Job Description Q46863 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:35:20 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 478 % Identity 18% Template c2d5wA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:peptide abc transporter, peptide-binding protein; PDBTitle: the crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus2 thermophilus hb8 complexed with pentapeptide Resolution 1.30 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.					50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.														.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	Q	Q	V	F	R	Y	N	N	H	S	D	P	G	T	L	D	P	Q	.	.	.	.	K	V	E	E	N	T	A	A	Q	I	V	L	D	L	F	E	G	L	V	W	M	D	G	E	G	Q	V	Q	P	A	Q	A	E	R	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	L	D	G	G	K	R	Y
Query Conservation																					.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	D	N	S	L	V	I	G	A	S	Q	E	P	R	V	L	A	G	D	F	L	R	V	I	S	N	Q	A	I	K	S	E	I	E	Q	Y	L	F	A	P	F	I	G	F	N	A	D	S	Q	N	F	P	V	L	A	T	E	V	P	T	L	E	N	G	R	L	R	V	T	D	I	G	G	G	K	K	R	L	E	M
Template Known Secondary structure				T							S				S	S		S	S		T	T		S	S	B																S					T	T	S					S	S	B	S	S				T	T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	F	H	L	R	S	G	L	Q	W	S	D	G	Q	P	L	T	A	E	D	F	V	L	G	W	Q	R	A	V	D	P	K	T	A	S	P	F	A	G	Y	L	A	Q	A	H	I	N	N	A	A	A	I	V	A	G	K	A	D	V	T	S	L	G	V	K	A	T	D	D	R	T	L	E	V	T	L	E	Q	P	V
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	I	T	I	R	P	D	A	K	W	S	D	G	R	P	I	T	T	E	D	V	A	F	Y	F	E	V	G	K	A	K	G	M	P	V	L	N	P	D	F	W	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	N	V	R	I	K	D	A	R	N	F	T	L	I	F	E	P	A	Y
Template Known Secondary structure					B		T	T		B		T	T	S		B															S	T	T				S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	W	F	T	T	M	L	A	W	P	T	L	F	P	V	P	H	H	V	I	A	K	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	S	W	S	K	P	E	N	M	V	Y	N	G	A	F	V	L	D	Q	W	V	V	N	E
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.
Template Sequence		Y	.	.	.	Y	D	T	Y	G	P	I	N	T	Y	A	P	K	H	I	M	G	P	E	W	E	R	V	K	A	A	A	R	G	L	D	P	D	K	D	A	E	K	L	N	E	L	Y	R	N	F	F	L	K	F	A	T	P	Q	A	L	N	R	G	A	M	V	Y	S	G	P	F	K	L	K	R	W	V	P	G	N
Template Known Secondary structure		T	.	.	.	T	T	T		S		B																					T	T			T	T	T	T														T	T	T	S						T	T						S	S								T	T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.
Template SS confidence
		146				.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.					.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.								.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure													.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	I	T	A	R	K	N	P	K	Y	R	.	.	.	.	D	A	Q	H	T	V	L	Q	Q	V	E	Y	L	A	L	D	N	S	V	T	G	Y	N	R	Y	R	A	G	E	V	D	L	T	W	V	P	A	Q	Q	I	P	A	I	E	.	.	.	.	.	.	.	K	S	L	P	G	E	L	R	I	I	P	R	L	N
Query Conservation													.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	E	M	E	R	N	P	N	F	P	I	K	P	E	G	G	E	S	K	Y	V	Q	K	V	V	Y	R	F	I	Q	N	T	N	S	L	L	V	A	V	I	G	G	S	I	D	A	T	S	S	V	S	L	T	F	D	Q	G	R	S	P	Q	L	V	R	R	A	P	G	R	F	D	I	W	F	V	P	G	A	I
Template Known Secondary structure									T	T						T	T		G	G	G	S		S								S	S											T			S				S	S	S							T						T	T		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.								.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.		.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		S	E	Y	Y	N	F	N	L	E	K	P	P	.	.	.	.	.	.	.	F	N	D	V	R	V	R	R	A	L	Y	L	T	V	D	R	Q	L	I	A	Q	K	V	L	.	G	L	R	T	P	A	T	T	L	T	P	P	E	V	K	G	F	S	A	T	T	F	D	E	L	Q	K	P	M	S	E	R	V	A	M	A
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.																									.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.																									.																		.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.
Template Sequence		W	E	H	I	D	I	N	K	F	E	N	C	Q	V	V	K	D	L	G	L	N	D	K	R	T	R	Q	A	I	L	H	A	L	N	R	E	G	L	V	K	A	F	F	D	G	L	Q	P	V	A	H	T	W	I	A	P	V	N	P	L	F	.	.	.	.	.	N	P	N	V	K	K	Y	E	F	D	L	K	K	A
Template Known Secondary structure											T	T	S							T	T	T	S										T	S											T	T	S	S		B		S	S	S	S		T	T	S	T	T		.	.	.	.	.		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.						.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.														.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.							.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	L	L	K	Q	A	G	Y	D	A	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	R	F	E	L	F	Y	N	K	Y	D	L	H	E	K	T	A	I	A	L	S	S	E	W	K	K	W	L	G	A	Q	V	T	L	R	T	M	E	W	K	T	Y	L	D	A	R	.	.	.	.	.	.	R
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	L	L	A	E	M	G	W	R	K	G	P	D	G	I	L	Q	R	T	V	N	G	R	T	V	R	F	E	I	E	Y	V	T	T	A	G	N	V	V	R	E	R	T	Q	Q	F	F	A	E	D	L	K	K	I	G	I	A	V	K	I	N	N	A	P	S	A	V	V	F	A	D	E	F	I	Q	R	A	S	E
Template Known Secondary structure								T	T					T	T	S							T	T												B	T	T																		T	T								B						T	B					T		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.														.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	D	F	M	L	S	R	Q	S	W	D	A	T	Y	N	D	A	S	S	F	L	N	T	L	K	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	E	N	V	G	H	W	K	N	A	Q	Y	D	A	L	L	N	Q	A	T	Q	I	T	D	A	T	K	R	N	A	L	Y	Q	Q	A	E	V	I
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	K	W	T	G	M	F	E	F	A	W	V	S	N	L	Q	E	D	G	S	L	F	Q	Y	K	N	L	N	T	G	A	I	M	V	P	T	K	E	N	N	Y	Q	G	Q	N	I	G	G	W	R	N	D	E	F	D	R	L	T	S	Q	A	V	L	E	F	D	P	E	R	R	K	Q	L	F	W	R	A	Q	E	I
Template Known Secondary structure		T	S	S		S										S					G	G	G		S	B		T	T	T			B		S		S	G	G	G	T	T		S	S		T	T															T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.							.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	N	Q	Q	A	P	L	I	P	I	Y	Y	Q	P	L	I	K	L	L	K	P	Y	V	G	G	F	P	L	H	N	P	Q	D	.	.	.	.	.	.	Y	V	Y	S	K	E	L	Y	I	K	A
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	A	E	E	L	P	A	L	P	L	Y	F	R	A	N	P	Y	V	V	R	K	G	L	V	N	Y	V	A	S	A	Y	S	G	G	Y	G	Y	P	G	W	N	A	W	E	I	G	W	E	S	R
Template Known Secondary structure							S															T	T			S					S	S	T	T	T	T	T		S		T	T	G	G	G				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.