Job Description P27296 Confidence 99.74% Date Thu Jan 5 11:43:42 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 395 % Identity 20% Template c1wp9D_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: D: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase, putative; PDBTitle: crystal structure of pyrococcus furiosus hef helicase domain Resolution 2.90 Å

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		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	I	P	R	A	P	Q	R	Q	M	I	A	D	V	A	K	T	L	A	G	E	E	G	R	H	L	A	I	E	A	P	T	G	V	G	K	T	L	S	Y	L	I	P	G	I	A	I	A	R	E	E	Q	K	T	L	V	V	S	T	A	N	V	A	L	Q	D	Q	I	Y	S	K	D	L	P	L	L	K	K	I	I
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.
Template Sequence		I	Q	P	R	I	Y	Q	E	V	I	Y	A	K	C	K	.	.	.	.	.	.	.	E	T	N	C	L	I	V	L	P	T	G	L	G	K	T	L	I	A	M	M	I	A	E	Y	R	L	T	K	Y	G	G	K	V	L	M	L	A	P	T	K	P	L	V	L	Q	H	A	E	S	.	.	.	.	F	R	R	L	F
Template Known Secondary structure															G	G	.	.	.	.	.	.	.	G	S								T	T	S																	S		S							S	S											.	.	.	.					B
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.								.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.					.	.	.	.	.
		105			.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure			.	.
Query SS confidence			.	.
Query Sequence		P	.	.	D	L	K	F	T	A	A	F	G	R	G	R	Y	V	C	P	R	N	L	T	A	L	A	S	T	E	P	T	Q	Q	D	L	L	A	F	L	D	D	E	L	T	P	N	N	Q	E	E	Q	K	R	C	A	K	L	K	G	D	L	D	T	Y	K	W	D	G	L	R	D	H	T	D	I	A	I	D	D	D
Query Conservation			.	.
Alig confidence			.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	P	P	E	K	I	V	A	L	T	G	E	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S		G	G	G						S		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	W	R	R	L	S	T	D	K	A	S	C	L	N	R	N	C	Y	Y	Y	R	E	C	P	F	F	V	A	R	R	E	I	Q	E	A	E	V	V	V	A	N	H	A	L	V	M	A	A	M	E	S	E	A	V	L	P	D	P	K	N	L	L	L	V	L	D	E	G	H	H	L	P	D	V	A	R	D	A	L	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	E	R	S	K	A	W	A	R	A	K	V	I	V	A	T	P	Q	T	I	E	N	D	L	L	A	G	R	I	S	L	E	.	D	V	S	L	I	V	F	D	E	A	H	R	A	V	G	N	Y	A	Y	V	F	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												S															T	T	S			T	T	.	S		S						T	G	G	G		S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template SS confidence
																										92	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.		.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
		263	.	.																																																																.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	T	A	P	W	Y	R	L	Q	L	D	L	F
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	R	E	Y	K	R	Q	A	K	N	P	L	V	I	G	L	T	A	S	P	G	S	T	P	E	K	I	M	E	V	I	N	N	L	G	I	E	H	I	E	Y	R	S	E	N	S	P	D	V	R	P	Y	V	K	G	I	R	F	E	W	V	R	V	D	L	P	E	I	Y	K	E	V	R	K	L	L	R	E	M	L
Template Known Secondary structure										S	S								S		S		S	S												T									T	T	S	T	T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	K	L	V	A	T	C	M	E	Q	F	R	P	K	T	I	P	P	L	A	I	P	E	R	L	N	A	H	C	E	E	L	Y	E	L	I	A	S	L	N	N	I	L	N	L	Y	M	P	A	G	Q	E	A	E	H	R	F	A	M	G	E	L	P	D	E	V	L	E	I	C	Q	R	L	A	K	L	T	E	M	L
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	D	A	L	K	P	L	A	E	T	G	L	L	E	S	S	S	P	D	I	P	K	K	E	V	L	R	A	G	Q	I	I	N	E	E	M	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	H	D	L	R	G	L	L	L	Y	H	A	M	A	L	K	L	H	H	A	I	E	L	L	E	T	Q	G
Template Known Secondary structure												T	S	S	S				T	T	S																	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			S	T	T	T																					T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.														.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	L	A	E	L	F	L	N	D	L	S	E	K	T	G	S	H	D	I	V	R	L	H	R	L	I	L	Q	M	N	R	A	L	G	M	F	E	A	Q	S	K	L	W	R	L	A	S	L	A	Q	S	S	G	A	P	V	T	K	W	A	T	R	E	E	R	E	G	Q	L	H	L	W	F	H	C	V	G	I	R
Query Conservation
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	S	A	L	R	A	Y	I	K	K	L	Y	E	E	A	K	A	K	A	S	K	E	I	F	S	D	K	R	M	K	K	A	I	S	L	L	V	Q	A	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																										T	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
		440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	D	Q	L	E	R	L	L	W	R	S	I	P	H	I	I	V	T	S	A	T	L	R	S	L	N	S	F	S	R	L	Q	E	M	S	G	L	K	E	K	A	G	D	R	F	V	A	L	D	S	P	F	N	H	C	E	Q	G	K	I	V	I	P	R	M	R	V	E	P	S	I	D	N	E	E	Q	H	I	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	L	D	H	P	K	M	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																									338	.	340	.	.	.	.	.	.
		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	M	A	A	F	F	R	K	Q	V	E	S	K	K	H	L	G	M	L	V	L	F	A	S	G	R	A	M	Q	R	F	L	D	Y	V	T	D	L	R	L	M	L	L	V	Q	G	D	Q	P	R	Y	R	L	V	E	L	H	R	K	R	V	A	N	G	E	R	S	V	L	V	G	L	Q	S	F	A	E	G	L	D
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.													.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.													.	.	.	.
Template Sequence		K	L	K	E	I	I	R	E	Q	L	Q	R	K	Q	N	S	K	I	I	V	F	T	N	Y	R	E	T	A	K	K	I	V	N	E	L	V	K	D	G	I	K	A	K	R	.	.	F	R	E	Q	K	L	I	L	D	E	F	A	.	.	.	.	R	G	E	F	N	V	L	V	A	T	S	V	G	E	E	G	L	D
Template Known Secondary structure															T	T								S															T	T						.	.													.	.	.	.		T	S		S						G	G	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																														.	.													.	.	.	.
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390			.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.					.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	G	D	L	L	S	Q	V	H	I	H	K	I	A	F	P	P	I	D	S	P	V	V	I	T	E	G	E	W	L	K	S	L	N	R	Y	P	F	E	V	Q	S	L	P	S	A	S	F	N	L	I	Q	Q	V	G	R	L	I	R	S	H	G	C	W	G	E	V	V	I	Y	D	K	R	L	L	T	K	N	Y
Query Conservation
Alig confidence				.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	P	.	.	E	V	D	L	V	V	F	Y	E	P	V	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	I	R	S	I	Q	R	R	G	R	T	G	R	H	M	P	G	R	V	I	I	L	M	A	K	G	T	R	D	E	A	Y	Y
Template Known Secondary structure		S	T	.	.	T							S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	S		S				S								T	T	S
Template Predicted Secondary structure				.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		435	.			.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
		680	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		W	S
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		483	.