Job Description P0ACY3 Confidence 99.20% Date Thu Jan 5 11:19:25 GMT 2012 Rank 35 Aligned Residues 229 % Identity 19% Template c3b9pA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:cg5977-pa, isoform a; PDBTitle: spastin Resolution 2.70 Å

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		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.							.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	F	E	E	F	Y	G	M	E	D	A	I	E	Q	I	V	S	Y	L	K	.	.	.	.	.	.	H	A	A	Q	G	L	E	E	K	K	Q	I	L	Y	L	L	G	P	V	G	G	G	K	S	S	L	A	E	R	L	K	S	L	M	Q	L	V	P	I	Y	V	L	S	A	N	G	E	R	S	P	V	N	D	H
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	W	T	D	I	A	G	Q	D	V	A	K	Q	A	L	Q	E	M	V	I	L	P	S	V	R	P	E	L	F	T	G	L	R	A	P	A	K	G	L	L	L	F	G	P	P	G	N	G	K	T	L	L	A	R	A	V	A	T	E	C	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			G	G	G	S														T							G	G	G	S		G	G	G				S						S	S	S	S	S													T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	F	C	L	F	N	P	Q	E	D	A	Q	I	L	E	K	E	Y	G	I	P	R	R	Y	L	G	T	I	M	S	P	W	A	A	K	R	L	H	E	F	G	G	D	I	T	K	F	R	V	V	K	V	W	P	S	I	L	Q	Q	I	A	I	A	K	T	E	P	G	D	E	N	N	Q	D	I	S	A	L	V	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	F	L	N	I	S	A	A	S	L	T	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																					542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.				.	.	.	.	.	260	.	.	.	.							.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	V	D	I	R	K	L	E	H	Y	A	Q	N	D	P	D	A	Y	G	Y	S	G	A	L	C	R	A	.	.	.	N	Q	G	I	M	E	F	V	E	M	.	.	.	.	.	.	F	K	A	P	I	K	V	L	H	P	L	L	T	A	T	Q	E	G	N	Y	N	G	T	E	G	I	S	A	L	P	F	N	G	I
Query Conservation																													.	.	.											.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.											.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	V	G	D	G	E	K	L	V	R	A	L	F	A	V	A	R	H	M	Q	P	S	I	I	F	I	D	E	V	D	S	L	L	S	E	R	E	A	S	R	R	L	K	T	E	F	L	V	E	F	D	G	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	I	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		S																T		S							T	G	G	G	T	S	B					S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												555	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.													610	.	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	A	H	S	N	E	S	E	W	V	T	F	R	N	N	K	N	N	E	A	F	L	D	R	V	Y	I	V	K	V	P	Y	C	L	R	I	S	E	E	I	K	I	Y	E	K	L	L	N	H	S	E	L	T	H	A	P	C	A	P	G	T	L	E	T	L	S	R	F	S	I	L	S	R	L	K	E	P	E	N
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.					.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.					.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	A	A	T	N	R	P	Q	.	.	.	.	E	L	D	E	.	.	.	A	A	L	R	R	F	T	K	R	V	Y	V	S	L	P	D	E	Q	T	R	E	L	L	L	N	R	L	L	Q	K	Q	G	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							S		G	G	.	.	.	.	G	B			.	.	.																													G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.					.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		624	.	.	.	.	.	630	.	.					.	.	.	.				.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.							.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	S	I	Y	S	K	M	R	V	Y	D	G	E	S	L	K	D	T	D	P	K	A	K	S	Y	Q	E	Y	R	D	Y	A	G	V	D	E	G	M	N	G	L	S	T	R	F	A	F	K	I	L	S	R	V	F	N	F	D	.	.	.	.	.	.	H	V	E	V	A	A	N	P	V	H	L	F	Y	V	L	E	Q
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	T	E	A	L	R	R	L	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	D	G	Y	S	G	S	D	L	T	A	L	A	K	D	A	A	L	E	P	I	R	E	L	N	I	S	A	M	R	A	I	T	E	Q	D	F	H	S	S	L	K	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T														T	T					T																		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		671	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.										.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	I	E	R	E	Q	F	P	Q	E	Q	A	E	R	Y	L	E	F
Query Conservation
Alig confidence					.	.
Template Conservation					.	.
Template Sequence		I	R	R	.	.	S	V	A	P	Q	S	L	N	S	Y	E	K	W
Template Known Secondary structure					.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.
Template SS confidence
		734	.	.			.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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