Job Description Q46863 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:35:20 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 454 % Identity 19% Template c3ry3B_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:putative solute-binding protein; PDBTitle: putative solute-binding protein from yersinia pestis. Resolution 2.43 Å

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		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.		.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
Predicted Secondary structure												.
Query SS confidence												.
Query Sequence		V	F	R	Y	N	N	H	S	D	P	.	G	T	L	D	P	Q	K	V	E	E	N	T	A	A	Q	I	V	L	D	L	F	E	G	L	V	W	M	D	G	E	G	Q	V	Q	P	A	Q	A	E	R	W	E	I	L	D	G	G	K	R	Y	I	F	H	L	R	S	G	L	Q	W	S	D	G	Q	P	L	T	A	E
Query Conservation												.
Alig confidence												.																	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.
Template Sequence		T	L	Q	L	A	I	G	D	E	P	T	E	G	F	D	P	X	L	G	W	S	H	G	S	Y	L	L	.	.	.	L	H	S	P	L	L	K	Q	N	E	D	F	S	W	D	S	L	L	L	S	Q	Y	Q	P	S	D	D	G	K	T	W	L	L	T	L	K	P	D	L	K	F	S	D	G	S	P	L	T	A	K
Template Known Secondary structure								S				S	S				G	G	G		S	S	S	S	T				.	.	.					S					T	T	S					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.				.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	V	L	G	W	Q	R	A	V	D	P	K	T	A	S	P	F	A	G	Y	L	A	Q	A	H	I	N	N	A	A	A	I	V	A	G	K	A	D	V	T	S	L	G	V	K	A	T	D	D	R	T	L	E	V	T	L	E	Q	P	V	P	W	F	T	T	M	L	A	W	P	T	L	F	P	V	P	H	H	V
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.
Template Sequence		D	V	A	F	T	Y	N	N	A	A	A	G	K	V	D	X	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	F	L	S	A	E	V	I	D	P	L	N	V	R	I	H	L	K	A	P	Q	S	T	F	V	N	V	L	G	S	L	G	I	V	S	A	D	.	.	.
Template Known Secondary structure											T				S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S									T	T							S	S			T	T						T	T	S					S	T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.
Template SS confidence
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	K	H	G	D	S	W	S	K	P	E	N	M	V	Y	N	G	A	F	V	L	D	Q	W	V	V	N	E	K	I	T	A	R	K	N	P	K	Y	R	D	A	Q	H	T	V	L	Q	Q	V	E	Y	L	A	L	D	N	S	V	T	G	Y	N	R	Y	R	A	G	E	V	D	L	T	W	V	P	A	Q	Q	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																						.																	.
Template Conservation		.	.	.																																						.																	.
Template Sequence		.	.	.	K	Y	N	A	K	T	Y	A	Q	K	P	I	G	A	G	P	Y	R	L	V	S	F	Q	P	G	Q	Q	X	I	V	E	A	N	P	Y	Y	A	.	G	N	K	N	D	F	D	K	L	I	F	V	F	L	D	E	.	D	S	A	F	A	A	A	Q	S	G	Q	L	G	V	V	R	I	P	P	S	X	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	T			T	T	T	T	T	T	S				S	S	S								T	T	T								T	T		S	.	S				S		S										.									T	T			S						T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																						.																	.
Template SS confidence
					163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.		.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		273	.	.	.	.												.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.		.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Query Sequence		P	A	I	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	P	G	E	L	R	I	I	P	R	L	N	S	E	Y	Y	N	F	N	L	E	K	P	P	F	N	D	V	R	V	R	R	A	L	Y	L	T	V	D	R	Q	L	I	A	Q	K	V	L	.	G	L	R	T	P	A	T	T	L	T	P	P	E	V
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	S	V	N	N	X	K	L	W	V	R	P	S	V	E	N	R	G	I	V	F	P	T	T	P	A	G	K	K	D	A	H	G	Y	P	I	G	N	D	V	T	A	D	V	A	I	R	R	A	I	N	Y	A	I	N	R	Q	L	L	A	D	Q	I	X	E	G	H	A	I	P	A	Y	T	G	V	Q	G	L	P
Template Known Secondary structure						T	T								B											S		S					T	T	S						T	T	T	T	S																					S	T	T						S	S	T	T	T	T	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.										.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	G	F	S	A	T	T	F	D	E	L	Q	K	P	M	S	E	R	V	A	M	A	K	A	L	L	K	Q	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	S	H	P	L	R	F	E	L	F	Y	N	K	Y	D	L	H	E	K	T	A	I	A	L	S	S	E	W	K	K	W	L	G	A	Q	V	T	L	R
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	N	N	.	.	.	.	.	.	P	D	S	A	I	K	D	G	D	I	D	K	A	K	Q	I	L	E	Q	A	G	W	Q	L	N	S	Q	G	T	R	E	K	N	G	L	P	A	K	I	T	L	W	Y	T	S	G	D	T	T	R	R	D	L	A	Q	A	L	R	S	X	L	K	P	I	G	I	D	V	D	L	K
Template Known Secondary structure		T	S		.	.	.	.	.	.	T	T						S												T	T					T	T	S	S				T	T											S	S																G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		318	.	320							.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.			.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.																																															.
Query SS confidence																																	.	.																																															.
Query Sequence		T	M	E	W	K	T	Y	L	D	A	R	R	A	G	D	F	M	L	S	R	Q	S	W	D	A	T	Y	N	D	A	S	.	.	S	F	L	N	T	L	K	S	D	S	E	E	N	V	G	H	W	K	N	A	Q	Y	D	A	L	L	N	Q	A	T	Q	I	T	D	A	T	K	R	N	A	L	Y	Q	Q	A	E	.
Query Conservation																																	.	.																																															.
Alig confidence												.	.	.																			.	.																																															.
Template Conservation												.	.	.
Template Sequence		S	G	S	W	E	T	V	E	R	N	.	.	.	X	H	A	N	P	T	L	F	G	W	G	S	L	D	P	X	E	L	Y	H	H	Y	S	S	N	A	A	G	V	E	Y	Y	N	P	G	Y	Y	K	N	P	X	V	D	K	H	L	Q	Q	A	L	D	A	P	T	W	Q	Q	A	V	P	F	W	Q	Q	V	D	W
Template Known Secondary structure												.	.	.	T	T	T	S									S	S	T									G	G	G	T	T	S	T	T	S	S	T	T																		S	S										T	T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.				.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
							489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.			.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																													.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																													.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	V	I	I	N	Q	Q	A	P	L	I	P	I	Y	Y	Q	P	L	I	K	L	L	K	P	Y	V	G	G	F	.	.	P	L	H	N	P	Q	D	Y	V	Y	S	K	E	L
Query Conservation		.	.	.	.	.																													.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	T	T	G	A	G	I	R	G	D	A	A	W	A	W	L	L	N	I	Q	H	T	Y	L	A	N	N	C	V	D	L	G	K	G	T	P	E	I	H	G	S	W	S	L	L	N	S	I
Template Known Secondary structure			S	S			S	S	T	T	T	T																	T	T							S		B		S	S	T	T	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.