Job Description P0ACY3 Confidence 99.23% Date Thu Jan 5 11:19:25 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 234 % Identity 19% Template c3cf1C_ PDB info PDB header:transport protein Chain: C: PDB Molecule:transitional endoplasmic reticulum atpase; PDBTitle: structure of p97/vcp in complex with adp/adp.alfx Resolution 4.40 Å

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		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.								.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	F	E	E	F	Y	G	M	E	D	A	I	E	Q	I	V	S	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	K	H	A	A	Q	G	L	E	E	K	K	Q	I	L	Y	L	L	G	P	V	G	G	G	K	S	S	L	A	E	R	L	K	S	L	M	Q	L	V	P	I	Y	V	L	S	A	N	G	E	R	S	P	V	N	D
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	W	E	D	I	G	G	L	E	D	V	K	R	E	L	Q	E	L	V	Q	Y	P	V	E	H	P	D	K	F	L	K	F	G	M	T	P	S	K	G	V	L	F	Y	G	P	P	G	C	G	K	T	L	L	A	K	A	I	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	T	T		S																								T	S						S								T	T	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	P	F	C	L	F	N	P	Q	E	D	A	Q	I	L	E	K	E	Y	G	I	P	R	R	Y	L	G	T	I	M	S	P	W	A	A	K	R	L	H	E	F	G	G	D	I	T	K	F	R	V	V	K	V	W	P	S	I	L	Q	Q	I	A	I	A	K	T	E	P	G	D	E	N	N	Q	D	I	S	A	L	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	C	Q	A	N	F	I	S	I	K	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																										534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.										.	.	.
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270															.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	K	V	D	I	R	K	L	E	H	Y	A	Q	N	D	P	D	A	Y	G	Y	S	G	A	L	C	R	A	N	Q	G	I	M	E	F	V	E	M	F	K	A	P	I	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	H	P	L	L	T	A	T	Q	E	G	N	Y	N	G	T	E	G	I	S	A
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	M	W	F	.	.	.	.	.	.	.	G	E	S	E	A	N	V	R	E	I	F	D	K	A	R	Q	A	A	P	C	V	L	F	F	D	E	L	D	S	I	A	K	A	R	G	G	N	I	G	D	G	G	G	A	A	D	R	V	I	N	Q	I	L	T	E	M	D	.	.	.	.	.	.	.	G	M	S	T	K
Template Known Secondary structure					T	.	.	.	.	.	.	.	T	T		T							T	T	T	T	T	T	T		S						S	S	G	G	G	G					T	T	T	T		S	S			S														.	.	.	.	.	.	.	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		549	550	.	.								.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.								610	.	.	.	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.			.	.		.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.			.
Query SS confidence																																.	.			.
Query Sequence		L	P	F	N	G	I	I	L	A	H	S	N	E	S	E	W	V	T	F	R	N	N	K	N	N	E	A	F	L	D	.	.	R	V	.	Y	I	V	K	V	P	Y	C	L	R	I	S	E	E	I	K	I	Y	E	K	L	L	N	H	S	E	L	T	H	A	P	C	A	P	G	T	L	E	T	L	S	R	F	S	I
Query Conservation																																.	.			.
Alig confidence			.	.													.	.	.	.					.	.	.					.	.			.									.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.													.	.	.	.					.	.	.																		.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	.	.	N	V	F	I	I	G	A	T	N	R	P	D	.	.	.	.	I	I	D	P	.	.	.	A	I	L	R	P	G	R	L	D	Q	L	I	Y	I	P	L	P	.	D	E	K	S	R	V	A	I	L	K	A	N	L	R	K	S	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	.	.	S								S		G	G	.	.	.	.	G			G	.	.	.	G	G	T	S	T	T	T	S										.		T	T										T	T	T	S		B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.	.													.	.	.	.					.	.	.																		.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		615			.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.					.	.	630	.				.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.		.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.					.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.
Query Sequence		L	S	R	L	K	E	P	E	N	S	S	I	Y	S	K	M	R	V	Y	D	G	E	S	L	K	D	T	D	P	K	A	K	S	Y	Q	E	Y	R	D	Y	A	G	V	D	E	G	M	N	G	L	S	T	R	F	A	F	K	I	L	S	R	V	F	N	F	D	H	V	E	V	A	A	N	P	V	.	.	.	.	H
Query Conservation																																																																													.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.													.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	D	V	D	L	E	F	L	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	T	N	G	F	S	G	A	D	L	T	E	I	C	Q	R	A	.	C	K	L	A	I	R	E	S	I	E	S	E	I	V	P	E	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S							T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S	S														.		T	T														B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
																											667	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.										.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.		.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.			.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure														.	.
Query SS confidence														.	.
Query Sequence		L	F	Y	V	L	E	Q	Q	I	E	R	E	.	.	Q	F	P	Q	E	Q	A	E	R	Y	L	E	F
Query Conservation														.	.
Alig confidence														.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	R	D	H	F	E	E	A	M	R	F	A	R	R	S	V	S	D	N	D	I	R	K	Y	E	M	F
Template Known Secondary structure											T	T				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		732	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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