Job Description P27296 Confidence 99.25% Date Thu Jan 5 11:43:42 GMT 2012 Rank 50 Aligned Residues 329 % Identity 19% Template c3mwyW_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: W: PDB Molecule:chromo domain-containing protein 1; PDBTitle: crystal structure of the chromodomain-atpase portion of the yeast chd12 chromatin remodeler Resolution 3.70 Å

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Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		D	F	I	P	R	A	P	Q	R	Q	M	I	A	D	V	A	K	T	L	A	G	E	E	G	R	H	L	A	I	E	A	P	T	G	V	G	K	T	L	S	Y	L	I	P	G	I	A	I	A	R	E	E	Q	.	.	K	T	L	V	V	S	T	A	N	V	A	L	Q	D	Q	I	Y	S	K	D	L	P	L	L	K
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence																					.	.																																	.	.										.										.	.	.	.
Template Conservation																					.	.																																												.										.	.	.	.
Template Sequence		G	G	E	L	R	D	F	Q	L	T	G	I	N	W	M	A	F	L	W	.	.	S	K	G	D	N	G	I	L	A	D	E	M	G	L	G	K	T	V	Q	T	V	A	F	I	S	W	L	I	F	A	R	R	Q	N	G	P	H	I	I	V	V	P	L	.	S	T	M	P	A	W	L	D	T	.	.	.	.	F	E
Template Known Secondary structure		S	S				T														.	.	T	T	T									T	T	S	S	T	T															S			S								T	.	T	T								.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.																																												.										.	.	.	.
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.			.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.		.	.	.	.	.	440	.	.	.					.	.
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	I	I	P	D	L	K	F	T	A	A	F	G	R	G	R	Y	V	C	P	R	N	L	T	A	L	A	S	T	E	P	T	Q	Q	D	L	L	A	F	L	D	D	E	L	T	P	N	N	Q	E	E	Q	K	R	C	A	K	L	K	G	D	L	D	T	Y	K	W	D	G	L	R	D	H	T	D	I	A	I	D	D
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	W	A	P	D	L	N	C	I	C	Y	M	G	N	Q	K	S	R	D	T	I	R	E	Y	E	F	Y	T	N	P	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	T	T									S	S											S		S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	W	R	R	L	S	T	D	K	A	S	C	L	N	R	N	C	Y	Y	Y	R	E	C	P	F	F	V	A	R	R	E	I	Q	E	A	E	V	V	V	A	N	H	A	L	V	M	A	A	M	E	S	E	A	V	L	P	D	P	K	N	L	L	L	V	L	D	E	G	H	H	L	P	D	V	A	R	D	A	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	K	F	N	V	L	L	T	T	Y	E	Y	I	L	K	D	R	A	E	L	G	S	.	.	.	I	K	W	Q	F	M	A	V	D	E	A	H	R	L	K	N	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S						T	T					T						T	.	.	.	S								T	T	G	G	G	G			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																			483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.				.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	M	S	A	E	I	T	A	P	W	Y	R	L	Q	L	D	L	F	T	K	L	V	A	T	C	M	E	Q	F	R	P	K	T	I	P	P	L	A	I	P	E	R	L	N	A	H	C	E	E	L	Y	E	L	I	A	S	L	N	N	I	L	N	L	Y	M	P	A	G	Q	E	A	E	H	R	F	A	M	G	E	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	D	E	V	L	E	I	C	Q	R	L	A	K	L	T	E	M	L	R	G	L	A	E	L	F	L	N	D	L	S	E	K	T	G	S	H	D	I	V	R	L	H	R	L	I	L	Q	M	N	R	A	L	G	M	F	E	A	Q	S	K	L	W	R	L	A	S	L	A	Q	S	S	G	A	P	V	T	K	W	A	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	E	E	R	E	G	Q	L	H	L	W	F	H	C	V	G	I	R	V	S	D	Q	L	E	R	L	L	W	R	S	I	P	H	I	I	V	T	S	A	T	L	R	S	L	N	S	F	S	R	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	S	S	L	Y	E	S	L	N	S	F	K	V	A	N	R	M	L	I	T	G	T	P	L	Q	N	N	I	K	E	L	A	A	L	V	N	F	L	M	P	G	R	F	N	Q	D	E	E	Q	E	E	Y	I	H	D	L	H	R	R	I	Q	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S							T	T	S										S				S	S		S												S						T	T												T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			521	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.
									473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	E	M	S	G	L	K	E	K	A	G	D	R	F	V	A	L	D	S	P	F	N	H	C	E	Q	G	K	I	V	I	P	R	M	R	V	E	P	S	I	D	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	I	L	R	R	L	K	K	D	V	E	K	S	L	P	S	K	T	E	R	I	L	R	V	E	L	S	D	V	Q	T	E	Y	Y	K	N	I	L	T	K	N	Y	S	F	S	L	L	N	I	M	N	E	L	K	K	A	S	N	H	P	Y	L	F	D	N	A	E	E	R	V	L	Q	K	F	M	T	R	E	N	V
Template Known Secondary structure		G						G	G	G	G	T	T	T	S																															T															G	G	G	S	S	S												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
								515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																																																										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																																																										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	E	Q	H	I	A	E	M	A	A	F	F	R	K	Q	V	E	S	K	K	H	L	G	M	L	V	L	F	A	S	G	R	A	M	Q	R	F	L	D	Y	V	T	D	L	R	L	M	L	L	V	Q	G	D	Q	P	R	Y	R	L	V	E	L	H	R	K	R	V	A	N	G	E	R	S	V	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																																																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																.																																																										.
Template Conservation																							.
Template Sequence		L	R	G	L	I	M	S	S	G	K	M	V	L	L	D	Q	L	L	T	R	L	.	K	K	D	G	H	R	V	L	I	F	S	Q	M	V	R	M	L	D	I	L	G	D	Y	L	S	I	K	G	I	N	F	Q	R	L	D	G	T	V	P	S	A	Q	R	R	I	S	I	D	H	F	N	S	P	D	S	N	D	F
Template Known Secondary structure								T															.	T	T	T	T								S																T							S	T	T	S											T	T	S	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																							.
Template SS confidence
		687	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.		.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.
				588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	L	V	G	L	Q	S	F	A	E	G	L	D	L	K	G	D	L	L	S	Q	V	H	I	H	K	I	A	F	P	P	I	D	S	P	V	V	I	T	E	G	E	W	L	K	S	L	N	R	Y	P	F	E	V	Q	S	L	P	S	A	S	F	N	L	I	Q	Q	V	G	R	L	I	R
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.															.	.													.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.													.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	F	L	L	S	T	R	A	G	G	L	G	I	N	L	M	.	.	T	A	D	T	V	V	I	F	D	S	D	W	.	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	D	L	Q	A	M	A	R	A	H	R
Template Known Secondary structure											T	T	T				T	.	.	T							S	S			S	.		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.													.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		766	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.			.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.		.	.																														.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.