Job Description P0AEX9 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:24:34 GMT 2012 Rank 49 Aligned Residues 370 % Identity 15% Template c3ombA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:extracellular solute-binding protein, family 1; PDBTitle: crystal structure of extracellular solute-binding protein from2 bifidobacterium longum subsp. infantis Resolution 2.10 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.			.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.
Query SS confidence																																										.	.
Query Sequence		L	A	K	I	E	E	G	K	L	V	I	W	I	N	G	D	K	G	Y	N	G	L	A	E	V	G	K	K	F	E	K	D	T	G	I	K	V	T	V	E	.	.	H	P	D	K	L	E	E	K	F	P	Q	V	A	A	T	G	D	G	P	D	I	I	F	W	A	H	D	R	F	G	G	Y	A	Q	S	G	L	L
Query Conservation																																										.	.
Alig confidence																																										.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	G	K	P	I	V	T	V	L	V	K	K	N	A	N	Q	E	K	X	A	N	X	Q	W	A	K	D	L	E	A	D	C	D	C	K	I	E	W	Q	E	V	T	R	E	A	W	A	Q	Q	K	N	A	T	L	A	S	G	D	I	A	D	V	N	L	N	G	Y	G	A	V	E	A	Y	Q	Y	P	G	X	F
Template Known Secondary structure		T	T			B										T	T	B			G	G	G												T	S																							T				S				S	S			T						S	T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
		103	.	.	.	.	.	.	110	.								.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.							.	.	.	.	.	.	.	.					150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Query Sequence		A	E	I	T	P	D	K	A	F	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	K	L	Y	P	F	T	W	D	A	V	R	Y	N	G	K	L	I	A	Y	P	I	A	V	E	A	L	S	L	.	.	.	.	.	.	I	Y	N	K	D	L	L	P	.	.	.	.	N	P	P	K	T	W	E	E	I	P	A	L	D	K	E	L
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	L	S	K	D	L	D	K	L	P	N	V	K	A	F	F	K	Q	K	P	D	A	K	K	X	S	T	D	S	K	G	R	I	Y	A	I	A	D	G	R	G	K	A	Y	S	G	T	G	Q	H	X	L	I	N	K	A	W	L	D	K	L	G	L	Q	V	P	T	T	W	D	E	L	E	N	V	L	K	A	F
Template Known Secondary structure				G	G	G	G	G	G	G																					T	T	S			S	S							G	G	G		S		S														T						B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
		166	.	.									.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.													.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	S	A	L	M	F	N	L	Q	E	P	Y	F	T	W	P	L	I	A	A	D	G	G	Y	A	F	K	Y	E	N	G	K	Y	D	I	K	D	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	N	A	G	A	K	A	G	L	T	F	L	V	D	L	I
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	T	Q	D	P	N	G	N	G	Q	A	D	E	I	P	X	N	I	K	K	L	E	G	S	Y	F	T	W	Y	S	P	X	L	L	L	N	S	T	G	I	V	T	G	F	N	K	G	V	S	E	Y	G	F	Y	A	K	N	G	V	V	K	S	F	L	T	S	D	E	Y	K	E	V	I	K	Y	Y	H	K	L	I
Template Known Secondary structure				S		T	T		S	S	S	S												S	S	S			T	T		G	G	G	G	G	G	G	G	T					T	T	S	S	G	G	G	G	T					T	T					G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
		226	.	.	.	230	.	.	.				.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.				.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.									280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure										.	.	.																				.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.																				.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	N	K	H	M	N	A	D	.	.	.	T	D	Y	S	I	A	E	A	A	F	N	K	G	E	T	A	M	T	I	.	.	.	N	G	P	W	A	W	S	N	I	D	T	S	K	V	N	Y	G	V	T	V	L	P	T	F	K	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	K	P	F	V	G	V	L	S	A	G
Query Conservation										.	.	.																				.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.																				.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	E	G	L	I	P	A	E	W	A	T	K	D	D	D	A	Y	N	A	D	Q	I	S	D	G	K	T	A	K	T	G	V	V	F	G	W	S	P	S	D	N	F	G	K	L	K	D	Q	Y	I	A	X	P	V	P	S	A	P	G	V	S	P	D	Q	T	V	W	D	G	S	S	S	E	L	S	P	A	G	L	S
Template Known Secondary structure			T	T	S	S		T	T	G	G	G												T	T	S	S	S									S							G	G	G	G	G	G								B		T	T			G	G	G								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	N	A	A	S	P	N	K	E	L	A	K	E	F	L	E	N	Y	L	L	T	D	E	G	L	E	A	V	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	K	P	L	G	A	V	A	L	K	S	Y	E
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	S	S	H	A	A	N	K	D	A	A	L	K	L	A	N	L	L	Y	S	E	K	Y	S	V	Q	Q	F	L	G	S	F	G	K	A	I	T	K	T	G	E	H	E	Y	T	V	D	N	D	K	L	S	Q	L	T	G	D	N	Q	Y	P	G	L	S	E	L	L	V	G	W	I	P	D	E	A	T	I	K	G	D
Template Known Secondary structure			B	T	T		T	T												T	S											S	B	T	T	T						T	T															T	T		B	S	S		G	G	G			S	B			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	E	L	A	K	D	P	R	I	A	A	T	M	E	N	A	Q	K	G	E	I	M	P	N	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	M	S	A	F	W	Y	A	V	R	T	A	V	I	N	A	A	S	G	R	Q	T	V	D	E	A	L	K	D	A	Q	T	R	I
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation																																																																				.
Template Sequence		T	H	A	D	E	L	I	E	V	N	K	V	Y	E	E	Q	R	S	H	F	D	P	V	K	D	Y	I	P	D	Y	V	N	X	D	N	X	D	P	S	D	A	T	K	L	N	T	N	N	A	E	I	F	N	T	T	X	Q	K	T	A	T	W	X	S	K	G	.	G	I	D	E	E	W	D	A	Y	C	K	Q	L
Template Known Secondary structure																			T	T	S		T	T	T	T	S			T	T		S	G	G	G	S																T	T	T													.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.
Template SS confidence
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500		.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
		395
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		514