Job Description P27294 Confidence 99.24% Date Wed Jan 25 15:20:46 GMT 2012 Rank 276 Aligned Residues 167 % Identity 20% Template c3c5iD_ PDB info PDB header:transferase Chain: D: PDB Molecule:choline kinase; PDBTitle: crystal structure of plasmodium knowlesi choline kinase, pkh_134520 Resolution 2.20 Å

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		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.											.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	N	H	W	W	A	T	E	G	D	W	V	E	E	P	N	Y	R	R	N	G	M	S	G	V	Q	C	V	E	R	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	L	Y	V	K	R	M	T	H	H	L	F	H	S	V	R	Y	P	F	G	R	P	T	I	V	R	E	V	A	V	I	K	E	L	E	R	A
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.																																										.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	P	E	W	N	H	F	T	E	D	N	L	R	V	K	Q	I	.	.	L	L	T	N	Q	L	F	E	V	G	L	K	E	E	T	A	N	N	Y	N	S	I	R	T	R	V	L	F	R	I	Y	G	K	H	V	D	E	L	Y	N	T	.	.	.	.	.	.	.	I	S	E	F	E	V	Y	K	T	M	S	K	Y
Template Known Secondary structure			G	G	G	T	T			G	G	G							.	.				S															S	T	T	S											T	T	G	G	G	T	S			.	.	.	.	.	.	.													T
Template Predicted Secondary structure																			.	.																																										.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.			.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.								.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	I	V	P	K	I	V	F	G	E	A	V	K	I	E	G	E	W	R	A	L	L	V	T	E	D	M	A	G	F	I	S	I	A	D	W	Y	A	Q	H	A	V	S	P	Y	S	D	E	V	R	Q	A	M	L	K	A	V	A	L	A	F	K	K	M	H	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.											.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.											.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	I	.	A	P	Q	L	L	N	T	F	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	I	E	E	W	L	Y	G	D	P	L	R	I	D	D	L	K	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	L	I	G	I	A	N	V	L	G	K	F	H	T	L	S	R	K	R	H	L	P	E	H	W	D	R
Template Known Secondary structure		T	S	.	S								T	T	.	.	.	.	.	.	.	.									S					G	G	G	G	G			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T					S				T	T	S
Template Predicted Secondary structure				.											.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		98	.		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.									110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.												130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
																																																									148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	Q	H	G	C	C	Y	V	R	H	I	Y	V	K	T	E	G	N	A	E	A	G	F	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.
Template Sequence		T	P	C	I	F	K	M	M	E	K	W	K	N	Q	L	F	K	Y	K	N	I	E	K	Y	N	C	D	I	H	K	Y	I	K	E	S	D	K	F	I	K	F	M	K	V	Y	S	K	S	D	N	L	A	N	T	I	V	F	C	H	N	D	L	Q	E	N	N	I	I	N	T	N	K	C	.	.	.	L	R	L	I
Template Known Secondary structure		S															T	T	S	T	T	G	G	G	T		S	S																			T	T	S			G	G	G							S			S	G	G	G					S	S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230				.	.	.	.
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	E	K	S	R	R	R	L	R	R	D	K	A	I	N	H	D	F	R	Q	L	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	E	P	I	P	K	A	D	W	E	Q	V	K	A	Y	Y
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.
Template Sequence		D	F	E	Y	S	G	F	N	F	L	.	.	.	.	.	A	T	D	I	A	N	F	F	I	E	T	S	I	D	Y	S	V	S	S	Y	P	F	F	E	I	D	K	K	K	Y	I	S	Y	E	N	R	K	L	F	I	T	A	Y
Template Known Secondary structure				T	T							.	.	.	.	.											T	T							S	T	T	S					G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.						.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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