Job Description P0AAA7 Confidence 1.15% Date Thu Jan 5 11:12:23 GMT 2012 Rank 88 Aligned Residues 378 % Identity 10% Template d1pv7a_ SCOP info MFS general substrate transporter MFS general substrate transporter LacY-like proton/sugar symporter Resolution 3.60

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		1	.	.	.	.	.	.							.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.			.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.																											.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.																											.	.
Query Sequence		M	S	L	A	K	A	S	.	.	.	.	.	.	L	W	T	A	A	S	T	L	V	K	I	G	A	G	L	L	V	G	K	L	L	A	V	S	F	G	.	.	P	A	G	L	G	L	A	A	N	F	R	Q	L	I	T	V	L	G	V	L	A	G	A	G	I	F	N	G	V	T	K	Y	V	A	Q	Y	H	D	N
Query Conservation									.	.	.	.	.	.																											.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.																											.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	Y	Y	L	K	N	T	N	F	W	M	F	G	L	F	F	F	F	Y	F	F	I	M	G	A	Y	F	P	F	F	P	I	W	L	H	D	I	N	H	I	S	K	S	D	T	G	I	I	F	A	A	I	S	L	F	S	L	L	F	Q	P	L	F	G	L	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D
Template Known Secondary structure							S																																																					T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.													.
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Q	Q	L	R	R	V	V	G	T	S	S	A	M	V	L	G	F	S	T	L	M	A	L	V	F	V	L	A	A	A	P	I	S	Q	G	L	F	G	N	T	D	Y	Q	G	L	V	R	L	V	A	L	V	Q	M	G	I	A	W	G	N	L	L	L	A	L	M	K	G	F	R	D	A	A	G	N	A	L	S	L
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	G	L	R	K	Y	L	L	W	I	I	T	G	M	L	V	M	F	A	P	F	F	I	F	I	F	G	P	L	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	I	L	V	G	S	I	V	G	G	I	Y	L	G	F	C	F	N	A	G	A	P	A	V	E	A	F	I	E	K	V	S	R	R	S	N	F	E	F
Template Known Secondary structure				T	T		T												T								T							.	.	.	.	.	.	.	.	T	T								T	T	T	T	G	G	G	G	G	T	T																	S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100									.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.																		.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	V	G	S	L	I	G	V	L	A	Y	Y	V	S	Y	R	L	G	G	Y	E	G	A	L	L	G	L	A	L	I	P	A	L	V	V	I	P	A	A	I	M	L	I	K	R	G	V	I	P	L	S	Y	L	K	P	S	W	D	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	G
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	R	A	R	M	F	G	C	V	G	W	A	L	G	A	S	I	V	G	I	M	F	T	I	N	N	Q	F	V	F	W	L	G	S	G	C	A	L	I	L	A	V	L	L	F	F	A	K	T	D	A	P	S	S	A	T	V	A	N	A	V	G	A	N	H	S	A	F	S	L	K	L	A	L	E	L	F	R	Q	P
Template Known Secondary structure																																															S	S				S		S	S	S		S	S					S														T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	S	K	F	T	L	M	A	L	I	T	S	V	T	L	P	V	A	Y	I	M	M	R	K	L	L	A	A	Q	Y	S	W	D	E	V	G	I	W	Q	G	V	S	S	I	S	D	A	Y	L	Q	F	I	T	A	S	F	S	V	Y	L	L	P	T	L	S	R	L	T	E	K	R	D	I	T	R	E	V	V	K
Query Conservation
Alig confidence																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	W	F	L	S	L	Y	V	I	G	V	S	C	T	Y	D	V	F	D	Q	Q	F	A	N	F	F	T	S	F	F	A	T	G	E	Q	G	T	R	V	F	G	Y	V	T	T	M	G	E	L	L	N	A	S	I	M	F	F	A	P	L	I	I	N	R	I	G	G	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																													T	T	S	S	S																									T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.		.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.
Query SS confidence																																																																									.
Query Sequence		S	L	K	F	V	L	P	A	V	A	A	A	S	F	T	V	W	L	L	R	D	F	A	I	W	L	L	L	S	N	K	F	T	A	M	R	D	L	F	A	W	Q	L	V	G	D	V	L	K	V	G	A	Y	V	F	G	Y	L	V	I	A	K	A	S	L	R	F	Y	I	L	A	.	E	V	S	Q	F	T	L	L
Query Conservation																																																																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	L	L	A	G	T	I	M	S	V	R	I	I	G	S	S	F	A	T	S	A	L	E	V	V	I	L	K	T	L	H	M	F	E	V	P	F	L	L	V	G	C	F	K	Y	I	T	S	Q	F	E	V	R	F	S	A	T	I	Y	L	V	C	F	C	F	F	K	Q	L	A	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																		T																																	S		G	G	G										T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	V	F	A	H	W	L	I	P	A	H	G	A	L	G	A	A	Q	A	Y	M	A	T	Y	I	V	Y	F	S	L	C	C	G	V	F	L	L	W	R	R	R	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	F	M	S	V	L	A	G	N	M	Y	E	S	I	G	F	Q	G	A	Y	L	V	L	G	L	V	A	L	G	F	T	L	I	S	V	F	T	L	S	G	P	G
Template Known Secondary structure																																							S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.