Job Description P77783 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:32:48 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 513 % Identity 19% Template c2fugC_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: C: PDB Molecule:nadh-quinone oxidoreductase chain 3; PDBTitle: crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i2 from thermus thermophilus Resolution 3.30 Å

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		48	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	V	E	E	K	A	V	W	S	S	C	T	V	N	C	G	S	R	C	L	L	R	L	H	V	K	D	D	T	V	Y	W	V	E	S	D	T	T	G	D	D	V	Y	G	N	H	Q	V	R	A	C	L	R	G	R	S	I	R	R	R	M	N	H	P	D	R	L	K	Y	P	M	K	R	V	G	K	R	G	E
Query Conservation
Alig confidence																.																									.	.	.	.																		.															.	.	.	.
Template Conservation																.																									.	.	.	.																		.															.	.	.	.
Template Sequence		R	N	W	E	M	E	E	T	P	T	T	C	A	L	.	C	P	V	G	C	G	I	T	A	D	T	R	S	G	E	L	L	R	I	R	A	R	E	V	.	.	.	.	P	E	V	N	E	I	W	I	C	D	A	G	R	F	G	H	E	.	W	A	D	Q	N	R	L	K	T	P	L	V	R	K	.	.	.	.	E
Template Known Secondary structure			T	T	T	S									S	.	S	T	T										T	T											.	.	.	.	T	T	S	S		S									T	T		.				S	S				S						.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																.																									.	.	.	.																		.															.	.	.	.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.		.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.					.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.					.
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.		.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.
Query SS confidence																																																													.
Query Sequence		G	K	F	E	R	I	S	W	D	E	A	L	D	T	I	S	D	N	L	R	R	I	L	K	D	Y	G	N	E	A	V	H	V	L	Y	G	T	G	V	D	G	G	N	I	T	N	S	N	V	P	Y	R	L	M	N	S	C	G	G	.	F	L	S	R	Y	G	S	Y	S	T	A	Q	I	S	A	A	M	S	Y	M
Query Conservation																																																													.
Alig confidence																								.	.	.	.										.	.	.																						.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.										.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	R	L	V	E	A	T	W	E	E	A	F	L	A	L	K	E	G	L	K	E	A	.	.	.	.	R	G	E	E	V	G	L	Y	L	.	.	.	A	H	D	A	T	L	E	E	G	L	L	A	S	E	L	A	K	A	L	K	T	P	H	L	D	F	Q	G	R	T	A	A	P	A	S	L	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S																		T	T	S	.	.	.	.	S	S	S	S						.	.	.		T	T																S	S	S						T	T			S	S		T	T	S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.										.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.					.	.	.	340	.	.	.	.	.				.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	G	A	N	D	G	N	S	P	D	D	I	A	N	T	K	L	V	V	M	F	G	N	N	P	A	E	T	R	M	S	G	G	G	V	T	Y	Y	V	E	Q	A	R	E	R	S	N	A	R	M	I	V	I	D	P	R	Y	N	D	T	A	A	G	R	E	D	E	W	L	P	I	R	P	G	T	D	G	A	L	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																				.																.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation		.	.	.																				.																.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Sequence		.	.	.	F	P	P	A	S	L	E	D	L	L	Q	A	D	F	A	L	V	L	G	.	D	P	T	E	E	A	P	I	L	H	L	R	L	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	R	D	L	K	P	P	H	R	Y	N	H	G	T	P	.	F	A	D	L	Q	I	K	E	R	M	P	R	R	T	D	K	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	S		B										S						S	.						S										.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T							B	T	T	B	S		.	S			T	T			S	S					G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																				.																.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template SS confidence
					382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400		.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.									.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.		.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	A	I	A	W	V	L	I	T	E	N	M	V	D	Q	P	F	L	D	K	Y	C	V	G	Y	D	E	K	T	L	P	A	N	A	P	R	N	A	H	Y	K	A	Y	I	L	G	E	G	P	D	G	I	A	K	T	P	E	W	A	A	K	I	T	S	I	P	A	E	K	I	I	Q	L	A	R	E	I	G	S	A
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	F	A	P	Y	R	A	P	L	M	K	W	A	A	I	H	E	V	H	R	P	G	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	I	L	L	A	L	L	G	D	K	E	G	S	E	M	V	A	K	A	K	E	A	W	E	K	A
Template Known Secondary structure						S	S			G	G	G	T	T		S							T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	S	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	P	A	Y	I	C	Q	G	W	G	P	Q	R	H	S	N	G	E	Q	T	S	R	A	I	A	M	L	S	V	L	T	G	N	V	G	I	N	G	G	N	S	G	V	R	E	G	S	W	D	L	G	V	E	W	F	P	M	L	E	N	P	V	K	T	Q	I	S	V	F	T	W	T	D	A	I	D	H	G	T	E
Query Conservation
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	N	P	V	L	I	L	G	A	G	V	L	Q	D	T	V	A	A	E	R	A	R	L	L	A	E	R	A	K	V	L	A	M	T	P	A	A	N	A	R	G	L	E	A	M	G	V	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S							S	G	G	G																							S	S	T	T						T	T	T		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.
Query SS confidence																																																																	.
Query Sequence		M	T	A	T	R	D	G	V	R	G	K	E	K	L	D	V	P	I	K	F	L	W	C	Y	A	S	N	T	L	I	N	Q	H	G	D	I	N	H	T	H	E	V	L	Q	D	D	S	K	C	E	M	I	V	G	I	D	H	F	M	T	A	S	A	.	K	Y	C	D	I	L	L	P	D	L	M	P	T	E	Q	E
Query Conservation																																																																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.																					.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	K	G	A	S	W	D	E	P	G	A	L	Y	A	Y	Y	G	F	V	P	P	E	.	.	.	.	E	A	L	K	G	K	R	F	V	V	M	H	L	S	H	L	H	P	L	A	E	R	Y	A	H	V	V	L	P	A	P	T	F	Y	E	K	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S			S	S					S	S				S	S					.	.	.	.				T	T		S							S	S			T	T						S								G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Template SS confidence
																		552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.					.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	I	S	H	E	S	A	G	N	M	G	Y	V	I	L	A	Q	P	A	T	S	A	K	F	E	R	K	P	I	Y	W	M	L	S	E	V	A	K	R	L	G	P	D	V	Y	Q	T	F	T	E	G	R	S	Q	H	E	W	I	K	Y	L	H	A	K	T	K	E	R	N	P	E	M	P	D	Y	E	E	M	K
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.																																				.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.																																				.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	H	L	V	N	L	E	G	R	.	.	.	.	V	L	P	L	S	P	A	P	I	E	N	G	E	A	E	G	A	L	Q	V	L	A	L	L	A	E	A	L	G	V	R	P	P	F	R	.	.	.	.	.	L	H	L	E	A	Q	K	A	L	K	A	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T	S	B	.	.	.	.																													S				S		S	.	.	.	.	.	S											T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.																																				.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		612	.	.	.	.	.	.	.	620					.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.						.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	T	G	I	F	K	K	K	C	P	E	E	H	Y	V	A	F	R	A	F	R	E	D	P	Q	A	N	P	L	K	T	P	S	G	K	I	E	I	Y	S	E	R	L	A	K	I	A	D	T	W	E	L	K	K	D	E	I	I	H	P	L	P	A	Y	T	P	G	F	D	G	W	D	D	P	L	R	K	T	Y	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	E	A	M	G	R	L	S	F	R	L	K	E	L	R	P	K	E	R	K	G	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S		B																S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																											669	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.
		686	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.		.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		L	Q	L	T	G	F	H	Y	K	A	R	T	H	S	S	Y	G	N	I	D	V	L	Q	Q	A	C	P	.	Q	E	V	W	I	N	P	I	D	A	Q	A	R	G	I	R	H	G	D	T	V	R	V	F	N	N	N	G	E	M	L	I	A	A	K	V	T	P	R	I	L	P	G	V	T	A	I	G	Q	G	A
Query Conservation																													.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	P	T	M	W	K	A	H	Q	A	V	G	K	A	Q	E	A	A	R	A	W	A	H	P	E	T	A	R	A	E	A	L	P	E	G	A	Q	V	A	V	E	T	P	F	G	R	V	E	A	R	V	V	H	R	E	D	V	P	K	G	H	L	Y	L	S	A	L	G
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.					S	S		G	G	G		S	T	T	S										S	S	S		S	T	T	T			T	T								T	T							S		S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		692	.									.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.