Job Description P0A9P6 Confidence 99.96% Date Thu Jan 5 11:10:55 GMT 2012 Rank 72 Aligned Residues 314 % Identity 18% Template c1z3iX_ PDB info PDB header:recombination/dna binding Chain: X: PDB Molecule:similar to rad54-like; PDBTitle: structure of the swi2/snf2 chromatin remodeling domain of eukaryotic2 rad54 Resolution 3.00 Å

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		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.										.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.						.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		K	P	S	P	I	Q	A	E	C	I	P	H	L	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	D	V	L	G	M	A	Q	T	G	S	G	K	T	A	A	F	S	L	P	L	L	Q	N	L	D	P	E	L	K	A	P	.	.	.	.	.	Q	I	L	V	L	A	P	T	R	E	L	A	V	Q	V	A	E	A
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.															.	.	.	.	.								.
Template Conservation																																												.																											.
Template Sequence		V	L	R	P	H	Q	R	E	G	V	K	F	L	W	D	C	V	T	G	R	R	I	E	N	S	Y	G	C	I	M	A	D	E	M	G	L	G	K	T	L	Q	C	.	I	T	L	I	W	T	L	L	K	Q	S	P	D	C	K	P	E	I	D	K	V	I	V	V	S	P	.	S	S	L	V	R	N	W	Y	N	E
Template Known Secondary structure		T																	T	T	S	S	S	T	T										T	T	S							.												T	T	S	S		S		S								.
Template Predicted Secondary structure																																												.																											.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.		.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.									.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	T	D	F	S	K	H	M	R	G	V	N	V	V	A	L	Y	G	G	Q	R	Y	D	V	Q	L	R	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	G	P	Q	I	V	V	G	T	P	G	R	L	L	D	H	L	K	R	G	T	L	D	L	S	K	L	S	G	L	V	L	D	E	A	D	E	M	L	R	M	G
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.																						.	.
Template Conservation									.	.																																															.	.																						.	.
Template Sequence		V	G	K	W	L	G	G	.	.	R	V	Q	P	V	A	I	D	G	G	S	K	D	E	I	D	S	K	L	V	N	F	I	S	Q	Q	G	M	R	I	P	T	P	I	L	I	I	S	Y	E	T	F	R	L	H	A	.	.	E	V	L	H	K	G	K	V	G	L	V	I	C	D	E	G	H	R	L	K	N	.	.
Template Known Secondary structure							G	G	.	.	G								S	S																	S	S			S															T	.	.	T	T	T	T	T	S								T	T	G	G	G			T	.	.
Template Predicted Secondary structure									.	.																																															.	.																						.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230			.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.			.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	I	E	D	V	E	T	I	M	A	Q	I	P	E	G	H	Q	T	A	L	F	S	A	T	M	P	E	A	I	R	R	I	T	R	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	N	Q	T	Y	L	A	L	N	S	M	N	A	Q	R	R	V	L	I	S	G	T	P	I	Q	N	D	L	L	E	Y	F	S	L	V	H	F	V	N	S	G	I	L	G	T	A	Q	E	F	K	K	R	F	E	I	P	I	L	K	G	R	D	A	D	A	S	D	K	D	R	A	A	G	E	Q	K	L	Q	E
Template Known Secondary structure		T														S							S	S		S	G	G	G	G	G	G																							T									S	T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
																						202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	K	E	P	Q	E	V	R	I	Q	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	I	S	I	V	N	R	C	L	I	R	R	T	S	D	I	L	S	K	Y	L	P	V	K	I	E	Q	V	V	C	C	N	L	T	P	L	Q	K	E	L	Y	K	L	F	L	K	Q	A	K	P	V	E	S	L	Q	T	G	K	I	S	V	S	S	L	S	S	I	T	S	L	K	K	L	C	N	H	P	A	L	I
Template Known Secondary structure															G	G	G	G	G	G	T	S																													G	G	G	S	S		T	T																				T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
																	214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.				.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	T	R	P	D	I	S	Q	S	Y	W	T	V	W	G	M	R	K	N	E	A	L	V	R	F	L	E	A	E	.	.	.	D	F	D	A	A	I	I	F	V	R	T	K	N	A	T	L	E	V	A	E	A	L	E	R	N	G	Y	N	S	A	A	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	E	K	C	L	T	G	E	E	G	F	D	G	A	L	D	L	F	P	Q	N	Y	S	T	K	A	V	E	P	Q	L	S	G	K	M	L	V	L	D	Y	I	L	A	M	T	R	T	T	T	S	D	K	V	V	L	V	S	N	Y	T	Q	T	L	D	L	F	E	K	L	C	R	N	R	R	Y	L	Y	V	R	L
Template Known Secondary structure								T		T	T		T	T	G	G	G	T	S		S	S			S	S	S			G	G	G	S																										S																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.				.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.
Query Sequence		N	G	D	M	N	Q	A	L	R	E	Q	T	L	E	R	L	K	D	G	R	.	.	.	L	D	I	L	I	A	T	D	V	A	A	R	G	L	D	V	E	R	I	S	L	V	V	N	Y	D	I	P	M	D	S	E	S	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	G	R	A	G	R	A	L	L	F	V
Query Conservation																						.	.	.
Alig confidence																						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	T	M	S	I	K	K	R	A	K	I	V	E	R	F	N	N	P	S	S	P	E	F	I	F	M	L	S	S	K	A	G	G	C	G	L	N	L	I	G	A	N	R	L	V	M	F	D	P	D	W	N	P	A	N	D	E	Q	A	M	A	R	V	W	R	D	G	Q	K	K	T	C	Y	I	Y	R
Template Known Secondary structure			S	S															S	T	T										G	G	G	S		T	T				T	T								S			S	S									T	T	S	S	S	T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.