Job Description P77783 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:32:48 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 715 % Identity 27% Template c1tmoA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:trimethylamine n-oxide reductase; PDBTitle: trimethylamine n-oxide reductase from shewanella massilia Resolution 2.50 Å

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		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	E	E	K	A	V	W	S	S	C	T	V	N	C	G	S	R	C	L	L	R	L	H	V	K	D	D	T	V	Y	W	V	E	S	D	T	T	G	D	D	V	Y	G	N	H	Q	V	R	A	C	L	R	G	R	S	I	R	R	R	M	N	H	P	D	R	L	K	Y	P	M	K	R	V	G	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	D	E	W	L	T	T	G	S	H	F	.	.	.	.	.	G	A	F	K	M	K	R	K	N	G	V	I	A	E	V	K	P	F	D	L	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	T	D	M	I	N	G	I	R	G	M	V	Y	N	P	S	R	V	R	Y	P	M	V	R	L	D	F	L	L	K	G	H
Template Known Secondary structure												T	T	.	.	.	.	.									T	T									T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	S			G	G	G	G	T						S		T	T	B			S											G	G
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.						.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.									.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.
							124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.		.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																									.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																									.
Query Sequence		.	.	.	.	.	K	R	G	E	G	K	F	E	R	I	S	W	D	E	A	L	D	T	I	S	D	N	L	R	R	I	L	K	D	Y	G	N	E	A	V	H	V	L	Y	G	.	T	G	V	D	G	G	N	I	T	N	S	N	V	P	Y	R	L	M	N	S	C	G	G	F	L	S	R	Y	G	S	Y	S	T	A
Query Conservation		.	.	.	.	.																																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																									.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	N	T	H	Q	R	G	D	F	R	F	V	R	V	T	W	D	K	A	L	T	L	F	K	H	S	L	D	E	V	Q	T	Q	Y	G	P	S	G	L	H	A	G	Q	T	G	W	R	A	T	G	Q	L	H	S	S	T	S	H	M	Q	R	A	V	G	M	H	G	N	Y	V	K	K	I	G	D	Y	S	T	G
Template Known Secondary structure		G	S		G	G	G	T	T	S																										T		G	G	G											S		T	T	T												T	T				B						S	S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		72	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.						.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.										240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	I	S	A	A	M	S	Y	M	F	G	.	.	.	.	.	A	N	D	G	N	S	P	D	D	I	A	N	T	K	L	V	V	M	F	G	N	N	P	A	E	T	R	M	S	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	T	Y	Y	V	E	Q	A	R	E	R	S	N	A	R	M	I	V	I	D	P	R	Y
Query Conservation													.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		A	G	Q	T	I	L	P	Y	V	L	G	S	T	E	V	Y	A	Q	G	T	S	W	P	L	I	L	E	H	S	D	T	I	V	L	W	S	N	D	P	Y	K	N	L	Q	V	G	W	N	A	E	T	H	E	S	F	A	Y	L	A	Q	L	K	E	K	V	K	Q	G	.	K	I	R	V	I	S	I	D	P	V	V
Template Known Secondary structure		T									T	S	S			T	T	S													S						S							T	S			S	S	B				T															T	.	S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	D	T	A	A	G	R	E	D	E	W	L	P	I	R	P	G	T	D	G	A	L	A	C	A	I	A	W	V	L	I	T	E	N	M	V	D	Q	P	F	L	D	K	Y	C	V	G	Y	D	E	K	T	L	P	A	N	A	P	R	N	A	H	Y	K	A	Y	I	L	G	E	G	P	D	G	I	A	K	T	P	E
Query Conservation
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	K	T	Q	A	Y	L	G	C	E	Q	L	Y	V	N	P	Q	T	D	V	T	L	M	L	A	I	A	H	E	M	I	S	K	K	L	Y	D	D	K	F	I	Q	G	Y	S	L	G	F	E	E	F	V	P	Y	V	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	D	G	V	A	K	T	P	E
Template Known Secondary structure									T								T	T																T	T		S																					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.														.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	A	A	K	I	T	S	I	P	A	E	K	I	I	Q	L	A	R	E	I	G	S	A	K	P	A	Y	I	C	Q	G	W	G	P	Q	R	H	S	N	G	E	Q	T	S	R	A	I	A	M	L	S	V	L	T	G	N	V	G	I	N	G	G	N	S	G	V	R	E	G	S	W	D	L	G	V	E	W	F	P	M
Query Conservation
Alig confidence																										.
Template Conservation																										.
Template Sequence		W	A	A	P	I	C	G	V	E	A	H	V	I	R	D	L	A	K	T	L	V	K	G	R	.	T	Q	F	M	M	G	W	C	I	Q	R	Q	Q	H	G	E	Q	P	Y	W	M	A	A	V	L	A	T	M	I	G	Q	I	G	L	P	G	G	G	I	S	Y	G	H	H	Y	S	S	I	G	V	P	S	S	G	A
Template Known Secondary structure								T																S		.							S	G	G	G	S	S	T	T	T															T		T	T	S	T	T					S		T	T	S	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																										.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.		.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	N	P	V	K	T	Q	I	S	V	F	T	W	T	D	A	I	D	H	G	T	E	M	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	R	D	G	V	R	G	K	E	K	L	D	V	P	I	K	F	L	W	C	Y	A	S	N	T	L	I	N	Q	H	G	D	I	N	H	T	H
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.
Template Sequence		A	A	P	G	A	F	P	R	N	L	D	E	N	Q	K	P	L	F	D	S	S	D	F	K	G	A	S	S	T	I	P	V	A	R	W	I	D	A	I	L	E	P	G	K	T	I	D	A	N	G	S	K	V	V	Y	P	D	I	K	M	M	I	F	S	G	N	N	P	W	N	H	H	Q	.	.	.	.	D	R	N
Template Known Secondary structure									S	S			T	T				S	S						T	T	S		S				G	G	G							S	T	T						S	S	S														S							S	S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.					450	.	.
		487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	V	L	Q	D	D	S	K	C	E	M	I	V	G	I	D	H	F	M	T	A	S	A	K	Y	C	D	I	L	L	P	D	L	M	P	T	E	Q	E	D	L	I	S	H	E	S	A	G	N	M	G	Y	V	I	L	A	Q	P	A	T	S	A	K	F	E	R	K	P	I	Y	W	M	L	S	E	V	A	K	R	L
Query Conservation
Alig confidence																																																		.
Template Conservation																																																		.
Template Sequence		R	M	K	Q	A	F	H	K	L	E	C	V	V	T	V	D	V	N	W	T	A	T	C	R	F	S	D	I	V	L	P	A	C	T	T	Y	E	R	N	D	I	D	V	Y	G	A	Y	A	.	N	R	G	I	L	A	M	Q	K	M	V	E	P	L	F	D	S	L	S	D	F	E	I	F	T	R	F	A	A	V	L
Template Known Secondary structure								T	T		S							S	B							T		S					B			G	G	G	S								T	T	T	.											S				T	T		B													T
Template Predicted Secondary structure																																																		.
Template SS confidence
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500		.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
		567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.				.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.
Query Sequence		G	P	D	V	Y	Q	T	F	T	E	G	R	S	Q	H	E	W	I	K	Y	L	H	A	K	T	K	E	R	N	P	E	.	.	.	M	P	D	Y	E	E	M	K	T	T	G	I	F	K	K	K	C	P	E	E	H	Y	V	A	F	R	A	F	R	E	D	P	Q	A	N	P	L	K	T	P	S	G	K	I	E	I
Query Conservation																																	.	.	.
Alig confidence						.	.																										.	.	.																	.
Template Conservation						.	.																																													.
Template Sequence		G	K	E	K	.	.	E	Y	T	R	N	M	G	E	M	E	W	L	E	T	L	Y	N	E	C	K	A	A	N	A	G	K	F	E	M	P	D	F	A	T	F	W	K	Q	G	Y	V	H	F	G	.	D	G	E	V	W	T	R	H	A	D	F	R	N	D	P	E	I	N	P	L	G	T	P	S	G	L	I	E	I
Template Known Secondary structure		T				.	.				T	T																			T	T	T																			.							T	T							T	T	T	S			S	S	S	S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure						.	.																																													.
Template SS confidence
		532	.	.	.			.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
		644	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.		.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.					.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.																																				.	.	.	.
Query SS confidence																																				.																																				.	.	.	.
Query Sequence		Y	S	E	R	L	A	K	I	A	D	T	W	E	L	K	K	D	E	I	I	H	P	L	P	A	Y	T	P	G	F	D	G	W	D	.	D	P	L	R	K	T	Y	P	L	Q	L	T	G	F	H	Y	K	A	R	T	H	S	S	Y	G	N	I	D	V	L	Q	Q	A	C	P	.	.	.	.	Q	E	V	W	I	N
Query Conservation																																				.																																				.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.																			.																																				.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	S	R	K	I	D	Q	F	G	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	D	C	K	G	H	P	T	W	M	E	K	T	E	R	S	H	G	G	P	G	S	D	K	H	P	I	W	L	Q	S	C	H	P	D	K	R	L	H	S	Q	M	C	E	S	R	E	Y	R	E	T	Y	A	V	N	G	R	E	P	V	Y	I	S
Template Known Secondary structure		S						T	T		.	.	.	.	.	.	.		T	T	S		S	S							S	S		S	S	S	S	T	T	T	T	T											S	S	S	B	T	T	B	T	T	T						T	T	T		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		609	610	.	.	.	.	.	.	.								.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.
		719	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.										.	780	.	.	.	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Query Sequence		P	I	D	A	Q	A	R	G	I	R	H	G	D	T	V	R	V	F	N	N	N	G	E	M	L	I	A	A	K	V	T	P	R	I	L	P	G	V	T	A	I	G	Q	G	A	W	L	K	A	D	M	F	G	D	R	V	D	H	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	N	I	L	T	S	H	R	.	P
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Alig confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Conservation
Template Sequence		P	V	D	A	K	A	R	G	I	K	D	G	D	I	V	R	V	F	N	D	R	G	Q	L	L	A	G	A	V	V	S	D	N	F	P	K	G	I	V	R	I	H	E	G	A	W	Y	G	P	V	G	K	D	G	S	T	E	G	G	A	E	V	G	A	L	C	S	Y	G	D	P	N	T	L	T	L	D	I	G	T
Template Known Secondary structure								T	T			T	T								S	S											T	T	S		T	T						T	T								T	T	S		S	G	G	G	G	S	T	T				S	S			G	G	G	S					B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		682	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.
		789	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	P	L	A	K	G	N	P	S	H	S	N	L	V	Q	I	E	K	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	K	L	A	Q	A	C	S	A	Y	T	C	L	V	E	F	E	K	Y
Template Known Secondary structure			T	T	T			B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		762	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780