Job Description Q46811 Confidence 99.97% Date Wed Jan 25 15:21:12 GMT 2012 Rank 47 Aligned Residues 370 % Identity 17% Template c2gmhA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:electron transfer flavoprotein-ubiquinone PDBTitle: structure of porcine electron transfer flavoprotein-2 ubiquinone oxidoreductase in complexed with ubiquinone Resolution 2.50 Å

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		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.										.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.							.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	Y	K	Q	R	W	H	K	P	A	G	S	G	S	R	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	V	I	G	A	G	P	A	G	L	A	A	G	Y	F	L	A	R	.	.	.	.	.	.	A	G	H	P	V	T	L	F	E	R	E	A	N	A	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	Y	T	I	Y	P	R	D	Q	D	K	R	W	E	G	V	N	M	E	R	F	A	E	E	A	D	V	V	I	V	G	A	G	P	A	G	L	S	A	A	T	R	L	K	Q	L	A	A	Q	H	E	K	D	L	R	V	C	L	V	E	K	A	A	H	I	G	A	H	T	L	S	G	A	C	L	D	P	R	A	F
Template Known Secondary structure			T	T	T	S		T	T	S		G	G	G	S	S											S							S																	T	T										S	S	S	S	T	T	T	T									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.
		590	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	N	I	I	P	Q	F	R	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	L	I	Q	H	D	I	D	F	V	A	A	H	G	V	K	F	E	Y	G	C	S	P	D	L	T	I
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	L	F	P	D	W	K	E	K	G	A	P	L	N	T	P	V	T	E	D	R	F	G	I	L	T	E	K	Y	R	I	P	V	P	I	L	P	G	L	P	M	N	N	H	G	N	Y	V	V	R	L	G	H	L	V	S	W	M	G	E	Q	A	E	A	L	G	V	E	V	Y	P	G	Y	A	A	A	E	I	L
Template Known Secondary structure						T	T					T																	S	S									T	T	S	T	T			T	T																				T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		92	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		628	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.						.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.	.	.
Query Sequence		E	Q	L	K	N	Q	G	F	H	Y	V	L	I	A	T	G	T	D	K	N	S	G	V	K	L	A	G	D	N	Q	N	V	W	K	S	L	P	F	L	R	E	Y	N	K	G	T	A	L	K	L	G	K	H	V	V	V	V	G	A	G	N	T	A	M	D	C	A	R	A	A	L	R	V	P	.	.	.	.	.	G
Query Conservation																																																																												.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	H	E	D	G	S	V	K	G	I	A	T	N	D	V	G	I	Q	K	D	G	A	P	K	T	T	F	E	R	G	L	E	L	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	T	I	F	A	E	G	C	H	G	H	L	A	K	Q	L	Y	K	K	F	D	L	R	A	N	C	E
Template Known Secondary structure				T	T	S	S													T	T	S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S								T	T											T	T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
		703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	K	A	T	I	V	Y	R	R	S	L	Q	E	M	P	A	W	R	E	E	Y	E	E	A	L	H	D	G	V	E	F	R	F	L	N	N	P	E	R	F	D	A	D	G	T	L	T	L	R	V	M	S	L	G	E	P	D	E	K	G	R	R	R	P	V	E	T	N	E	T	V	T	L	L	V	D	S	L	I
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	Q	T	Y	G	I	G	L	K	E	L	W	V	I	D	E	K	K	W	K	P	G	R	V	D	H	T	V	G	W	P	L	D	R	H	T	Y	G	G	S	F	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	H	L	N	E	G	E	P	L
Template Known Secondary structure																	G	G	G			T	T								T	T	S		T	T	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	280	.	.	.	.	.
		783	.	.	.	.	.	.	790	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.				.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.						.	830	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.																		.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.																		.	.	.	.	.
Query Sequence		T	A	I	G	E	Q	Q	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	L	N	A	M	G	V	P	L	D	K	N	G	W	P	D	V	D	H	.	.	.	N	G	E	T	R	L	T	D	V	F	M	I	G	D	V	Q	R	.	.	.	.	.	G	P	S
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.																		.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	L	G	F	V	V	G	L	D	Y	Q	N	P	Y	L	S	P	F	R	E	F	Q	R	W	K	H	H	P	S	I	K	P	T	L	E	G	G	K	R	I	A	Y	G	A	R	A	L	N	E	G	G	F	Q	S	I	P	K	L	T	F	P	G	G	L	L	I	G	C	S	P	G	F	M	N	V	P	K	I	K
Template Known Secondary structure										T	T				T	T											T	T	S	T	T	T					T	T															G	G	G	G							T	T					T	T	T	T				B	T	T	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		832	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	I	V	A	A	V	G	T	A	R	R	A	T	D	A	I	L	S	R	E	N	I	R	S	H	Q	N	D	K	Y	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	H	T	A	M	K	S	G	T	L	A	A	E	S	I	F	N	Q	L	T	S	E	N	L	Q	S	K	T	I	G	L	H	V	T	E	Y	E	D	N	L	K	N	S	W	V	W	K	E	L	Y	S	V	R	N	I	R	P	S	C	H	G	I	L	G	V	Y	G	G	M	I	Y	T	G	I	F	Y	W	I	F
Template Known Secondary structure																						T							S	S	S	S				T								T	S									T	T	T	T	T	G	G	G	G	S	T	T	T												T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
																	864	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.			.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	N	P	A	E	I	Y	Q	R	K	G	D	I	S	I	T	L	V	N	S	D	D	R	D	A	F	V	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	A	R	C	L	E	C	N	Y	V	.	.	C	S	K	C	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	G	M	E	P	W	T	L	K	H	K	G	S	D	S	D	Q	L	K	P	A	K	D	C	T	P	I	E	Y	P	K	P	D	G	Q	I	S	F	D	L	L	S	S	V	A	L	S	G	T	N	H	E	H	D	Q	P	A	H	L	T	L	K	D	D	S	V	P	V	N	R	N	L	S	I	Y	D	G	P	E	Q
Template Known Secondary structure		T	T			S							S		G	G	G					G	G	G	S										S	S	S	S									T	T	T		B			S	S	S			S				S	S	T	T					T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
		910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	C	P	N	R	A	N	V	S	I	A	V	P	G	F	Q	N	R	F	Q	T	L	H	L	D	A	Y	C	N	E	C	G	N	C	A	Q	F	C	P	W	N	G
Query Conservation
Alig confidence																	.
Template Conservation																	.
Template Sequence		R	F	C	P	A	G	V	Y	E	F	V	P	L	E	Q	.	G	D	G	F	R	L	Q	I	N	A	Q	N	C	V	H	C	K	T	C	D	I	K	D	P	S	Q	N
Template Known Secondary structure					T	T									S	S	.	T	T								G	G	G												T	T
Template Predicted Secondary structure																	.
Template SS confidence
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540		.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.