Job Description Q46811 Confidence 99.59% Date Wed Jan 25 15:21:12 GMT 2012 Rank 129 Aligned Residues 230 % Identity 17% Template c3v76A_ PDB info PDB header:flavoprotein Chain: A: PDB Molecule:flavoprotein; PDBTitle: the crystal structure of a flavoprotein from sinorhizobium meliloti Resolution 2.51 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	P	V	A	V	I	G	A	G	P	A	G	L	A	A	G	Y	F	L	A	R	A	G	H	P	V	T	L	F	E	R	E	A	N	A	G	G	V	V	K	N	I	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	D	V	V	I	I	G	A	G	A	A	G	X	X	C	A	I	E	A	G	K	R	G	R	R	V	L	V	I	D	H	A	R	A	P	G	E	K	I	R	I	S	G	G	G	R	C	N	F	T	N	I	H	A	S	P	R	N	F	L	S	G	N	P	H	F	C	K	S	A	L	A	R	Y	R	P	Q	D	F	V
Template Known Secondary structure										S													T	T								S	S	S	S	S							S	G	G	G	T						T	T		S	G	G	G				S	S	T	T	T	T							S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
																				594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.										.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	F	R	I	P	A	E	L	I	Q	H	D	I	D	F	V	A	A	H	G	V	K	F	E	Y	G	C	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	T	I	E	Q	L	K	N	Q	G	F	H	Y	V	L	I	A	T	G	T	D	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	V	E	R	H	G	I	G	W	H	E	K	T	L	G	Q	L	F	C	D	H	S	A	K	D	I	I	R	X	L	X	A	E	X	K	E	A	G	V	Q	L	R	L	E	T	S	I	G	E	V	E	R	T	A	S	G	F	R	V	T	T	S	A	G	T	V	D	A	A	S	L	V	V	A	S	G	G	K	S
Template Known Secondary structure							T	T							S	T	T					S	S																	T						S										T	T							T	T						S									S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
		647	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	S	G	V	K	L	A	G	D	N	Q	N	V	W	K	S	L	P	F	L	R	E	Y	N	K	G	T	A	L	K	L	G	K	H	V	V	V	V	G	A	G	N	T	A	M	D	C	A	R	A	A	L	R	V	P	G	V	E	K	A	T	I	V	Y	R	R	S	L	Q	E	M	P	A	W	R	E	E	Y	E	E
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	K	X	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	G	L	A	Y	R	I
Template Known Secondary structure			G	G	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		166	.	.	.	170																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
		727	.	.	730	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	H	D	G	V	E	F	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	N	N	P	E	R	F	D	A	D	G	T	L	T	L	R	V	M	S	L	G	E	P	D	E	K	G	R	R	R	P	V	E	T	N	E	T	V	T	L	L	V	D	S	L	I	T	A
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	Q	F	G	L	P	V	V	E	T	R	P	A	L	V	P	L	T	L	D	Q	A	Q	L	A	K	L	G	A	L	A	G	V	A	A	D	A	E	A	R	F	G	K	A	A	F	R	E	A	V	L	I	T	H	R	G	L	S	G	P	A	I	L	Q	I	S	S	Y	W	R	E	G	E	E	I	V	L	R	L
Template Known Secondary structure					T	T										S													T	G	G	G	T	T										T	T											S	S				S							T	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		785	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	G	E	Q	Q	D	T	E	A	L	N	A	M	G	V	P	L	D	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		X	P	D	I	D	I	A	S	I	L	K	G	X	R	R	A	N	G	R	Q	A	V	Q	T	A	L	A	D	I	L	P	R	R	L	A	Q	F	F	A	D	E	A	K	L	T	G	R	X	L	A	D	L	S	D	K	T	I	D	A	L	A	S	S	I	Q	V	W	A	V	K	P	A	G	S	E	G	Y	R	T	A
Template Known Secondary structure		S	T	T	S													T		S	S	B						T	T	T	S												T	T		T	T		B	G	G	G															S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
						805	.	.	.	.	810	.						.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.						.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.								.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.								.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	G	W	P	D	V	D	H	.	.	.	.	.	N	G	E	T	R	L	T	D	V	F	M	I	G	D	V	Q	.	.	.	.	.	R	G	P	S	S	I	V	A	A	V	G	T	A	R	R	A	T	D	A	I
Query Conservation		.	.	.	.								.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.								.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	V	T	L	G	G	V	D	T	R	A	L	D	S	R	T	X	Q	A	K	E	V	P	G	L	Y	F	V	G	E	C	V	D	V	T	G	W	L	G	G	Y	N	F	Q	W	A	W	A	S	G	F	V	A	G	Q	D	V
Template Known Secondary structure		S								G	G	G	B		T	T	T		B	B	T	T	S	T	T					G	G	G	B	S					S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low