Job Description P08312 Confidence 99.83% Date Thu Jan 5 11:01:02 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 187 % Identity 29% Template c1efwA_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:aspartyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of aspartyl-trna synthetase from thermus2 thermophilus complexed to trnaasp from escherichia coli Resolution 3.00 Å

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		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.		.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.
Query SS confidence																																																		.
Query Sequence		T	R	T	I	D	R	I	E	S	F	F	G	E	L	G	F	T	V	A	T	G	P	E	I	E	D	D	Y	H	N	F	D	A	L	N	I	P	G	H	H	P	A	R	A	D	H	D	T	.	F	W	F	D	T	T	R	L	L	R	T	Q	T	S	G	V	Q	I	R	T	M	K	A	Q	Q	P	P	I	R	I	I
Query Conservation																																																		.
Alig confidence																										.																								.											.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Template Conservation																										.																																			.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Template Sequence		H	R	V	I	K	A	I	W	D	F	L	D	R	E	G	F	V	Q	V	E	T	P	F	L	.	T	K	S	T	P	E	G	A	R	D	F	L	V	P	Y	R	H	E	P	G	L	F	Y	A	L	P	Q	S	P	Q	L	F	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	M	L	M	V	A	G	L	D	.	.	R	Y	F
Template Known Secondary structure															T	T								S	S	.	B				S	S	S	S								T	T	S	T	T							S		S						.	.	.	.	.	.	.	.					T	T			.	.
Template Predicted Secondary structure																										.																																			.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.		.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.									.	.	.	.	210	.	.	.			.	.	.
		189	190	.	.	.	.	.	.	.		.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	G	R	V	Y	R	N	D	.	Y	D	Q	T	H	T	P	M	F	H	Q	M	E	G	L	I	V	D	T	N	I	S	F	T	N	L	K	G	T	L	H	D	F	L	R	N	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation											.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.																			.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.
Template Sequence		Q	I	A	R	C	F	R	D	E	D	L	R	A	D	R	Q	P	D	F	T	Q	L	D	L	E	M	S	F	.	.	V	E	V	E	D	V	L	E	L	N	E	R	L	M	A	H	V	F	R	E	A	L	G	V	E	L	P	L	P	F	P	R	L	S	Y	E	E	A	M	E	R	Y	G	S	D	K	P	D	L	R
Template Known Secondary structure										S				S	S			S											S	.	.																						T						S	S														S	S	S	S			T	T
Template Predicted Secondary structure																														.	.
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.			.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	G	L	E	L	K	E	V	G	P	L	F	R	Q	S	G	F	R	V	F	Q	E	A	E	S	V	K	A	L	A	L	P	K	A	L	S	R	K	E	V	A	E	L	E	E	V	A	K	R	H	K	A	Q	G	L	A	W	A	R	V	E	E	G	G	F	S	G	G	V	A	K	F	L	E	P	V	R	E	A	L
Template Known Secondary structure		S						B		G	G	G	G	T	T		S						T		S								S	S																	S	S		S									T	T				S	T	T					G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
																																												235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.														.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	E	D	L	Q	I	R	F	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	F	P	F	T	E	P	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Q	A	T	E	A	R	P	G	D	T	L	L	F	V	A	G	P	R	K	V	A	A	T	A	L	G	A	V	R	L	R	A	A	D	L	L	G	L	K	R	E	G	F	R	F	L	W	V	V	D	F	P	L	L	E	W	D	E	E	E	E	A	W	T	Y	M	H	H	P	F	T	S	P	H	P	E	D	L	P
Template Known Secondary structure						T			T	T									S																				T					S										B	S						S	S		S				S	S		T	T	B		B		T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
												254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.							.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	E	V	D	V	M	G	K	N	G	K	W	L	E	V	L	G	C	G	M	.	.	.	.	.	.	V	H	P	N	V	L	R	N	V	G	I	D	P	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	G	F	A	F	G	M	G	M
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.									.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.	.
Template Conservation																						.	.	.																																																			.	.
Template Sequence		L	L	E	K	D	P	G	R	V	R	A	L	A	Y	D	L	V	L	N	G	.	.	.	V	E	V	G	G	G	S	I	R	I	H	D	P	R	L	Q	A	R	V	F	R	L	L	G	I	G	E	E	E	Q	R	E	K	F	G	F	F	L	E	A	L	E	Y	G	A	P	P	H	G	G	.	.	I	A	W	G	L
Template Known Secondary structure							S	S	S		B	B	S	B						T	T	.	.	.							B	B	B			S											T	T																	G	G	G	T			S				.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.																																																			.	.
Template SS confidence
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.				.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.			.	.	.	.	.
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	L	T	M	L	R	Y	G	V	T	D	L	R	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	R	L	L	A	L	M	T	G	S	P	S	I	R	E
Template Known Secondary structure										T		S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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