Job Description Q46863 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:35:20 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 478 % Identity 17% Template c1ztyA_ PDB info PDB header:sugar binding protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:chitin oligosaccharide binding protein; PDBTitle: crystal structure of the chitin oligasaccharide binding2 protein Resolution 2.30 Å

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		32	.	.	.	.	.	.				.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.			.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.																																					.	.
Query SS confidence									.	.	.																																					.	.
Query Sequence		Q	Q	V	F	R	Y	N	.	.	.	N	H	S	D	P	G	T	L	D	P	Q	K	V	E	E	N	T	A	A	Q	I	V	L	D	L	F	E	G	L	V	W	M	D	G	E	G	.	.	Q	V	Q	P	A	Q	A	E	R	W	E	I	L	D	G	G	K	R	Y	I	F	H	L	R	S	G	L	Q	W	S	D	G
Query Conservation									.	.	.																																					.	.
Alig confidence									.	.	.																			.	.																	.	.
Template Conservation																														.	.
Template Sequence		R	S	E	L	T	I	V	P	D	F	Y	P	T	M	V	R	N	F	N	P	Y	L	A	T	N	L	R	T	.	.	T	T	D	F	I	Y	E	P	L	V	V	F	N	E	M	K	G	N	T	P	V	F	R	L	A	E	S	Y	K	M	A	D	D	L	M	S	V	T	F	D	I	R	K	G	V	K	W	S	D	G
Template Known Secondary structure									S				S	S							T	T		S	S	S		T	T	.	.	S	B	T	T	T	B			S					G	G	G	T	T					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																														.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.			.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	P	L	T	A	E	D	F	V	L	G	W	Q	R	A	V	D	P	K	T	A	S	P	F	A	G	Y	L	A	Q	A	H	I	N	N	A	A	A	I	V	A	G	K	A	D	V	T	S	L	G	V	K	A	T	D	D	R	T	L	E	V	T	L	E	Q	P	V	P	W	F	T	T	M	L	A	W	P	T	L	F
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Sequence		E	A	F	T	A	D	D	V	V	Y	S	F	G	L	L	K	A	K	P	E	L	D	Q	R	G	I	N	K	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	S	V	E	K	V	D	E	Y	K	V	R	F	R	L	S	E	A	N	S	N	V	P	Y	E	I	S	L	I	P	.	.
Template Known Secondary structure			B																S	G	G	G		T	T		G	G	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T							S	S			T	T							T	S		.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.		.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		P	V	P	H	H	V	I	A	K	H	G	D	.	S	W	S	K	P	E	N	M	V	Y	N	G	A	F	V	L	D	Q	W	V	V	N	E	K	I	T	A	R	K	N	P	K	Y	R	D	A	Q	H	T	V	L	Q	Q	V	E	Y	L	A	L	D	N	S	V	T	G	Y	N	R	Y	R	A	G	E	V	D	L	T
Query Conservation														.
Alig confidence														.
Template Conservation
Template Sequence		I	V	A	E	H	V	W	K	D	V	K	D	P	T	T	F	T	N	E	N	P	V	G	T	G	P	F	T	V	I	D	T	F	T	P	Q	L	Y	I	Q	C	R	N	P	N	Y	W	D	A	A	N	L	E	V	D	C	L	R	V	P	Q	I	A	N	N	D	Q	L	L	G	K	I	V	N	S	E	L	D	W	T
Template Known Secondary structure									T	T		S		T	T	T				S	S				S	S	S									S	S								T	T		T	T	G	G	G													S										T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
		266		.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.							.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.		.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.																																				.	.	.	.	.	.																										.
Query SS confidence			.																																				.	.	.	.	.	.																										.
Query Sequence		W	.	V	P	A	Q	Q	I	P	A	I	E	K	S	L	P	G	E	L	R	I	I	P	R	L	N	S	E	Y	Y	N	F	N	L	E	K	P	.	.	.	.	.	.	P	F	N	D	V	R	V	R	R	A	L	Y	L	T	V	D	R	Q	L	I	A	Q	K	V	L	.	G	L	R	T	P	A	T	T	L	T	P
Query Conservation			.																																				.	.	.	.	.	.																										.
Alig confidence			.																																				.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation
Template Sequence		S	S	F	V	P	D	I	D	R	T	Y	A	A	A	N	P	N	H	H	Y	W	Y	P	A	A	G	T	Q	A	F	M	V	N	F	K	N	P	D	P	A	K	K	E	A	L	D	N	V	D	F	R	R	A	F	S	M	A	L	D	R	Q	T	I	I	D	I	A	F	Y	G	S	G	T	V	N	D	F	A	S	G
Template Known Secondary structure						T	T					T	G	G	G		T	T																	T	T		S	S								T																						T	T	T		S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
		338	.	340	.	.				.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.												.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	E	V	K	G	.	.	.	F	S	A	T	T	F	D	E	L	Q	K	P	M	S	E	R	V	A	M	A	K	A	L	L	K	Q	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	S	H	P	L	R	F	E	L	F	Y	N	K	Y	D	L	H	E	K	T	A	I	A	L	S	S	E	W	K	K	W
Query Conservation							.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	Y	A	F	E	A	W	S	D	E	A	T	H	K	K	Y	K	G	F	N	T	Y	D	V	E	G	S	K	K	L	L	A	K	A	G	F	K	D	V	N	G	D	G	F	V	E	T	P	S	G	K	S	F	E	L	L	I	Q	S	P	N	G	W	T	D	F	N	N	T	V	Q	L	A	V	E	Q	L	Q	E
Template Known Secondary structure				G	G	G	G	G	G											G	G	G	S														T					S	S	S	S	S				T	T	S											T	T																	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.								.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	A	Q	V	T	L	R	T	M	E	W	K	T	Y	L	D	A	R	R	A	G	D	F	M	L	S	R	Q	S	W	D	A	T	Y	N	D	A	S	S	F	L	N	T	L	K	S	D	.	.	.	.	.	.	.	S	E	E	N	V	G	H	W	K	N	A	Q	Y	D	A	L	L	N	Q	A	T	Q	I	T	D
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	I	K	A	K	A	R	T	P	E	F	A	V	Y	N	Q	A	M	L	E	G	T	Y	D	V	A	Y	T	N	Y	F	H	G	A	D	P	F	T	Y	W	N	S	G	Y	N	S	A	L	Q	S	G	D	G	M	P	R	F	A	M	H	Y	F	T	D	K	K	L	D	G	L	L	D	S	F	Y	K	T	A	D
Template Known Secondary structure		T	T																			T	T			S										S	S	T										G	G	G	G	S	S	T	T			S	T	T	T	T												T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.		.	.	.	.	.	.	.			.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
Predicted Secondary structure																																					.								.	.
Query SS confidence																																					.								.	.
Query Sequence		A	T	K	R	N	A	L	Y	Q	Q	A	E	V	I	I	N	Q	Q	A	P	L	I	P	I	Y	Y	Q	P	L	I	K	L	L	K	P	.	Y	V	G	G	F	P	L	.	.	H	N	P	Q	D	Y	V	Y	S	K	E	L	Y
Query Conservation																																					.								.	.
Alig confidence																																					.								.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	E	Q	L	A	I	A	H	G	I	Q	K	I	I	A	E	N	Q	V	T	I	P	V	M	S	G	A	W	M	Y	Q	Y	N	T	T	R	F	T	G	W	W	S	E	E	N	P	K	G	R	P	S	V	W	A	G	I	P
Template Known Secondary structure																				T		S														T	T	T						B	T	T	B			S					S	T	T		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.