Job Description P27296 Confidence 99.39% Date Thu Jan 5 11:43:42 GMT 2012 Rank 45 Aligned Residues 442 % Identity 14% Template c1z3iX_ PDB info PDB header:recombination/dna binding Chain: X: PDB Molecule:similar to rad54-like; PDBTitle: structure of the swi2/snf2 chromatin remodeling domain of eukaryotic2 rad54 Resolution 3.00 Å

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		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.				.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.							.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	A	P	Q	R	Q	M	I	A	D	V	A	K	T	L	.	.	.	A	G	E	E	G	R	H	L	A	I	E	A	P	T	G	V	G	K	T	L	S	Y	L	I	P	G	I	A	I	A	R	E	E	Q	.	.	.	.	.	.	K	T	L	V	V	S	T	A	N	V	A	L	Q	D	Q	I	Y	S	K	D	L	P
Query Conservation																	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.									.							.
Template Conservation																																																																				.							.
Template Sequence		R	P	H	Q	R	E	G	V	K	F	L	W	D	C	V	T	G	R	R	I	E	N	S	Y	G	C	I	M	A	D	E	M	G	L	G	K	T	L	Q	C	I	T	L	I	W	T	L	L	K	Q	S	P	D	C	K	P	E	I	D	K	V	I	V	V	S	P	.	S	S	L	V	R	N	.	W	Y	N	E	V	G
Template Known Secondary structure																	T	T	S	S	S	T	T										T	T	S																		T	T	S	S		S		S								.							.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.							.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	K	K	I	I	P	D	L	K	F	T	A	A	F	G	R	G	R	Y	V	C	P	R	N	L	T	A	L	A	S	T	E	P	T	Q	Q	D	L	L	A	F	L	D	D	E	L	T	P	N	N	Q	E	E	Q	K	R	C	A	K	L	K	G	D	L	D	T	Y	K	W	D	G	L	R	D	H	T	D	I	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	K	W	L	G	G	R	V	Q	P	V	A	I	D	G	G	S	K	D	E	I	D	S	K	L	V	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.				G	G	G								S	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	D	D	L	W	R	R	L	S	T	D	K	A	S	C	L	N	R	N	C	Y	Y	Y	R	E	C	P	F	F	V	A	R	R	E	I	Q	E	A	E	V	V	V	A	N	H	A	L	V	M	A	A	M	E	S	E	A	V	L	P	D	P	K	N	L	L	L	V	L	D	E	G	H	H	L	P	D	V	A	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.																										.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.																										.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	I	S	Q	Q	G	M	R	I	P	T	P	I	L	I	I	S	Y	E	T	F	.	.	.	R	L	H	A	E	V	L	H	K	G	K	V	G	L	V	I	C	D	E	G	H	R	L	K	N	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S			S												.	.	.				T	T	T	T	T	T	S								T	T	G	G	G			T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.																										.	.	.
Template SS confidence
																														252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.				.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	A	L	E	M	S	A	E	I	T	A	P	W	Y	R	L	Q	L	D	L	F	T	K	L	V	A	T	C	M	E	Q	F	R	P	K	T	I	P	P	L	A	I	P	E	R	L	N	A	H	C	E	E	L	Y	E	L	I	A	S	L	N	N	I	L	N	L	Y	M	P	A	G	Q	E	A	E	H	R	F	A	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	N	Q	T	Y	L	A	L	N	S	M	N	A	Q	R	R	V	L	I	S	G	T	P	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T														S							S	S		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																									298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.		.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.
Query SS confidence																	.
Query Sequence		G	E	L	P	D	E	V	L	E	I	C	Q	R	L	A	.	K	L	T	E	M	L	R	G	L	A	E	L	F	L	N	D	L	S	E	K	T	G	S	H	D	I	V	R	L	H	R	L	I	L	Q	M	N	R	A	L	G	M	F	E	A	Q	S	K	L	W	R	L	A	S	L	A	Q	S	S	G	A	P	V	T
Query Conservation																	.
Alig confidence																	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	N	D	L	L	E	Y	F	S	L	V	H	F	V	N	S	G	I	L	G	T	A	Q	E	F	K	K	R	F	E	I	P	I	L	K	G	R	D	A	D	A	S	D	K	D	R	A	A	G	E	Q	K	L	Q	E	L	I	S	I	V	N	R	C	L	I	R	R	T	S	D	I	L	S	K	Y	L	P	V	K	I
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	G	G																							T									S	T	T			S																										G	G	G	G	G	G	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.		.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.
Query SS confidence																												.
Query Sequence		K	W	A	T	R	E	E	R	E	G	Q	L	H	L	W	F	H	C	V	G	I	R	V	S	D	Q	.	L	E	R	L	L	W	R	S	I	P	H	I	I	V	T	S	A	T	L	R	S	L	N	S	F	S	R	L	Q	E	M	S	G	L	K	E	K	A	G	D	R	F	V	A	L	D	S	P	F	N	H	C	E
Query Conservation																												.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	C	C	N	L	T	P	L	Q	K	E	L	Y	K	L	F	L	K	Q	A	K	P	V	E	S	L	Q	T	G	K	I	S	V	S	S	L	S	S	I	T	S	L	K	K	L	C	N	H	P	A	L	I	Y	E	K	C	L	T	G	E	E	G	F	D
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							G	G	G	S	S		T	T																				T										T		T	T		T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		403	.														.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		497	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	K	I	V	I	P	R	M	R	V	E	P	S	I	D	N	E	E	Q	H	I	A	E	M	A	A	F	F	R	K	Q	V	E	S	K	K	H	L	G	M	L	V	L	F	A	S	G	R	A	M	Q	R	F	L	D	Y	V	T	D	L	R	L	M	L	L	V	Q	G	D	Q	P	R	Y	R	L	V	E	L	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	A	L	D	L	F	P	Q	N	Y	S	T	K	A	V	E	P	Q	L	S	G	K	M	L	V	L	D	Y	I	L	A	M	T	R	T	T	T	S	D	K	V	V	L	V	S	N	Y	T	Q	T	L	D	L	F	E	K	L	C	R	N	R	R	Y	L	Y	V	R	L	D	G	T	M	S	I	K	K	R	A	K	I
Template Known Secondary structure		T	G	G	G	T	S		S	S			S	S	S			G	G	G	S																										S																T								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		577	.	.	580	.	.	.	.	.	.				.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.
Query SS confidence												.	.	.
Query Sequence		R	K	R	V	A	N	G	E	R	S	.	.	.	V	L	V	G	L	Q	S	F	A	E	G	L	D	L	K	G	D	L	L	S	Q	V	H	I	H	K	I	A	F	P	P	I	D	S	P	V	V	I	T	E	G	E	W	L	K	S	L	N	R	Y	P	F	E	V	Q	S	L	P	S	A	S	F	N	L	I	Q	Q
Query Conservation												.	.	.
Alig confidence												.	.	.																.	.													.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.													.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	E	R	F	N	N	P	S	S	P	E	F	I	F	M	L	S	S	K	A	G	G	C	G	L	N	L	I	.	.	G	A	N	R	L	V	M	F	D	P	D	W	.	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	D	E	Q	A
Template Known Secondary structure							S	T	T										G	G	G	S		T	T				T	.	.	T								S			S	.	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.													.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.			.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.		590	.																														.	.	.	.	.	.
		654	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	R	L	I	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		M	A	R	V	W	R
Template Known Secondary structure			T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		598	.	600	.	.	.