Job Description P0A9P6 Confidence 99.86% Date Thu Jan 5 11:10:55 GMT 2012 Rank 106 Aligned Residues 375 % Identity 21% Template c3dinB_ PDB info PDB header:membrane protein, protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: crystal structure of the protein-translocation complex formed by the2 secy channel and the seca atpase Resolution 4.50 Å

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		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	E	A	L	N	D	L	G	Y	E	K	P	S	P	I	Q	A	E	C	I	P	H	L	L	N	G	R	D	V	L	G	M	A	Q	T	G	S	G	K	T	A	A	F	S	L	P	L	L	Q	N	L	D	P	E	L	K	A	P	Q	I	L	V	L	A	P	T	R	E	L	A	V	Q	V	A	E	A	M	T	D
Query Conservation
Alig confidence																														.	.																												.	.	.
Template Conservation																														.	.																												.	.	.
Template Sequence		V	R	E	A	A	R	R	T	L	G	M	R	P	F	D	V	Q	V	M	G	G	I	A	L	H	E	G	K	.	.	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	A	A	T	M	P	I	Y	L	N	A	L	I	G	K	G	.	.	.	V	H	L	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	L	W	M	G	P
Template Known Secondary structure																S	T	T										S	S	.	.					S	S	S	S															T	T	S	S		.	.	.						S												T
Template Predicted Secondary structure																														.	.																												.	.	.
Template SS confidence
		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.			.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.				.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	K	H	M	R	G	V	N	V	V	A	L	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	R	Y	D	V	Q	L	R	A	L	R	Q	G	P
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation							.																																																																								.	.
Template Sequence		V	Y	L	F	L	.	G	L	R	V	G	V	I	N	S	L	G	K	S	Y	E	V	V	W	K	N	P	D	L	A	R	K	A	I	E	E	N	W	S	V	W	P	D	G	F	N	G	E	V	L	K	E	E	S	M	N	K	E	A	V	E	A	F	Q	V	E	L	K	E	I	T	R	K	E	A	Y	L	.	.	C
Template Known Secondary structure						T	.	T								S	S							S		T	T	T	T															S	S		S	S	S				S										G	G	G														.	.	S
Template Predicted Secondary structure							.																																																																								.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.		.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.			.
		127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.								.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Query Sequence		Q	I	V	V	G	T	P	G	R	L	L	D	H	L	K	R	G	T	L	D	L	.	.	.	.	.	.	.	S	K	L	S	G	L	V	L	D	E	A	D	E	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	M	G	F	I	E	D	V	E	T	I	M	A	Q	I	P	E	.	.	.	.
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	V	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	L	V	L	D	Y	N	D	K	V	Q	R	G	H	F	Y	A	I	V	D	E	A	D	S	V	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	S	K	E	S	P	S	V	Y	R	R	F	A	Q	I	A	K	K	F	V	K	D	K	D	F
Template Known Secondary structure		S																S	S	S		S		T	T				S	S									T					T	T			S											T	T																	T	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	D	E	K	A	R	T	I	I	L	T	E	E	G	V	A	K	A	E	K	I	I	G	V	E	N	L	Y	D	P	G	N	V	S	L	L	Y	H	L	I	N	A	L	K	A	L	H	L	F	K	K	D	V	D	Y	V	V	M	N	G	E	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	L	P	G	R	R	Y	S
Template Known Secondary structure		S				S	S	S					S										S	S				S				T	T	T																	S		T	T	T	S		B		T	T	T			B		B			T	T		S		B		S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
																																			180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	H	Q	T	A	L	F	S	A	T	M	P	E	A	I	R	R	I	T	R	R	F	M	K	E	P	Q	E	V	R	I	Q	S	S	V	T	T	R	P	D	I	S	Q	S	Y	W	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation																																																																.
Template Sequence		G	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	P	I	K	E	E	S	I	T	Y	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	S	E	F	V	Q	V	Y	G	M	E	V	V	V	I	.	P	T	H	K	P	M	I	R	K	D	H	D	D	L	V	F	R
Template Known Secondary structure		S	S									S	S														T	T	T	T	T	G	G	G	S	S						S			S										T	S								.			S	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																																.
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.		.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.		.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.
Query SS confidence																	.
Query Sequence		V	W	G	M	R	K	N	E	A	L	V	R	F	L	E	.	A	E	D	F	D	A	A	I	I	F	V	R	T	K	N	A	T	L	E	V	A	E	A	L	E	R	N	G	Y	N	S	A	A	L	N	G	D	M	N	Q	A	L	R	E	Q	T	L	E	R	L	K	D	G	R	L	D	I	L	I	A	T	D	V	A
Query Conservation																	.
Alig confidence																	.																																																						.	.
Template Conservation																																																																							.	.
Template Sequence		T	Q	K	E	K	Y	E	K	I	V	E	E	I	E	K	R	Y	K	K	G	Q	P	V	L	V	G	T	T	S	I	E	K	S	E	L	L	S	S	M	L	K	K	K	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	Y	H	E	K	E	A	E	I	V	A	K	A	G	Q	K	G	.	.	M	V	T	I	A	T	N	M	A
Template Known Secondary structure		S	S	T																T	T								S	S														T								S	S	S												S	S	S	S	S	.	.							G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.
Template SS confidence
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.			.	.	.	.	.	.	530	.	.
		306	.	.	.	310	.	.				.	.	.						.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.								.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure									.	.	.				.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.				.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	R	G	L	D	V	E	.	.	.	R	I	S	.	.	.	.	.	L	V	V	N	Y	D	I	P	M	D	S	E	S	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	G	R	A	G	R	A	L	L	F	V	E	N	R	E	.	.	.	.	.	.	.	R	R	L	L	R	N	I	E	R	T	M	K	L	T	I	P	E
Query Conservation									.	.	.				.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.				.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		G	R	G	T	D	I	K	L	G	P	G	V	A	E	L	G	G	L	C	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	A	G	R	Q	G	D	P	G	E	S	I	F	F	L	S	L	E	D	D	L	L	R	I	F	G	S	E	Q	I	G	K	V	M	N	I	L	K	I	E	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S							S	S	G	G	G	S	S	S						S	S			S	S										T	S			T	T											T	T	S	S	T	T	T	T	S	S										T	T				.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		533	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	L	P	N	A	E	L	L	G	K	R	R	L	E	K	F	A	A	K	V	Q	Q	Q	L	E	S	S	D	L	D	Q	Y	R	A	L	L	S	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	E	G	Q	P	I	Q	H	P	M	L	S	K	L	I	E	N	I	Q	K	K	V	E	G	I	N	F	S	I	R	K	T	L	M	E	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	S		S		B		S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.