Job Description P27296 Confidence 99.49% Date Thu Jan 5 11:43:42 GMT 2012 Rank 38 Aligned Residues 275 % Identity 22% Template c3rc8A_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase supv3l1, mitochondrial; PDBTitle: human mitochondrial helicase suv3 in complex with short rna fragment Resolution 2.90 Å

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		46	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	R	H	L	A	I	E	A	P	T	G	V	G	K	T	L	S	Y	L	I	P	G	I	A	I	A	R	E	E	Q	K	T	L	V	V	S	T	A	N	V	A	L	Q	D	Q	I	Y	S	K	D	L	P	L	L	K	K	I	I	P	D	L	K	F	T	A	A	F	G	R	G	R	Y	V	C	P	R	N	L	T
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.																					.	.	.	.					.	.																	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.																					.	.	.	.					.	.																	.	.	.	.
Template Sequence		Q	R	K	I	I	F	H	S	G	P	T	N	S	G	K	T	Y	H	A	I	Q	K	Y	F	S	.	.	.	.	.	A	K	S	G	V	Y	C	G	P	L	K	L	L	A	H	E	I	F	E	K	.	.	.	.	S	N	A	A	.	.	G	V	P	C	D	L	V	T	G	E	E	R	V	T	V	Q	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											S	S	S	S	S	T	T										.	.	.	.	.	S	S	S						S	S											.	.	.	.				T	.	.	T								S	S						S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.																					.	.	.	.					.	.																	.	.	.	.
Template SS confidence
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.						.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.					.	.	.	.			.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	A	S	T	E	P	T	Q	Q	D	L	L	A	F	L	D	D	E	L	T	P	N	N	Q	E	E	Q	K	R	C	A	K	L	K	G	D	L	D	T	Y	K	W	D	G	L	R	D	H	T	D	I	A	I	D	D	D	L	W	R	R	L	S	T	D	K	A	S	C	L	N	R	N	C	Y	Y	Y	R	E	C
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	F	F	V	A	R	R	E	I	Q	E	A	E	V	V	V	A	N	H	A	L	V	M	A	A	M	E	S	E	A	V	L	P	D	P	K	N	L	L	L	V	L	D	E	G	H	H	L	P	D	V	A	R	D	A	L	E	M	S	A	E	I	T	A	P	W	Y	R	L	Q	L	D	L	F	T	K	L	V	A	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	P	N	G	K	Q	A	S	H	V	S	C	T	V	E	M	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	T	T	P	Y	E	V	A	V	I	D	E	I	Q	M	I	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	S	S	S				S						G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S										G	G	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.										280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	M	E	Q	F	R	P	K	T	I	P	P	L	A	I	P	E	R	L	N	A	H	C	E	E	L	Y	E	L	I	A	S	L	N	N	I	L	N	L	Y	M	P	A	G	Q	E	A	E	H	R	F	A	M	G	E	L	P	D	E	V	L	E	I	C	Q	R	L	A	K	L	T	E	M	L	R	G	L	A	E	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	L	N	D	L	S	E	K	T	G	S	H	D	I	V	R	L	H	R	L	I	L	Q	M	N	R	A	L	G	M	F	E	A	Q	S	K	L	W	R	L	A	S	L	A	Q	S	S	G	A	P	V	T	K	W	A	T	R	E	E	R	E	G	Q	L	H	L	W	F	H	C	V	G	I	R	V	S	D	Q	L	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	R	G	W	A	W	T	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																			299	300	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	L	W	R	S	I	P	H	I	I	V	T	S	A	T	L	R	S	L	N	S	F	S	R	L	Q	E	M	S	G	L	K	E	K	A	G	D	R	F	V	A	L	D	S	P	F	N	H	C	E	Q	G	K	I	V	I	P	R	M	R	V	E	P	S	I	D	N	E	E	Q	H	I	A	E	M	A	A	F	F
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	G	L	C	A	E	E	V	H	L	C	G	E	P	A	A	I	D	L	.	.	.	V	M	E	L	M	Y	T	T	G	E	E	V	E	V	R	D	Y	K	R	L	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	V	L	D	H	A	L	E	S	L	D	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															G	G	G				.	.	.									T											S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	S				S	S	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.				.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350										.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																																									.	.
Query SS confidence																																																									.	.
Query Sequence		R	K	Q	V	E	S	K	K	H	L	G	M	L	V	L	F	A	S	G	R	A	M	Q	R	F	L	D	Y	V	T	D	L	R	L	M	L	L	V	Q	G	D	Q	P	R	Y	R	L	V	E	L	H	R	K	R	V	.	.	A	N	G	E	R	S	V	L	V	G	L	Q	S	F	A	E	G	L	D	L	K	G	D
Query Conservation																																																									.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.																						.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																							.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	G	D	C	I	V	C	F	S	K	N	D	I	Y	S	V	S	R	Q	I	E	I	R	G	L	E	S	A	V	I	Y	G	S	L	P	P	G	T	K	L	A	Q	A	K	K	F	N	D	P	N	D	P	C	K	I	L	V	A	T	D	A	I	G	M	G	L	N	L	S	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.		T	T						S	S														T	T								T	T	S															T	T		S								G	G	G	G	S	S					.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																							.	.
Template SS confidence
										365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																																														.	.
Query SS confidence																																																														.	.
Query Sequence		L	L	S	Q	V	H	I	H	K	I	A	F	P	P	I	D	S	P	V	V	I	T	E	G	E	W	L	K	S	L	N	R	Y	P	F	E	V	Q	S	L	P	S	A	S	F	N	L	I	Q	Q	V	G	R	L	I	R	S	H	G	C	.	.	W	G	E	V	V	I	Y	D	K
Query Conservation																																																														.	.
Alig confidence		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	I	R	R	I	I	F	Y	S	L	I	K	E	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	Q	A	L	Q	I	A	G	R	A	G	R	F	S	S	R	F	K	E	G	E	V	T	T	M	N	H
Template Known Secondary structure		.	B	S					S		S	B			B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	B				T	T	T			S						S	S
Template Predicted Secondary structure		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.