	A	A	R	E	S	I	M	E	E	A	L	L	P	P	V
Query Conservation																														.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	E	Q	I	G	V	I	T	P	Y	E	G	Q	R	A	Y	I	L	Q	Y	M	Q	M	N	G	S	L	D	K	D	L	Y	I	K	V	E	V	A	S	V	D	A	F	Q	G	R	E	K	D	Y	I	I	L	S	C	V	R	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q
Template Known Secondary structure		G	G	G						S																	S	S							T	S									T	T															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		723	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.																				.	.
		635	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	D	F	P	D	A	E	E	R	R	L	M	Y	V	A	L	T	R	A	R	H	R	V	W	A	L	F	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	A	I	G	F	L	R	D	P	R	R	L	N	V	G	L	T	R	A	K	Y	G	L	V	I	L	G	N
Template Known Secondary structure					G	G	G	G										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		784	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.