Job Description P27296 Confidence 98.53% Date Thu Jan 5 11:43:42 GMT 2012 Rank 88 Aligned Residues 455 % Identity 15% Template c3juxA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: structure of the translocation atpase seca from thermotoga2 maritima Resolution 3.10 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.				.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.
Query Sequence		A	A	L	K	A	Q	I	A	A	W	Y	K	A	L	Q	E	Q	I	P	.	.	.	D	F	I	P	R	A	P	Q	R	Q	M	I	A	D	V	A	K	T	L	A	G	E	E	G	R	H	L	A	I	E	A	P	T	G	V	G	K	T	L	S	Y	L	I	P	G	I	A	I	A	R	E	E	Q	K	T	L	V	V
Query Conservation																					.	.	.
Alig confidence																					.	.	.									.	.	.	.	.	.												.	.																									.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.												.	.																									.
Template Sequence		E	D	A	D	E	H	L	F	E	A	F	A	L	V	R	E	A	A	R	R	T	L	G	M	R	P	F	D	V	Q	.	.	.	.	.	.	V	M	G	G	I	A	L	H	E	G	K	.	.	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	A	A	T	M	P	I	Y	L	N	A	L	I	.	G	K	G	V	H	L
Template Known Secondary structure																							T	S								.	.	.	.	.	.									T	T		.	.						T	T	S						T									T	T	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.												.	.																									.
Template SS confidence
		51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80							.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.			.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	120	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.			.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.
Query SS confidence																										.	.
Query Sequence		S	T	A	N	V	A	L	Q	D	Q	I	Y	S	K	D	L	P	L	L	K	K	I	I	P	.	.	D	L	K	F	T	A	A	F	G	R	G	R	Y	V	C	P	R	N	L	T	A	L	A	S	T	E	P	T	Q	Q	D	L	L	A	F	L	D	D	E	L	T	P	N	N	Q	E	E	Q	K	R	C	A	K	L
Query Conservation																										.	.
Alig confidence						.	.	.	.																	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	T	V	N	.	.	.	.	D	Y	L	A	R	R	D	A	L	W	M	G	P	V	Y	L	F	L	G	L	R	V	G	V	I	N	S	L	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	E	V	V	W	K	N	P	D	L	A	R	K	A	I	E
Template Known Secondary structure				S	S	.	.	.	.																		T	T								T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		122	.	.	.					.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	D	L	D	T	Y	K	W	D	G	L	R	D	H	T	D	I	A	I	D	D	D	L	W	R	R	L	S	T	D	K	A	S	C	L	N	R	N	C	Y	Y	Y	R	E	C	P	F	F	V	A	R	R	E	I	Q	E	A	E	V	V	V	A	N	H	A	L	V	M	A	A	M	E	S	E	A	V	L	P	D
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	N	W	S	V	W	P	D	G	F	N	G	E	V	L	K	E	E	S	M	N	K	E	A	V	E	A	F	Q	V	E	L	K	E	I	T	R	K	E	A	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	.	C	D	V	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	L	V	L	D
Template Known Secondary structure		T	T			S	S		T	T			S	S	S			G	G	G	S						T	T	T						B							.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	S	S																	T	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.								.	.									.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		240	.	.	.	.	.							.	.	.	.	250	.	.	.		.	.	.	.	.	.	260			.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.									.								.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.									.								.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	K	N	L	L	L	.	.	.	.	.	.	V	L	D	E	G	H	H	L	.	P	D	V	A	R	D	A	.	.	L	E	M	S	A	E	I	T	A	P	W	Y	R	L	Q	L	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	T	K	L	V	A	T	C	M	E	Q	F
Query Conservation								.	.	.	.	.	.									.								.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.									.								.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	N	D	K	V	Q	R	G	H	F	Y	A	I	V	D	E	A	D	S	V	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	S	K	E	S	P	S	V	Y	R	R	F	A	Q	I	A	K	K	F	V	K	D	K	D	F	T	V	D	E	K	A	R	T	I	I	L	T	E	E	G	V	A	K	A	E	K	I
Template Known Secondary structure		T	T	S													T						T	T	G	G	G	S										S												T	T	S	S		B	T	T	T						S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	P	K	T	I	P	P	L	A	I	P	E	R	L	N	A	H	C	E	E	L	Y	E	L	I	A	S	L	N	N	I	L	N	L	Y	M	P	A	G	Q	E	A	E	H	R	F	A	M	G	E	L	P	D	E	V	L	E	I	C	Q	R	L	A	K	L	T	E	M	L	R	G	L	A	E	L	F	L	N	D	L
Query Conservation
Alig confidence																																																					.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	V	E	N	L	Y	D	P	G	N	V	S	L	L	Y	H	L	I	N	A	L	K	A	L	H	L	F	K	K	D	V	D	Y	V	V	M	N	G	E	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	.	L	P	G	R	R	Y	S	G	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	P	I	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T		S		T	T	S	G	G	G																	S	T	T	T	S	S					T	T						S	S	S	S		S		.			S				G	G	G										S	S			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																					.																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.		.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	E	K	T	G	S	H	D	I	V	R	L	H	R	L	I	L	Q	M	N	R	A	L	G	M	F	E	A	Q	S	K	L	W	R	L	A	S	L	A	Q	S	S	G	A	P	V	T	K	W	A	T	R	E	E	R	E	G	Q	L	H	L	W	F	H	C	V	G	I	R	V	S	D	Q	L	E	R	L	L	W	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	E	S	I	T	Y	A	T	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	N	Y	F	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																							391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.											.	.	.	.	.	.
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	I	P	H	I	I	V	T	S	A	T	L	R	S	L	N	S	F	S	R	L	Q	E	M	S	G	L	K	E	K	A	G	D	R	F	V	A	L	D	S	P	F	N	H	C	E	Q	G	K	I	V	I	P	R	M	R	V	E	P	S	I	D	N	E	E	Q	H	I	A	E	M	A	A	F	F	R	K	Q	V	E
Query Conservation
Alig confidence																.	.													.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.													.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	.	.	E	E	S	E	F	V	Q	V	Y	G	M	E	.	.	.	.	.	.	V	V	V	I	P	T	H	K	P	M	I	R	K	.	.	.	.	.	.	.	D	H	D	D	L	V	F	R	T	Q	K	E	K	Y	E	K	I	V	E	E	I	E	K	R	Y	K
Template Known Secondary structure		T	S	S							S	S		G	G	.	.	G								S				.	.	.	.	.	.							S	S						.	.	.	.	.	.	.								S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.													.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.			.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.							.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.								.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	K	K	H	L	G	M	L	V	L	F	A	S	G	R	A	M	Q	R	F	L	D	Y	V	T	D	L	R	L	M	L	L	V	Q	G	D	Q	P	R	Y	R	L	V	E	L	H	R	K	R	V	A	N	G	E	R	S	V	L	V	G	L	Q	S	F	A	E	G	L	D	L	K
Query Conservation
Alig confidence						.	.																																												.	.
Template Conservation						.	.																																												.	.
Template Sequence		K	G	Q	P	.	.	V	L	V	G	T	T	S	I	E	K	S	E	L	L	S	S	M	L	K	K	K	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	Y	H	E	K	E	A	E	I	V	A	K	A	.	.	G	Q	K	G	M	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K
Template Known Secondary structure			T			.	.						S	S													T	T	T								S														.	.		S	T	T							T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.																																												.	.
Template SS confidence
		473	.	.	.			.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.			520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.