Job Description P27296 Confidence 99.81% Date Thu Jan 5 11:43:42 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 351 % Identity 21% Template c2xgjA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase dob1; PDBTitle: structure of mtr4, a dexh helicase involved in nuclear rna2 processing and surveillance Resolution 2.90 Å

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		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	P	D	F	I	P	R	A	P	Q	R	Q	M	I	A	D	V	A	K	T	L	A	G	E	E	G	R	H	L	A	I	E	A	P	T	G	V	G	K	T	L	S	Y	L	I	P	G	I	A	I	A	R	E	E	Q	K	T	L	V	V	S	T	A	N	V	A	L	Q	D	Q	I	Y	S	K	D	L	P	L	L	K
Query Conservation
Alig confidence				.																.	.	.	.	.	.																						.																													.	.	.	.
Template Conservation				.																.	.	.	.	.	.																						.																													.	.	.	.
Template Sequence		Y	P	.	F	T	L	D	P	F	Q	D	T	A	I	S	C	I	D	.	.	.	.	.	.	R	G	E	S	V	L	V	S	A	H	T	S	A	G	K	T	V	V	A	E	Y	.	A	I	A	Q	S	L	K	N	K	Q	R	V	I	Y	T	S	P	I	K	A	L	S	N	Q	K	Y	R	E	.	.	.	.	L	L
Template Known Secondary structure			S	.	S															.	.	.	.	.	.		T									T	T	S									.								T	T								S	S											.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.																.	.	.	.	.	.																						.																													.	.	.	.
Template SS confidence
		146	.		.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.							.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.		.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.					.	.
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	I	I	P	D	L	K	F	T	A	A	F	G	R	G	R	Y	V	C	P	R	N	L	T	A	L	A	S	T	E	P	T	Q	Q	D	L	L	A	F	L	D	D	E	L	T	P	N	N	Q	E	E	Q	K	R	C	A	K	L	K	G	D	L	D	T	Y	K	W	D	G	L	R	D	H	T	D	I	A	I	D	D
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	E	F	G	D	V	G	L	M	T	G	D	I	T	I	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S							S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	W	R	R	L	S	T	D	K	A	S	C	L	N	R	N	C	Y	Y	Y	R	E	C	P	F	F	V	A	R	R	E	I	Q	E	A	E	V	V	V	A	N	H	A	L	V	M	A	A	M	E	S	E	A	V	L	P	D	P	K	N	L	L	L	V	L	D	E	G	H	H	L	P	D	V	A	R	D	A	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.																					.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.																					.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	A	G	C	L	V	M	T	T	E	I	L	R	S	M	L	Y	R	G	S	E	V	M	R	.	E	V	A	W	V	I	F	D	E	V	H	Y	M	R	D	K	E	R	G	V	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S																T		T	T	G	G	.	G								T	G	G	G	G	G		T	T	T			.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.																					.
Template SS confidence
																																			230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.		.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	M	S	A	E	I	T	A	P	W	Y	R	L	Q	L	D	L	F	T	K	L	V	A	T	C	M	E	Q	F	R	P	K	T	I	P	P	L	A	I	P	E	R	L	N	A	H	C	E	E	L	Y	E	L	I	A	S	L	N	N	I	L	N	L	Y	M	P	A	G	Q	E	A	E	H	R	F	A	M	G	E	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	D	E	V	L	E	I	C	Q	R	L	A	K	L	T	E	M	L	R	G	L	A	E	L	F	L	N	D	L	S	E	K	T	G	S	H	D	I	V	R	L	H	R	L	I	L	Q	M	N	R	A	L	G	M	F	E	A	Q	S	K	L	W	R	L	A	S	L	A	Q	S	S	G	A	P	V	T	K	W	A	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.			.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.						.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.																																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.																																												.	.	.	.	.
Query Sequence		R	E	E	R	E	G	Q	L	H	L	W	F	H	C	V	G	I	R	V	S	D	Q	L	E	R	L	L	.	.	W	R	S	I	P	H	I	I	V	T	S	A	T	L	R	S	L	N	S	F	S	R	L	Q	E	M	S	G	L	K	E	K	A	G	D	R	F	V	A	L	D	S	P	.	.	.	.	.	F	N	H
Query Conservation																													.	.																																												.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																																												.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	W	E	E	T	I	I	L	L	P	D	K	V	R	Y	V	F	L	S	A	T	I	P	N	A	M	E	F	A	E	W	I	C	K	I	H	S	Q	P	C	H	I	V	Y	T	N	F	R	P	T	P	L	Q	H	Y	L	F	P	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									S		T	T											T	T													T	S											S	S									T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520				.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
Predicted Secondary structure																												.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	E	Q	G	K	I	V	I	P	R	M	R	V	E	P	S	I	D	N	E	E	Q	H	I	A	E	.	.	.	M	A	A	F	F	R	K	Q	V	E	S	K	K	H	L	G	M	L	V	L	F	A	S	G	R	A	M	Q	R	F	L	D	Y	V	T	D	L	R	L	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	G	D	G	I	Y	L	V	V	D	E	K	S	T	F	R	E	E	N	F	Q	K	A	M	A	S	I	S	G	D	I	Y	K	I	V	K	M	I	W	K	K	K	Y	N	P	V	I	V	F	S	F	S	K	R	D	C	E	E	L	A	L	K	M	S	K	L	D	F	N	S	D	D	E	K	E	A	L	T	K	I
Template Known Secondary structure		T	S	S								T	T			B											T																T			S						S	S										T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
																														561	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	V	Q	G	D	Q	P	R	Y	R	L	V	E	L	H	R	K	R	V	A	N	G	E	R	S	V	L	V	G	L	Q	S	F	A	E	G	L	D	L	K	G	D	L	L	S	Q	V	H	I	H	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.
Template Sequence		F	N	N	A	I	A	L	L	P	E	T	D	R	E	L	P	Q	I	K	H	I	L	P	L	L	R	R	G	I	G	I	H	H	S	G	L	L	P	I	L	K	E	V	I	E	I	L	F	Q	E	G	F	L	K	V	L	F	A	T	E	T	F	S	I	G	L	N	M	P	.	.	.	A	K	T	V	V	F	T	S
Template Known Secondary structure							T	T	S		G	G	G	T	T														T					S	T	T	S														T	T			S						G	G	G	G	G	S	T	T			.	.	.	B	S					S
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.				.	.	.	.	.	.	.	520
		613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.		660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.
Query SS confidence																																																	.
Query Sequence		I	A	F	P	P	I	D	S	P	V	V	I	T	E	G	E	W	L	K	S	L	N	R	Y	P	F	E	V	Q	S	L	P	S	A	S	F	N	L	I	Q	Q	V	G	R	L	I	R	.	S	H	G	C	W	G	E	V	V	I	Y	D	K	R	L	L	T	K	N	Y	G	K	R	L	L	D	A	L	P
Query Conservation																																																	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.															.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Template Sequence		V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	K	W	D	G	Q	Q	F	R	W	V	.	.	.	.	S	G	G	E	Y	I	Q	M	S	G	R	A	G	R	R	G	L	D	D	R	G	I	V	I	M	M	I	D	E	K	M	E	P	Q	V	A	K	G	M	V	K	G	Q	A
Template Known Secondary structure		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	S						.	.	.	.										T	T	B			T	T	T		S	S									S												S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Template SS confidence
		521																		.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.					.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.