Job Description P77783 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:32:48 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 706 % Identity 21% Template c1ogyA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:periplasmic nitrate reductase; PDBTitle: crystal structure of the heterodimeric nitrate reductase2 from rhodobacter sphaeroides Resolution 3.2 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.				.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.
Query Sequence		K	A	V	W	S	S	C	T	V	N	C	G	S	R	C	L	L	R	L	H	V	K	D	D	T	V	Y	W	V	E	S	D	T	T	G	D	D	V	Y	G	N	H	Q	V	R	A	C	L	R	G	R	S	I	R	R	R	M	N	H	P	D	R	L	K	Y	P	M	K	R	V	G	K	.	.	.	R	G	E	G	K
Query Conservation																																																																										.	.	.
Alig confidence											.																									.	.	.	.																																			.	.	.
Template Conservation											.																									.	.	.	.
Template Sequence		R	W	S	K	A	P	C	R	F	.	C	G	T	G	C	G	V	M	V	G	T	R	D	G	Q	V	V	A	T	H	G	D	T	Q	.	.	.	.	A	E	V	N	R	G	L	N	C	V	K	G	Y	F	L	S	K	I	M	Y	G	E	D	R	L	T	T	P	L	L	R	M	K	D	G	V	Y	H	K	E	G	E
Template Known Secondary structure									S	S	.		S	S										T	T									T	T	.	.	.	.		T	T	T	S	S								G	G	G	G	S	T	T		T	T				S				S		S	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure											.																									.	.	.	.
Template SS confidence
		13	.	.	.	.	.	.	20	.		.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.					.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190			.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.
Query SS confidence																																																															.	.
Query Sequence		F	E	R	I	S	W	D	E	A	L	D	T	I	S	D	N	L	R	R	I	L	K	D	Y	G	N	E	A	V	H	V	L	Y	G	T	G	V	D	G	G	N	I	T	N	S	N	V	P	Y	R	L	M	N	S	C	G	G	F	L	S	R	.	.	Y	G	S	Y	S	T	A	Q	I	S	A	A	M	S	Y	M	F
Query Conservation																																																															.	.
Alig confidence																																			.	.	.																										.	.
Template Conservation																																			.	.	.
Template Sequence		F	A	P	V	S	W	D	E	A	F	D	V	M	A	A	Q	A	K	L	V	L	K	E	K	A	P	E	A	V	G	M	F	G	.	.	.	S	G	Q	W	T	I	W	E	G	Y	A	A	S	K	L	M	R	A	G	F	R	S	N	N	L	D	P	N	A	R	H	C	M	A	S	A	A	T	A	F	M	R	T	F
Template Known Secondary structure																									T		G	G	G						.	.	.		T	T	S														T	T	S								T					T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120				.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		208	.	210		.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.
Query SS confidence					.
Query Sequence		G	A	N	.	D	G	N	S	P	D	D	I	A	N	T	K	L	V	V	M	F	G	N	N	P	A	E	T	R	M	S	G	G	G	V	T	Y	Y	V	E	Q	A	R	E	R	S	N	A	R	M	I	V	I	D	P	R	Y	N	D	T	A	A	G	R	E	D	E	W	L	P	I	R	P	G	T	D	G	A	L	A
Query Conservation					.
Alig confidence					.																														.	.																												.
Template Conservation																																			.	.																												.
Template Sequence		G	M	D	E	P	M	G	C	Y	D	D	F	E	A	A	D	A	F	V	L	W	G	S	N	M	A	E	M	H	P	I	L	W	.	.	S	R	L	T	D	R	R	L	S	H	E	H	V	R	V	A	V	L	S	T	F	T	H	R	S	S	D	.	L	S	D	T	P	I	I	F	R	P	G	T	D	R	A	I	L
Template Known Secondary structure		S	S		S		S	S		T	T						S						S							S					.	.										S	T	T								S	S	B		G	G	G	G	.	S		S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.																												.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.			.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.		.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310																.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	A	I	A	W	V	L	I	T	E	N	M	V	D	Q	P	F	L	D	K	Y	C	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	E	K	T	L	P	A	N	A	P	R	N	A	H	Y	K	A	Y	I	L	G	E	G	P	D	G	I	A	K	T	P	E	W	A	A	K	I	T	S	I
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Y	I	A	H	H	I	I	S	T	G	R	V	N	R	D	F	V	D	R	H	T	N	F	A	L	G	A	T	D	I	G	Y	G	L	R	P	E	H	Q	L	Q	L	A	A	K	G	A	A	D	A	G	A	M	T	P	T	D	F	E	T	F	A	A	L	V	S	E	Y	T	L	E	K	A	A	E	I	S	G	V
Template Known Secondary structure											T	T																		S	S			T	T			T	T	S					S		T	T		S	S		S				B												T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370		.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	A	E	K	I	I	Q	L	A	R	E	I	G	S	A	K	P	A	Y	.	I	C	Q	G	W	G	P	Q	R	H	S	N	G	E	Q	T	S	R	A	I	A	M	L	S	V	L	T	G	N	V	G	I	N	G	G	N	S	G	V	R	E	G	S	W	D	L	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	P	A	L	L	E	E	L	A	E	L	Y	A	D	P	D	R	K	W	M	S	L	W	T	M	G	F	N	Q	H	V	R	G	V	W	A	N	H	M	V	Y	N	L	H	L	L	T	G	K	I	S	E	P	G	N	S	P	F	S	L	T	G	Q	P	F	A	C	G	T	A	R	E	V	G	T	F	A	H	R	L
Template Known Secondary structure													T	T	S	T	T	S							S					S	S	T	T																T			S	B	T	T	B								S	T	T	T	T	T	T					T		S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	W	F	P	M	L	E	N	P	V	K	T	Q	I	S	V	F	T	W	T	D	A	I	D	H	G	T	E	M	T	A	T	R	D	G	V	R	G	K	E	K	L	D	V	P	I	K	F	L	W	C	Y	A	S	N	T	L	I	N	Q	H	G	D	I	N	H	T	H	E	V	L	Q	D	D	S	K	C	E	M	I
Query Conservation
Alig confidence																																																																							.	.
Template Conservation																																																																							.	.
Template Sequence		P	A	D	M	V	V	T	N	P	E	H	R	A	H	A	E	E	I	W	K	L	P	A	G	L	L	P	D	W	V	G	A	H	A	V	E	Q	D	R	K	L	H	D	G	E	I	N	F	Y	W	V	Q	V	N	N	N	M	Q	A	A	P	N	I	D	Q	E	T	Y	P	.	.	G	Y	R	N	P	E	N	F	I
Template Known Secondary structure		T	T	T			S	S												T	T			T	T		S			S															T	S								S							S	T	T								.	.					T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470			.	.	.	.	.	.	.	.	.
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		V	G	I	D	H	F	M	T	A	S	A	K	Y	C	D	I	L	L	P	D	L	M	P	T	E	Q	E	D	L	I	S	H	E	S	A	G	N	M	G	Y	V	I	L	A	Q	P	A	T	S	A	K	F	E	R	K	P	I	Y	W	M	L	S	E	V	A	K	R	L	G	P	D	V	Y	Q	T	F	T	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.																																						.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.
Template Sequence		V	V	S	D	A	Y	P	T	V	T	G	R	A	A	D	L	V	L	P	A	A	M	W	V	E	K	E	G	A	Y	G	N	A	E	R	R	.	.	.	.	T	H	F	W	H	Q	L	V	E	A	P	G	E	A	R	S	D	L	W	Q	L	M	E	F	S	K	R	F	T	T	D	E	V	W	P	E	E	I	L	S
Template Known Secondary structure						S	S							T	S	S					B			G	G	G	S							T	T	S		.	.	.	.						B		S			S	T	T		B											T	T							S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.					.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
																																										576	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	R	S	Q	H	E	W	I	K	Y	L	H	A	K	T	K	E	R	N	P	E	M	P	D	Y	E	E	M	K	T	T	G	I	F	K	K	K	C	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	P	A	Y	R	G	K	T	L	F	E	V	L	F	A	N	G	S	V	D	R	F	P	A	S	D	V	N	P	D	H	A	N	H	E	A	A	L	F	G	F	Y	P	Q	K	G	L	F	E	E	Y	A	A	F	G	R	G	H	G	H	D	L	A	P	F	D	T	Y	H	E	V	R	G	L	H	W	P	V	V
Template Known Secondary structure				S	S	S	S	S			T	T	T	T	T	T		S	S	S	S	S		S	B	S	S	S	S		S	S	S	B						S	S	S	B												T	T	S	S	S	S	S						T	T					S	S				S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
		616	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	H	Y	V	A	F	R	A	F	R	E	D	P	Q	A	N	P	L	K	T	P	S	G	K	I	E	I	Y	S	E	R	L	A	K	I	A	D	T	W	E	L	K	K	D	E	I	I	H	P	L	P	A	Y	T	P	G	F	D	G	W	D	D	P	L	R	K	T	Y	P	L	Q	L	T	G	F	H	Y	K	A
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	G	E	.	.	.	E	T	R	W	R	Y	R	E	G	F	D	P	Y	V	K	P	G	E	G	L	R	F	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	P	D	G	R	A	V	I	L	G	V	P	Y	E	P	P	A	E	S	P	D	E	E	F	G	F	W	L	V	T	G	R	V	L	E
Template Known Secondary structure		T	T	B	.	.	.			S	S	S	S	B	B	T	T	B	T	T	S		S	S		S	B			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S	S														S	S				S	S	S									B	T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		636	.	.				.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.																.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.
		696	.	.	.			700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.		.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.			.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770
Predicted Secondary structure						.	.														.																																					.	.
Query SS confidence						.	.														.																																					.	.
Query Sequence		R	T	H	S	.	.	S	Y	G	N	I	D	V	L	Q	Q	A	C	P	.	Q	E	V	W	I	N	P	I	D	A	Q	A	R	G	I	R	H	G	D	T	V	R	V	F	N	N	N	G	E	M	L	I	A	A	K	V	.	.	T	P	R	I	L	P	G	V	T	A	I	G	Q	G	A	W	L	K	A	D	M	F
Query Conservation						.	.														.																																					.	.
Alig confidence						.	.														.																																					.	.																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	W	H	S	G	S	M	T	L	R	W	P	E	L	Y	K	A	F	P	G	A	V	C	F	M	H	P	E	D	A	R	S	R	G	L	N	R	G	S	E	V	R	V	I	S	R	R	G	E	I	R	T	R	L	E	T	R	G	R	N	R	M	P	R	G	V	V	F	V	P	W	F	D	A	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B		T	T		T	T	G	G	G	S							S		S													T	T			T	T								S	S									S	S	S	S	S	B			T	T									S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		698	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.
		771	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	R	V	D	H	G	G	S	I	N	I	L	T	S	H	R	P	S	P	L	A	K	G	N	P	S	H	S	N	L	V	Q	I	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	S	Q	L	I	N	K	V	T	L	D	A	N	D	P	I	S	R	Q	T	D	F	K	K	C	A	V	K	I	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	S	S		G	G	G	T	S				B		T	T	T			B			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								772	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800