Job Description P52073 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:05:09 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 339 % Identity 13% Template c3fwaA_ PDB info PDB header:flavoprotein Chain: A: PDB Molecule:reticuline oxidase; PDBTitle: structure of berberine bridge enzyme, c166a variant in complex with2 (s)-reticuline Resolution 1.50 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.				40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.
Query Sequence		C	D	Y	S	Q	A	L	L	E	Q	V	N	Q	A	I	S	D	K	T	P	L	V	I	Q	G	S	N	S	K	A	F	L	G	R	P	.	.	.	V	T	G	Q	T	L	D	V	R	C	H	R	G	I	V	N	Y	D	P	T	E	L	V	I	T	A	R	V	G	T	P	L	V	T	I	E	A	A	L	E	S	A
Query Conservation																																					.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.															.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		P	G	S	K	E	E	L	S	N	T	I	R	C	I	R	K	G	S	W	T	I	R	L	R	S	G	G	H	S	Y	E	G	L	S	Y	T	S	D	T	P	F	I	L	I	D	L	M	N	L	N	R	V	.	S	I	D	L	E	S	E	T	A	W	V	E	S	G	S	T	L	G	E	L	Y	Y	A	I	T	E	S
Template Known Secondary structure				S													T	T	T							S	S				T	T		T	T	S			S	S								T	T					.				T	T	T	T						T	T		B
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Q	M	L	P	C	E	P	P	H	Y	G	E	E	A	T	W	G	G	M	V	A	C	G	L	A	G	P	R	R	P	W	S	G	S	V	R	D	F	V	L	G	T	R	I	I	T	G	A	G	K	H	L	R	F	G	G	E	V	M	K	N	V	A	G	Y	D	L	S	R	L	M	V	G	S	Y	G	C	L	G
Query Conservation
Alig confidence													.																																															.	.	.	.	.
Template Conservation													.																																															.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	K	L	G	F	T	A	G	W	A	.	P	T	V	G	T	G	G	H	I	S	G	G	G	F	G	M	M	S	R	K	Y	G	L	A	A	D	N	V	V	D	A	I	L	I	D	A	N	G	A	I	L	D	R	Q	A	M	.	.	.	.	.	G	E	D	V	F	W	A	I	R	G	G	G	G	G	V	W	G
Template Known Secondary structure			S	S							S		.	T	T	S	B							T					T	T							G	G	G	G									T	T										.	.	.	.	.									T	T	S		T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure													.																																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.		.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.						.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.						.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.									.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	T	E	I	S	M	K	V	L	P	R	P	R	A	S	L	S	L	R	R	E	I	S	.	.	.	.	.	L	Q	E	A	M	S	E	I	A	E	W	Q	L	Q	P	L	P	I	S	G	L	C	Y	F	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	W	I	R	L	E	G	G	E	G	S	V	K	A	A	R
Query Conservation																										.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	Y	A	W	K	I	K	L	L	P	V	P	E	K	V	T	V	F	R	V	T	K	N	V	A	I	D	E	A	T	S	L	L	H	K	W	Q	F	V	A	E	E	L	E	E	D	F	T	L	S	V	L	G	G	A	D	E	K	Q	V	W	L	T	M	L	G	F	H	F	G	L	K	T	V	A	K	S	T	F
Template Known Secondary structure															S																														S		T	T											T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		229	230	.	.														.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.								.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	L	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	E	V	A	G	Q	F	W	Q	Q	L	R	E	Q	Q	L	P	F	F	S	L	P	G	T	L	.	.	.	.	.	.	.	W	R	I	S	L	P	S	D	A	P	M	M	D	L	P	G	E	Q	L	I	D	W	G	G	A	L	R	W	L	K
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	L	F	P	E	L	G	L	V	E	E	D	Y	L	E	M	S	W	G	E	S	F	A	Y	L	A	G	L	E	T	V	S	Q	L	N	N	R	F	L	K	F	D	E	R	A	F	K	T	K	V	D	L	T	K	E	P	L	P	S	K	A	F	Y	G	L	L	E	R	L	S	K	E	P	N	G	F	I	A	L
Template Known Secondary structure						G	G	G				G	G	G														T	T		S		G	G	G	G	G		T	T	S		S													S	S																T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		289	290	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	T	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	Q	I	H	R	I	A	R	N	A	G	G	H	A	T	R	F	S	A	G	D	G	G	F	A	P	L	S	A	.	.	.	.	.	.
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	G	F	G	G	Q	M	S	K	I	S	S	D	F	T	P	F	P	H	R	S	G	T	R	L	M	V	E	Y	I	V	A	W	N	Q	S	E	Q	K	K	K	T	E	F	L	D	W	L	E	K	V	Y	E	F	M	K	P	F	V	S	K	N	P	R	L	G	Y	V	N	H	I	D	L	D	L	G	G	I	D	W
Template Known Secondary structure						G	G	G	G	T	S		T	T	S	S	S					T	T													G	G	G	G	G	G																T	T	T	S			S	S					G	G	G			G	G	G					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																								323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	F	R	Y	H	Q	Q	L	K	Q	Q	L	D	P	C	G	V	F	N	P	G	R	M	Y	A	E	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	N	K	T	V	V	N	N	A	I	E	I	S	R	S	W	G	E	S	Y	F	L	S	N	Y	E	R	L	I	R	A	K	T	L	I	D	P	N	N	V	F	N	H	P	Q	S	I	P	P	M
Template Known Secondary structure		T							T														G	G	G													T	T			S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.