Job Description P0A9P6 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:10:55 GMT 2012 Rank 43 Aligned Residues 320 % Identity 22% Template c3tbkA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:rig-i helicase domain; PDBTitle: mouse rig-i atpase domain Resolution 2.14 Å

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		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.			.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.
Query SS confidence																																														.	.
Query Sequence		K	P	S	P	I	Q	A	E	C	I	P	H	L	L	N	G	R	D	V	L	G	M	A	Q	T	G	S	G	K	T	A	A	F	S	L	P	L	L	Q	N	L	D	P	E	.	.	L	K	A	P	Q	I	L	V	L	A	P	T	R	E	L	A	V	Q	V	A	E	A	M	T	D	F	S	K	H	M	R	G	V	N
Query Conservation																																														.	.
Alig confidence																																														.	.																															.
Template Conservation																																																																														.
Template Sequence		K	P	R	N	Y	Q	L	E	L	A	L	P	A	K	K	G	K	N	T	I	I	C	A	P	T	G	C	G	K	T	F	V	S	L	L	I	C	E	H	H	L	K	K	F	P	C	G	Q	K	G	K	V	V	F	F	A	N	Q	I	P	V	Y	E	Q	Q	A	T	V	F	S	R	Y	F	E	R	L	.	G	Y	N
Template Known Secondary structure																T	T									T	T	S																T			S	S										S	S																	T	T	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																																														.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.		.	320	.
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.		.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.																																									.
Query SS confidence																																								.																																									.
Query Sequence		V	V	A	L	Y	G	G	Q	R	Y	D	V	Q	L	R	A	L	R	Q	G	P	Q	I	V	V	G	T	P	G	R	L	L	D	H	L	K	R	G	.	T	L	D	L	S	K	L	S	G	L	V	L	D	E	A	D	E	M	L	R	M	G	F	I	E	D	V	E	T	I	M	A	Q	I	P	E	G	H	Q	T	.
Query Conservation																																								.																																									.
Alig confidence																																								.																																									.
Template Conservation
Template Sequence		I	A	S	I	S	G	A	T	S	D	S	V	S	V	Q	H	I	I	E	D	N	D	I	I	I	L	T	P	Q	I	L	V	N	N	L	N	N	G	A	I	P	S	L	S	V	F	T	L	X	I	F	D	E	C	H	N	T	S	K	N	H	P	Y	N	Q	I	X	F	R	Y	L	D	H	K	L	G	E	S	R	D
Template Known Secondary structure							T	T	T	G	G	G	S										S															T	S	S	S			G	G	G		S					T	T	G	G	G		S	T	T															T	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
																																					184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	F	S	A	T	M	P	E	A	I	R	R	I	T	R	R	F	M	K	E	P	Q	E	V	R	I	Q	S	S	V	T	T	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	L	P	Q	V	V	G	L	T	A	S	V	G	V	G	D	A	K	T	A	E	E	A	X	Q	H	I	C	K	L	C	A	A	L	D	A	S	V	I	A	T	V	R	D	N	V	A	E	L	E	Q	V	V	Y	K	P	Q	K	I	S	R	K	V	A	S	R	T	S	N	T	F	K	C	I	I	S	Q	L	X	K
Template Known Secondary structure											S					T	T			S															T	T		S							S							T	T															S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	E	K	L	A	K	D	V	S	E	E	L	G	K	L	F	Q	I	Q	N	R	E	F	G	T	Q	K	Y	E	Q	W	I	V	G	V	H	K	A	C	S	V	F	Q	X	A	D	K	E	E	E	S	R	V	C	K	A	L	F	L	Y	T	S	H	L	R	K	Y	N	D	A	L	I	I	S	E	D	A	Q	X
Template Known Secondary structure									T	S						G	G	G	G			S			S	S	S																T				S	S																															S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.
																																					219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	S	Q	S	Y	W	T	V	W	G	M	R	K	N	E	A	L	V	R	F	L	E	A	E	D	F	D	A	A	I	I	F	V	R	T	K	N	A	T	L	E	V	A	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	D	A	L	N	Y	L	K	A	F	F	H	D	V	R	E	T	E	R	E	L	T	R	R	F	E	E	K	L	E	E	L	E	K	V	S	R	D	P	S	N	E	N	P	K	L	R	D	L	Y	L	V	L	Q	E	E	Y	H	L	K	P	E	T	K	T	I	L	F	V	K	T	R	A	L	V	D	A	L	K	K
Template Known Secondary structure																												T	T											G	G	G																				T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		562	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	E	R	N	G	Y	N	S	A	A	L	N	G	D	M	N	Q	A	L	R	E	Q	T	L	E	R	L	K	D	G	R	L	D	I	L	I	A	T	D	V	A	A	R	G	L	D	V	E	R	I	S	L	V	V	N	Y	D	I	P	M	D	S	E	S	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	G	R	A	G
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Template Sequence		W	I	E	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	L	S	F	L	K	P	G	I	L	T	G	D	N	N	I	L	I	A	T	S	V	A	D	E	G	I	D	I	A	E	C	N	L	V	I	L	Y	E	Y	V	G	N	V	I	K	X	I	Q	T	R	G	R	G	R	A	.	.	R	D	S
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T	T											S								T	T					T	T	S		S						S			S	S							S	S				T	T	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Template SS confidence
		647	.	.	650	.														.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.			.	710	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	L	L	F	V	E	N	R	E	R	R	L	L	R	N	I	E	R	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	C	F	L	L	T	S	S	A	D	V	I	E	K	E	K	A	N	X	I
Template Known Secondary structure								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		738	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.