Job Description P09099 Confidence 98.94% Date Wed Jan 25 15:20:14 GMT 2012 Rank 28 Aligned Residues 266 % Identity 20% Template c2ap1A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:putative regulator protein; PDBTitle: crystal structure of the putative regulatory protein Resolution 1.90 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	Y	I	G	I	D	L	G	T	S	G	V	K	V	I	L	L	N	E	Q	G	E	V	V	A	A	Q	T	E	K	L	T	V	S	R	P	H	P	L	W	S	E	Q	D	P	E	Q	W	W	Q	A	T	D	R	A	M	K	A	L	G	D	Q	H	S	L	Q	D	V	K	A	L	G	I	A	G	Q	M	H	G	A
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.														.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.														.	.
Template Sequence		M	Y	Y	G	F	D	I	G	G	T	K	I	A	L	G	V	F	D	S	T	R	R	L	Q	W	E	K	R	V	P	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	T	S	Y	S	A	F	L	D	A	V	C	E	L	V	E	E	A	D	Q	R	F	.	.	G	V	K	G	S	V	G	I	G	I	P	G	M	.	.
Template Known Secondary structure										S	S									T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.		S																					.	.	T	S									S	S	B	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.														.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.										.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.			.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	L	D	A	Q	Q	R	V	L	R	P	A	I	L	W	N	D	G	R	C	A	Q	E	C	T	L	L	E	A	R	V	P	Q	S	R	V	I	T	G	N	L	M	M	P	G	F	T	A	P	K	L	L	W	V	Q	R	H	E	P	E	I	F	R	Q	I	D	K	V	L	L	P	K	D	Y	L	R	L	R	M
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	E	F	A	S	D	M	S	D	A	A	G	T	M	W	L	D	V	A	K	R	D	W	S	D	V	M	L	Q	A	C	D	L	S	R	D	Q	M	P	A	L	Y	E	G	S	E	I	T	G	A	L	L	P	E	V	A	K	A	W	G	M	A	T	V	P	V	V	A	G	G	G	D	N	A	A	G	A	V	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	T	E	D	G	T	L	Y	A	A	N	V	P	A	A	S	G	K	P	L	R	A	D	L	S	A	R	L	D	R	D	.	.	.	.	V	R	L	D	N	D	A	N	C	F	A	L	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			T	T	S			B		T	T		T	T	T	T	T	S											T	S		.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.
Template SS confidence
																																	68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.					100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
							241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	V	G	M	V	D	A	N	Q	A	M	L	S	L	G	T	S	G	V	Y	F	A	V	S	E	G	F	L	S	K	P	E	S	A	V	H	S	F	C	H	A	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	W	H	L	M	S	V	M	L	S	A	A
Query Conservation		.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	W	D	D	E	F	T	Q	Y	P	L	V	M	G	L	I	L	G	T	G	V	G	G	G	L	V	L	N	G	K	P	I	T	G	Q	S	Y	I	T	G	E	F	G	H	M	R	L	P	V	D	A	L	T	L	M	G	F	D	F	P	L	R	R	C	G	C	G	Q	M	G	C	I	E	N	Y	L	S	G	R
Template Known Secondary structure				T	S	T	T	G	G	G		S								S	S	S								T	T						T	T	S		T	T		G	G	G	S	B											T	T	S				B		T	T	S		B	S	B	T					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	C	L	D	W	A	A	K	L	T	G	L	S	N	V	P	A	L	I	A	A	A	Q	Q	A	D	E	S	A	E	P	V	W	F	L	P	Y	L	S	G	E	R	T	P	H	N	N	P	Q	A	K	G	V	F	F	G	L	T	H	Q	H	G	P	N	E	L	A	R	A	V	L	E	G	V	G	Y	A	L	A	D
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	F	A	W	L	Y	Q	H	Y	Y	D	Q	S	L	Q	A	P	E	I	I	A	L	W	E	Q	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	A	H	A	H	V	E	R	Y	L	D	L	L	A	V
Template Known Secondary structure																										T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410										.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	M	D	V	V	H	A	C	G	I	K	P	Q	S	V	T	L	I	G	G	G	A	R	S	E	Y	W	R	Q	M	L	A	D	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	Q	L	D	Y	R	T	G	G	D	V	G	P	A	L	G	A	A	R	L	A
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.
Template Sequence		C	L	G	N	I	L	T	I	.	V	D	P	D	L	L	V	I	G	G	G	L	S	N	F	T	A	I	T	T	Q	L	A	E	R	L	P	R	H	L	L	P	V	A	R	A	P	R	I	E	R	A	R	H	G	D	A	G	G	M	R	G	A	A	F	L	H
Template Known Secondary structure										.				S						S	G	G	G	G	S	T					S	S	G	G	G	S	G	G	G	S		T	T										S		T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure										.
Template SS confidence
		236	.	.	.	240	.	.	.		.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300