Job Description Q46863 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:35:20 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 480 % Identity 20% Template d1vr5a1 SCOP info Periplasmic binding protein-like II Periplasmic binding protein-like II Phosphate binding protein-like Resolution 1.73

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		30	.	.	.	.	.	.	.			.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.		.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.																																				.
Query SS confidence										.	.																																				.
Query Sequence		A	P	Q	Q	V	F	R	Y	.	.	N	N	H	S	D	P	G	T	L	D	P	Q	K	V	E	E	N	T	A	A	Q	I	V	L	D	L	F	E	G	L	V	W	M	D	G	.	E	G	Q	V	Q	P	A	Q	A	E	R	W	E	I	L	D	G	G	K	R	Y	I	F	H	L	R	S	G	L	Q	W	S	D	G
Query Conservation										.	.																																				.
Alig confidence										.	.																				.																.																			.
Template Conservation																															.																																			.
Template Sequence		E	R	N	K	T	L	Y	W	G	G	A	L	W	S	P	P	S	N	W	N	P	F	T	P	W	N	A	V	A	.	G	T	I	G	L	V	Y	E	P	L	F	L	Y	D	P	L	N	D	K	F	E	P	W	L	A	E	K	G	E	W	V	S	N	N	.	E	Y	V	L	T	L	R	K	G	L	R	W	Q	D	G
Template Known Secondary structure			G	G	G						S	S			S							T	T		T	T	T	S		T	.	T	T	B	T	T	T	B			S					T	T	T	T					S	S									T	T	.								S	S		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																															.																																			.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.		.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	P	L	T	A	E	D	F	V	L	G	W	Q	R	A	V	D	P	K	T	A	S	P	F	A	G	Y	L	A	Q	A	H	I	N	N	A	A	A	I	V	A	G	K	A	D	V	T	S	L	G	V	K	A	T	D	D	R	T	L	E	V	T	L	E	Q	P	V	P	W	F	T	T	M	L	A	W	P	T	L	F
Query Conservation
Alig confidence																				.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation																				.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Sequence		V	P	L	T	A	D	D	V	V	F	T	F	E	I	A	K	K	Y	.	T	G	I	S	Y	S	P	V	W	N	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	R	I	E	R	V	D	E	R	T	L	K	F	V	F	S	D	P	R	Y	Q	E	W	K	Q	X	L	I	.	N	T	P
Template Known Secondary structure			B																	.	T	T	S	T	T	G	G	G	G	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T							S	S												.
Template Predicted Secondary structure																				.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template SS confidence
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.		.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.		.	160	.
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200				.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.					.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.																																				.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.																																				.	.	.	.
Query Sequence		P	V	P	H	H	V	I	A	K	H	G	D	S	W	.	.	.	S	K	P	E	N	M	V	Y	N	G	A	F	V	L	D	Q	W	V	V	N	E	K	I	T	A	R	K	N	P	K	Y	R	D	A	Q	.	.	.	.	H	T	V	L	Q	Q	V	E	Y	L	A	L	D	N	S	V	T	G	Y	N	R	Y	R	A
Query Conservation																.	.	.																																				.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.																					.															.	.	.	.
Template Conservation																																							.
Template Sequence		I	V	P	K	H	I	W	E	N	K	T	E	E	E	V	L	Q	A	A	N	E	N	P	V	G	S	G	P	Y	Y	V	E	S	W	A	D	D	.	R	C	V	F	K	K	N	G	N	W	W	G	I	R	E	L	G	Y	D	P	K	P	E	R	I	V	E	L	R	V	L	S	N	N	V	A	V	G	X	L	X	K
Template Known Secondary structure									T	T												S	S				S	S	S								T	T	.								T	T														S								S
Template Predicted Secondary structure																																							.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.		.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.						.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.		.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.																																								.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.																																								.
Query Sequence		G	E	V	D	L	T	W	V	P	A	Q	Q	I	P	A	I	E	K	S	L	P	G	E	L	R	I	I	P	.	.	.	.	.	R	L	N	S	E	Y	Y	N	F	N	L	E	K	P	P	F	N	D	V	R	V	R	R	A	L	Y	L	T	V	D	R	Q	L	I	A	Q	K	V	L	.	G	L	R	T	P	A	T
Query Conservation																														.	.	.	.	.																																								.
Alig confidence																														.	.	.	.	.																																								.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	L	D	W	S	N	F	F	L	P	G	V	P	V	L	K	K	A	Y	G	I	V	T	W	Y	E	N	A	P	Y	X	L	P	A	N	T	A	G	I	Y	I	N	V	N	K	Y	P	L	S	I	P	E	F	R	R	A	X	A	Y	A	I	N	P	E	K	I	V	T	R	A	Y	E	N	X	V	T	A	A	N
Template Known Secondary structure		T	S						S			T	T								T			B		S	S	S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T																					T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.			.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.												.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure																						.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	T	P	P	E	V	K	G	F	S	A	T	T	F	D	E	L	Q	K	.	.	P	M	S	E	R	V	A	M	A	K	A	L	L	K	Q	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	S	H	P	L	R	F	E	L	F	Y	N	K	Y	D	L	H	E	K	T	A	I	A	L	S	S	E	W
Query Conservation																						.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	A	G	I	L	P	L	P	G	Y	X	K	Y	Y	P	K	E	V	V	D	K	Y	G	F	K	Y	D	P	E	X	A	K	K	I	L	D	E	L	G	F	K	D	V	N	K	D	G	F	R	E	D	P	N	G	K	P	F	K	L	T	I	E	C	P	Y	G	W	T	D	W	X	V	S	I	Q	S	I	A	E	D
Template Known Secondary structure		T	T				S	S					T	T													S												T	T		B			S	S	S	S	S		B		T	T	S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.		.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450									.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure																																								.													.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.													.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	K	W	L	G	A	Q	V	T	L	R	T	M	E	W	K	T	Y	L	D	A	R	R	A	G	D	F	M	L	S	R	Q	S	W	D	A	T	Y	.	N	D	A	S	S	F	L	N	T	L	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	E	E	N	V	G	H	W	K	N	A	Q	Y	D	A	L	L	N	Q	A
Query Conservation																																								.													.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	K	V	G	I	N	V	E	P	K	Y	P	D	Y	S	K	Y	A	D	D	L	Y	G	G	K	F	D	L	I	L	N	N	F	T	T	G	V	S	A	T	I	W	S	Y	F	N	G	V	F	Y	P	D	A	V	E	S	E	Y	S	Y	S	G	N	F	G	K	Y	A	N	P	E	V	E	T	L	L	D	E	L
Template Known Secondary structure				T	T	T																				T			S						S	S		B			S												G	G	G	G	T	S	S	S		S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.		.	.	.	.			.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
Predicted Secondary structure																																												.					.	.
Query SS confidence																																												.					.	.
Query Sequence		T	Q	I	T	D	A	T	K	R	N	A	L	Y	Q	Q	A	E	V	I	I	N	Q	Q	A	P	L	I	P	I	Y	Y	Q	P	L	I	K	L	L	K	P	Y	V	.	G	G	F	P	.	.	L	H	N	P	Q	D	Y	V	Y	S	K	E	L	Y
Query Conservation																																												.					.	.
Alig confidence																																												.					.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	R	S	N	D	D	A	K	I	K	E	V	V	A	K	L	S	E	I	L	L	K	D	L	P	F	I	P	L	W	Y	N	G	A	W	F	Q	A	S	E	A	V	W	T	N	W	P	T	E	K	N	P	Y	A	V	P	I	G	W	N	G	W	W
Template Known Secondary structure			T																							S																S	S						B	T	T	B		S	S					S	T	T	T	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.