Job Description P15038 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:22 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 434 % Identity 30% Template c1uaaB_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: B: PDB Molecule:protein (atp-dependent dna helicase rep.); PDBTitle: e. coli rep helicase/dna complex Resolution 3.00 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.				.	.	270	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.
Query SS confidence																																																																									.	.	.
Query Sequence		L	N	P	A	Q	A	R	A	V	V	N	G	E	H	S	L	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	S	V	L	V	A	R	A	G	W	L	L	A	R	G	E	A	S	P	E	Q	I	L	L	L	A	F	G	R	K	A	A	E	E	M	D	E	R	I	R	E	R	L	H	T	.	.	.	E	D	I	T	A	R
Query Conservation																																																																									.	.	.
Alig confidence																																																																									.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	P	G	Q	Q	Q	A	V	E	F	V	T	G	P	C	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	R	V	I	T	N	K	I	A	H	L	I	R	G	C	G	Y	Q	A	R	H	I	A	A	V	T	F	T	N	K	A	A	R	E	M	K	E	R	V	G	Q	T	L	G	R	K	E	A	R	G	L	M	I	S
Template Known Secondary structure														S	S								T	T	S																					G	G	G						S	S															S		T	T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	F	H	A	L	A	L	H	I	I	Q	Q	G	S	K	K	V	P	I	V	S	K	L	E	N	D	T	A	A	R	H	E	L	F	I	A	E	W	R	K	Q	C	S	E	K	K	A	Q	A	K	G	W	R	Q	W	L	T	E	E	M	Q	W	S	V	P	E	G	N	F	W	D	D	E	K	L	Q	R	R	L	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	F	H	T	L	G	L	D	I	I	K	R	E	Y	A	A	L	G	M	K	A	N	F	S	L	F	D	D	T	D	Q	L	A	L	L	K	E	L	T	E	G	L	I	E	D	D	K	V	L	L	Q	Q	L	I	S	T	I	S	N	W	K	N	D	L	K	T	P	S	Q	A	A	A	S	A	I	G	E	R	D	R
Template Known Secondary structure																T	T	S	S							B		T	T											T	S	S	S	S		S																		T	T			T	T					T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.						.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		S	R	L	D	R	W	V	S	L	M	R	M	H	G	G	A	Q	A	E	M	I	A	S	A	P	E	E	I	R	D	L	F	S	K	R	I	K	L	M	A	P	L	L	K	A	W	K	G	A	L	K	A	E	N	A	V	D	F	S	G	L	I	H	Q	A	I	V	I	L	E	K	G	.	.	.	.	.	R	F	I
Query Conservation																																																																										.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	F	A	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	Y	G	L	Y	D	A	H	L	K	A	C	N	V	L	D	F	D	D	L	I	L	L	P	T	L	L	L	Q	A	N	E	E	V	R	K	R	W	Q
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T		B		T	T					T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.																																						.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	P	W	K	H	I	L	V	D	E	F	Q	D	I	S	P	Q	R	A	A	L	L	A	A	L	R	K	Q	N	S	Q	T	T	L	F	A	V	G	D	D	W	Q	A	I	Y	R	F	S	G	A	Q	M	S	L	T	T	A	F	H	E	N	F	G	E	G	E	R	C	D	L	D	T	T	Y	R	F	N	S	R	I
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.
Template Conservation																																	.	.
Template Sequence		N	K	I	R	Y	L	L	V	D	E	Y	Q	D	T	N	T	S	Q	Y	E	L	V	K	L	L	V	G	S	R	A	R	.	.	F	T	V	V	G	D	D	D	Q	S	I	Y	S	W	R	G	A	R	P	Q	N	L	V	L	L	S	Q	D	F	P	A	L	K	V	I	K	L	E	Q	N	Y	R	S	S	G	R	I
Template Known Secondary structure		T	T	S	S					S		G	G	G		B											S	S	S	S			.	.							G	G	G			G	G	G	G	T	B		T	T								S		T	T										S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.			.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.								.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	V	A	N	R	F	I	Q	Q	N	P	G	Q	L	K	K	P	L	N	S	L	T	N	G	D	K	K	A	V	T	L	L	D	E	S	Q	L	D	.	.	.	.	.	.	.	A	L	L	D	K	L	S	G	Y	A	K	P	E	E	R	I	L	I	L	A	R	Y	H	H	M	R	P	A	S	L	E	K	A	A
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	A	A	N	I	L	I	A	N	N	P	H	V	F	E	K	R	L	F	S	E	L	G	Y	G	A	E	L	K	V	L	S	A	N	N	E	E	H	E	A	E	R	V	T	G	E	L	I	A	H	H	F	V	N	K	T	Q	Y	K	D	Y	A	I	L	Y	R	G	N	H	Q	S	R	V	F	E	K	F	L	M
Template Known Secondary structure									G	G	G	S			S	S							S	S																																	T			G	G	G						S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
		582
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	N	R	I	P	Y	K	I	S	G	G	T	S	F	F	S	R	P	E	I	K	D	L	L	A	Y	L	R	V	L	T	N	P	D	D	D	S	A	F	L	R	I	V	N	T	P	K	R	E	I	G	P	A	T	L	K	K	L	G	E	W	A	M	T	R	N	K	S	M	F	T	A	S	F	D	M	G	L	S	Q
Template Known Secondary structure			T	T							S	S			G	G	G	S																T	T									T	T	T	T	T																		T	T	S						T	T		T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	S	G	R	G	Y	E	A	L	T	R	F	T	H	W	L	A	E	I	Q	R	L	A	E	R	E	P	I	A	A	V	R	D	L	I	H	G	M	D	Y	E	S	W	L	Y	E	T	S	P	S	P	K	A	A	E	M	R	M	K	N	V	N	Q	L	F	S	W	M	T	E	M	L	E	G	S	E	L	D	E
Template Known Secondary structure		T	S		T	T	S	T	T	T																T	T														T									S	S	S																										S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
																583	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	W	P	K	L	Q	I	D	F	M	T	I	H	A	S	K	G	Q	Q	A	D	Y	V	I	I	V	G	L	Q	E	G	S	D	G	F	P	A	A	A	R	E	S	I	M	E	E	A	L	L	P	P	V	E	D	F	P	D	A	E	E	R	R	L	M	Y	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	M	T	L	T	Q	V	V	T	R	F	T	L	R	D	E	E	L	D	Q	V	Q	L	M	T	L	H	A	S	K	G	L	E	F	P	Y	V	Y	M	V	G	M	E	E	G	F	L	P	H	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	D	E	D	N	I	D	E	E	R	R	L	A	Y	V
Template Known Secondary structure														T	T																T	T												B	T	T	T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.														.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
		649	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.											.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	T	R	A	R	H	R	V	W	A	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	E	N	P	S	P	F	V	E	I	L	K	N	L	D	V	P	V	A	R
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	I	T	R	A	Q	K	E	L	T	F	T	L	C	K	E	R	R	Q	Y	G	E	L	V	R	P	E	P	S	R	F	L	L	E	L	P	Q	D	D	L	I	W	E	Q
Template Known Secondary structure					T															S	S	S	S						B							S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.