Job Description P27296 Confidence 99.72% Date Thu Jan 5 11:43:42 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 469 % Identity 17% Template c2d7dA_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: A: PDB Molecule:uvrabc system protein b; PDBTitle: structural insights into the cryptic dna dependent atp-ase2 activity of uvrb Resolution 2.10 Å

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		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	Q	E	Q	I	P	D	F	I	P	R	A	P	Q	R	Q	M	I	A	D	V	A	K	T	L	A	G	E	E	G	R	H	L	A	I	E	A	P	T	G	V	G	K	T	L	S	Y	L	I	P	G	I	A	I	A	R	E	E	Q	K	T	L	V	V	S	T	A	N	V	A	L	Q	D	Q	I	Y	S	K	D
Query Conservation
Alig confidence									.																				.																				.	.	.	.																													.
Template Conservation									.																				.																				.	.	.	.																													.
Template Sequence		R	F	E	L	V	S	K	.	Y	Q	P	Q	G	D	Q	P	K	A	I	E	K	L	V	K	G	I	Q	.	E	G	K	K	H	Q	T	L	L	G	A	T	G	T	G	K	T	F	T	.	.	.	.	V	S	N	L	I	K	E	V	N	K	P	T	L	V	I	A	H	N	K	T	L	A	G	Q	L	Y	S	E	.
Template Known Secondary structure								S	.					T	T														.	T	T		S								T	T	S						.	.	.	.																	S	S											.
Template Predicted Secondary structure									.																				.																				.	.	.	.																													.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10		.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.					.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	L	L	K	K	I	I	P	D	L	K	F	T	A	A	F	G	R	G	R	Y	V	C	P	R	N	L	T	A	L	A	S	T	E	P	T	Q	Q	D	L	L	A	F	L	D	D	E	L	T	P	N	N	Q	E	E	Q	K	R	C	A	K	L	K	G	D	L	D	T	Y	K	W	D	G	L	R	D	H	T	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	F	K	E	F	F	P	N	N	A	V	E	Y	F	V	S	Y	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	Q	T	D	T	F	I	E	K	D	A	S	I	N	D	E	I	D	K	L	R	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.						T	T	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	T	T																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.													.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	I	D	D	D	L	W	R	R	L	S	T	D	K	A	S	C	L	N	R	N	C	Y	Y	Y	R	E	C	P	F	F	V	A	R	R	E	I	Q	E	A	E	V	V	V	A	N	H	A	L	V	M	A	A	M	E	S	E	A	V	L	P	D	P	K	N	L	L	L	V	L	D	E	G	H	H	L	P	D	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	T	S	A	L	F	E	R	R	D	V	I	I	I	A	S	V	S	C	I	Y	G	L	G	S	P	E	E	Y	R	.	.	E	M	V	V	S	L	R	T	E	M	E	I	E	R	N	E	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S								G	G	G	G	S		B								.	.								T	T		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template SS confidence
																																125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.			.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		257	.	.	260	.	.	.	.																																																																							.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	R	D	A	L	E	M	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	R	K	L	V	D	I	Q	Y	A	R	N	D	I	D	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	D	V	V	E	I	F	P	A	S	R	D	E	H	C	V	R	V	E	F	F	G	D	E	I	E	R	I	R	E	V	D	A	L	T	G	E	I	L	G	D	R	D	H	V	A	I	F	P	A	S	H	F	V	T	R
Template Known Secondary structure								T	T					S	S	S			T	T						T	T							T	T		S	S								S	S	S	B									T	T	T								S							S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
		267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.										.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	T	A	P	W	Y	R	L	Q	L	D	L	F	T	K	L	V	A	T	C	M	E	Q	F	R	P	K	T	I	P	P	L	A	I	P	E	R	L	N	A	H	C	E	E	L	Y	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	S	L	N	N	I	L	N	L	Y	M	P	A	G	Q	E	A	E	H	R	F	A
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	K	M	E	K	A	I	Q	N	I	E	K	E	L	E	E	Q	L	K	V	M	H	E	N	G	K	L	L	E	A	Q	R	L	E	Q	R	T	R	Y	D	L	E	M	M	R	E	M	G	F	C	S	G	I	E	N	Y	S	R	H	L	T	L	R	P	P	G	S	T	P	Y	T	L	L	D	Y	F	P	D	D
Template Known Secondary structure																										T	T																							S			T	T	G	G	G	G					T	T			T	T				B		G	G	G	G	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	G	E	L	P	D	E	V	L	E	I	C	Q	R	L	A	K	L	T	E	M	L	R	G	L	A	E	L	F	L	N	D	L	S	E	K	T	G	S	H	D	I	V	R	L	H	R	L	I	L	Q	M	N	R	A	L	G	M	F	E	A	Q	S	K	L	W	R	L	A	S	L	A	Q	S	S	G	A	P	V	T
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	M	I	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	V	R	G	M	F	N	G	D	Q	A	R	K	Q	V	L	V	D	H	G	F	R	L	P	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T																									T	T	S	S		G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	W	A	T	R	E	E	R	E	G	Q	L	H	L	W	F	H	C	V	G	I	R	V	S	D	Q	L	E	R	L	L	W	R	S	I	P	H	I	I	V	T	S	A	T	L	R	S	L	N	S	F	S	R	L	Q	E	M	S	G	L	K	E	K	A	G	D	R	F	V	A	L	D	S	P	F	N	H	C	E	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	N	R	P	L	R	F	E	E	F	E	K	H	M	H	N	I	V	Y	V	S	A	T	P	G	.	.	.	.	.	P	Y	E	I	E	H	T	D	E	M	V	E	Q	I	I	R	P	T	G	L	L	D	P	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S											T		S							S	S			.	.	.	.	.								S	S								T	T						.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.						.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	K	I	V	I	P	R	M	R	V	E	P	S	I	D	N	E	E	Q	H	I	A	E	M	A	A	F	F	R	K	Q	V	E	S	K	K	H	L	G	M	L	V	L	F	A	S	G	R	A	M	Q	R	F	L	D	Y	V	T	D	L	R	L	M	L	L	V	Q	G	D	Q	P	R	Y	R	L	V	E	L	H	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	I	D	V	R	P	I	E	G	Q	I	D	D	L	I	G	E	I	Q	A	R	I	E	R	N	E	.	.	R	V	L	V	T	T	L	T	K	K	M	S	E	D	L	T	D	Y	L	K	E	I	G	I	K	V	N	Y	L	H	S	E	I	K	T	L	E	R	I	E	I	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	T	T														T	T	T		.	.							S	S														T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template SS confidence
												421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.			.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.		.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.
Query SS confidence																																									.
Query Sequence		K	R	V	A	N	G	E	R	S	V	L	V	G	L	Q	S	F	A	E	G	L	D	L	K	G	D	L	L	S	Q	V	H	I	H	K	I	A	F	P	.	P	I	D	S	P	V	V	I	T	E	G	E	W	L	K	S	L	N	R	Y	P	F	E	V	Q	S	L	P	S	A	S	F	N	L	I	Q	Q	V	G	R
Query Conservation																																									.
Alig confidence																										.	.														.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	D	L	R	L	G	K	Y	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	I	P	.	.	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	I	Q	T	I	G	R
Template Known Secondary structure							T	S		S					S				S	T	T				T	.	.	T							T	T	T	T			T	T	T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T
Template Predicted Secondary structure																										.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.			.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	540
		657	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	R	S	H	G	C	W	G	E	V	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	A	R	N	A	E	G	R	V	I	M	Y
Template Known Secondary structure		T	T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		541	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.