Job Description P0A9P6 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 11:10:55 GMT 2012 Rank 84 Aligned Residues 313 % Identity 18% Template c3crw1_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: 1: PDB Molecule:xpd/rad3 related dna helicase; PDBTitle: "xpd_apo" Resolution 4.00 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	I	Q	A	E	C	I	P	H	L	L	N	G	R	D	V	L	G	M	A	Q	T	G	S	G	K	T	A	A	F	S	L	P	L	L	Q	N	L	D	P	E	L	K	A	P	Q	I	L	V	L	A	P	T	R	E	L	A	V	Q	V	A	E	A	M	T	D	F	S	K	H	M	R	G	V	N	V	V	A	L	Y
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Sequence		K	L	K	D	K	V	I	E	G	L	R	N	N	F	L	V	A	L	N	A	P	T	G	S	G	K	T	L	F	S	L	L	V	S	L	E	V	.	.	.	.	.	.	K	P	K	V	L	F	V	V	R	T	H	N	E	F	Y	P	I	Y	R	D	L	T	K	I	R	.	.	.	.	E	I	T	F	S	F	L	V
Template Known Secondary structure													T	T									S	S	S	S										T	T	T	.	.	.	.	.	.		S							S	S	S	G	G	G									S			.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.							.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.					.	.	.	.	.	.	.	.
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	G	Q	R	Y	D	V	Q	L	R	A	L	R	Q	G	P	Q	I	V	V	G	T	P	G	R	L	L	D	H	L	K	R	G	T	L	D	L	S	K	L	S	G	L	V	L	D	E	A	D	E	M	L	R	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	P	S	S	C	L	E	S	E	N	S	L	Y	K	A	D	V	I	A	L	T	Y	P	Y	F	F	I	D	R	Y	R	E	F	I	D	I	D	L	R	E	Y	M	I	V	I	D	E	A	H	N	L	D	K	V	N	E	L	E	E	R	S	L	S	E	I	T	I	Q	M	A	I	K	Q	S	K	S	E	E	S
Template Known Secondary structure			S	T	T	T							T	T	T	T		S						T										T	T	S				S	T	T							T	G	G	G	S	G	G	G										T	T								S		S	S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
				166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	F	I	E	D	V	E	T	I	M	A	Q	I	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	R	I	L	S	K	L	L	N	Q	L	R	E	V	V	L	P	D	E	K	Y	I	K	V	E	N	V	P	K	L	S	K	E	E	L	E	I	L	A	D	D	Y	E	D	I	R	K	D	S	L	K	Q	K	I	H	I	G	S	I	L	R	F	F	S	L	L	S	I	G	S	F	I	P	F	S	Y	S	K	R	L
Template Known Secondary structure														T	T					S	S					S	S														T									T	T					T	T	S												S	S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
																			180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	H	Q	T	A	L	F	S	A	T	M	P	E	A	I	R	R	I	T	R	R	F	M	K	E	P	Q	E	V	R	I	Q	S	S	V	T	T	R	P	D	I	S	Q	S	Y	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	W	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	K	N	P	E	I	S	Y	Y	L	N	L	L	N	D	N	E	L	S	I	I	L	M	S	G	T	L	P	P	R	E	Y	M	E	K	V	W	G	I	K	R	N	M	L	Y	L	D	V	E	R	E	I	Q	K	R	V	S	G	S	Y	E	C	Y	I	G	V	D	V	T	S	K	Y	D	M	R	S	D	N	M
Template Known Secondary structure								S	T	T	T	S	G	G	G	G		T	T								S	S										T	T				S											S	S	S			S										S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.			.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Query SS confidence																																																																				.	.
Query Sequence		M	R	K	N	E	A	L	V	R	F	L	E	A	E	D	F	D	A	A	I	I	F	V	R	T	K	N	A	T	L	E	V	A	E	A	L	E	R	N	G	Y	N	S	A	A	L	N	G	D	M	N	Q	A	L	R	E	Q	T	L	E	R	L	K	D	G	R	.	.	L	D	I	L	I	A	T	D	V	A	A	R
Query Conservation																																																																				.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	K	R	Y	A	D	Y	L	L	K	I	Y	F	Q	A	K	A	N	V	L	V	V	F	P	S	Y	E	I	M	D	R	V	M	S	R	I	.	.	.	.	.	.	S	L	P	K	Y	V	E	S	E	D	S	S	V	E	D	L	Y	S	A	I	S	A	N	N	K	V	L	I	G	S	V	G	K	G	K	L	A	E
Template Known Secondary structure															T	S	S	S							S	S									T	T		.	.	.	.	.	.		S							S									T	T	S	S	S			S							S	S	S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.							.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
		308	.	310	.	.	.						.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.		.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query SS confidence								.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query Sequence		G	L	D	V	E	R	.	.	.	.	.	I	S	L	V	V	N	Y	D	I	P	M	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	S	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	G	R	A	.	G	R	A	L	L	F	V	E	N
Query Conservation								.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Alig confidence								.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation
Template Sequence		G	I	E	L	R	N	N	D	R	S	L	I	S	D	V	V	I	V	G	I	P	Y	P	P	P	D	D	Y	L	K	I	L	A	Q	R	V	S	L	K	M	N	R	E	N	E	E	F	L	F	K	I	P	A	L	V	T	I	K	Q	A	I	G	R	A	I	R	D	V	N	D	K	C	N	V	W	L	L	D	K	R
Template Known Secondary structure		S					S	S	S	S		S								S							S									T	T	T			S	S	S	T	T					T														T	T			S	S	S									S	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
		352	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	E	R	R	L	L	R	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	E	S	L	Y	W	K	K
Template Known Secondary structure		G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		532	.	.	.	.	.	.	.