Job Description P28629 Confidence 99.90% Date Wed Jan 25 15:20:47 GMT 2012 Rank 34 Aligned Residues 368 % Identity 17% Template c3hbxB_ PDB info PDB header:lyase Chain: B: PDB Molecule:glutamate decarboxylase 1; PDBTitle: crystal structure of gad1 from arabidopsis thaliana Resolution 2.67 Å

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		133	.	.	.	.	.	.	140					.									.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200
Predicted Secondary structure										.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Y	R	Q	Q	L	L	P	.	.	.	.	P	.	.	.	.	.	.	.	.	L	F	S	A	L	M	K	Y	S	D	I	H	E	Y	S	W	A	A	P	G	H	Q	G	G	V	G	F	T	K	T	P	A	G	R	F	Y	H	D	Y	Y	G	E	N	L	F	R	T	D	M	G	I	E	R	T	S	L	G	S	L
Query Conservation										.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.																															.																				.	.	.				.	.	.
Template Conservation																																																					.																				.	.	.				.	.	.
Template Sequence		R	Y	V	R	T	S	L	P	R	F	K	M	P	E	N	S	I	P	K	E	A	A	Y	Q	I	I	N	D	E	L	M	L	D	G	N	P	R	L	N	L	A	S	F	V	T	T	W	M	E	P	E	.	C	D	K	L	I	M	S	S	I	N	K	N	Y	V	D	M	D	E	Y	.	.	.	P	V	T	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	S				S	S	S			S	S															G	G	G	S			G	G	G	B	T	T			S								.								T	T	T		B	T	T		T	T	T		.	.	.				.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																					.																				.	.	.				.	.	.
Template SS confidence
		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.		.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90				.	.	.
		201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.							.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240														.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	H	T	G	A	F	G	E	S	E	K	Y	A	A	R	V	F	G	A	D	R	S	W	.	.	.	.	.	.	S	V	V	V	G	T	S	G	S	N	R	T	I	M	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	M	T	D	N	D	V	V	V	V	D	R	N	C	H	K	S	I	E	Q	G
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																						.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	T	E	L	Q	N	R	C	V	N	M	I	A	H	L	F	N	A	P	L	E	E	A	E	T	A	V	G	V	G	T	V	G	S	S	E	A	I	M	L	A	G	L	A	F	K	R	K	W	Q	N	K	R	K	A	E	G	K	P	V	D	K	P	N	I	V	T	G	A	N	V	Q	V	C	W	E	K	F
Template Known Secondary structure		.	.	.															T	T					T	T									S	S																							T	T				S								T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.		.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
Predicted Secondary structure																																																																.
Query SS confidence																																																																.
Query Sequence		L	M	L	T	G	A	K	P	V	Y	M	V	P	S	R	N	R	Y	G	I	I	G	P	I	Y	P	Q	E	M	Q	P	E	T	L	Q	K	K	I	S	E	S	P	L	T	K	D	K	A	G	Q	K	P	S	Y	C	V	V	T	N	C	T	Y	.	D	G	V	C	Y	N	A	K	E	A	Q	D	L	L	E	K	T
Query Conservation																																																																.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	R	Y	F	E	V	E	L	K	E	V	K	L	S	E	G	Y	Y	V	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	Q	Q	A	V	D	M	V	D	E	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	C	V	A	A	I	L	G	S	T	L	N	G	E	F	E	D	V	K	L	L	N	D	L	L	V	E	K
Template Known Secondary structure					T	T									B	T	T	B		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							B	S		T	T	T			B
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190										.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.											.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
		341							.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.		.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.															.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.															.
Query Sequence		S	.	.	.	.	.	.	D	R	L	H	F	D	E	A	W	Y	G	Y	A	R	.	F	N	P	I	Y	A	D	H	Y	A	M	R	G	E	P	G	D	H	N	G	P	T	V	F	A	T	H	S	T	H	K	L	L	N	A	L	S	Q	A	S	Y	I	H	V	R	E	G	R	G	A	I	N	F	S	R	F	N	Q
Query Conservation			.	.	.	.	.	.															.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.															.																	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	K	E	T	G	W	D	T	P	I	H	V	D	A	A	S	G	G	F	I	A	P	F	L	Y	P	E	L	E	W	D	F	R	L	P	L	V	K	.	.	.	.	.	.	.	S	I	N	V	S	G	H	Y	G	L	V	Y	A	G	I	G	W	V	I	W	.	.	.	.	.	.	.	R	N	K	E	D	L	P	E
Template Known Secondary structure																T	T	G	G	G	T						S	S				S	T	T	S	T	T			.	.	.	.	.	.	.													S	S							.	.	.	.	.	.	.	S	S	G	G	G	S		G
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.								270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.								290	.	.	.	.	.	.	.
		414	.	.	.	.	.													420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	M	M	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	P	L	Y	A	I	C	A	S	N	D	V	A	V	S	M	M	D	G	N	S	G	L	S	L	T	Q	E	V	I	D	E	A	V	D	F	R	Q	A	M	A	R	L	Y	K	E	F	T	A	D	G	S	W	F	F	K	P	W	N	K
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	I	F	H	I	N	Y	L	G	A	D	Q	P	T	F	T	L	N	F	S	K	G	S	S	Q	V	I	A	Q	Y	Y	Q	L	I	R	L	G	H	E	G	Y	R	N	V	M	E	N	C	R	E	N	M	I	V	L	R	E	G	L	E	K	T	E	R	F	N	I	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G						S	S	S	S							S			S		B	S																																						T	T	T						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	V	V	T	D	P	Q	T	G	K	T	Y	D	F	A	D	A	P	T	K	L	L	T	T	V	Q	D	C	W	V	M	H	P	G	E	S	W	H	G	F	K	D	I	P	D	N	W	S	M	L	D	P	I	K	V	S	I	L	A	P	G	M	G	E	D	G	E	L	E	E	T	G	V	P	A	A	L	V	T	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	E	G	V	P	L	V	A	F	S	L	K	.	.	.	.	.	D	S	S	C	H	T	E	F	E	I	S	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S	S	S							S	.	.	.	.	.	S		S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																				369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.						.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
		562	.	.	.	.	.	.	.	570								.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	L	G	R	H	G	I	V	P	.	.	.	.	.	.	.	T	R	T	T	D	F	Q	I	M	F	L	F	S	M	G	V	T	R	G	K	W	G	T	L	V	N	T	L	C	S	F	K	R	H	Y	D	A	N
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	L	R	R	Y	G	W	I	V	P	A	Y	T	M	P	P	N	A	Q	H	I	T	V	L	R	V	V	I	R	E	D	F	S	R	T	L	A	E	R	L	V	I	D	I	E	K	V	M	R	E	L	D	E	L
Template Known Secondary structure					T	T	T		B								T	T		T	T										T	T																						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.