Job Description P28629 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:47 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 417 % Identity 20% Template c2x3lA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:orn/lys/arg decarboxylase family protein; PDBTitle: crystal structure of the orn_lys_arg decarboxylase family2 protein sar0482 from methicillin-resistant staphylococcus3 aureus Resolution 2.00 Å

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		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	F	S	A	L	M	K	Y	S	D	I	H	E	Y	S	W	A	A	P	G	H	Q	G	G	V	G	F	T	K	T	P	A	G	R	F	Y	H	D	Y	Y	G	E	N	L	F	R	T	D	M	G	I	E	R	T	S	L	G	S	L	L	D	H	T	G	A	F	G	E	S	E	K	Y	A	A	R	V	F	G	A
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																									.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																									.
Template Sequence		P	I	L	N	K	L	E	S	L	N	Q	E	E	A	I	S	L	H	V	P	G	H	K	N	M	T	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L	S	Q	L	S	M	T	M	D	K	T	.	E	I	P	G	L	D	D	L	H	H	P	E	E	V	I	L	K	S	M	K	Q	V	E	K	.	H	S	D
Template Known Secondary structure													T	T					S	S	S	T	T	T	T	T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	G	G			G	G	G				.	S		T	T	S			T	T	S		S	S											S	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																									.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.												.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.		.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.		.	70	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	S	W	S	V	V	V	G	T	S	G	S	N	R	T	I	M	Q	A	C	M	T	D	N	D	V	V	V	V	D	R	N	C	H	K	S	I	E	Q	G	L	M	L	T	G	A	K	P	V	Y	M	V	P	S	R	N	R	Y	G	I	I	G	P	I	Y	P	Q	E	M	Q	P	E	T	L	Q	K	K	I	S
Query Conservation
Alig confidence																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	D	G	Y	F	L	V	N	G	T	T	S	G	I	L	S	V	I	Q	S	F	S	Q	K	K	G	D	I	L	M	A	R	N	V	H	K	S	V	L	H	A	L	D	I	S	Q	Q	E	G	H	F	I	E	T	H	Q	S	P	L	T	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N
Template Known Secondary structure								S	S												T	T	T	T	S	S	S						T	T													T												T	T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		72	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.																	.	.
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	S	P	L	T	K	D	K	A	G	Q	K	P	S	Y	C	V	V	T	N	C	T	Y	D	G	V	C	Y	N	A	K	E	A	Q	D	L	L	E	K	T	S	D	R	L	H	F	D	E	A	W	Y	G	Y	A	R	F	N	P	I	Y	A	D	H	Y	A	M	R	G	E	P	G	D	H	N	G	P	T	V	F	A
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	V	N	.	.	.	.	.	.	.	.	L	H	K	L	V	V	L	T	Y	P	N	Y	Y	G	E	T	F	N	V	E	E	V	I	K	S	L	H	Q	L	N	I	P	V	L	I	D	E	A	H	G	A	H	F	G	L	Q	G	F	.	.	P	D	S	T	L	N	Y	Q	A	D	.	.	.	.	.	.	.	Y	V
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.									S	S		T	T	S															T	T								T	T		T	T	T	T	S	T	T	S	.	.				G	G	G	G	T		S	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		136	.	.									.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.			.	.	.	190	.	.	.	.	.	.								.	.
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	H	S	T	H	K	L	L	N	A	L	S	Q	A	S	Y	I	H	V	R	E	G	R	G	A	I	N	F	S	R	F	N	Q	A	Y	M	M	H	A	T	T	S	P	L	Y	A	I	C	A	S	N	D	V	A	V	S	M	M	D	G	N	S	G	L	S	L	T	Q	E	V	I	D	E	A	V	D	F	R	Q	A
Query Conservation
Alig confidence								.																	.	.
Template Conservation								.																	.	.
Template Sequence		V	Q	S	F	H	T	.	L	P	A	L	T	M	G	S	V	L	Y	I	H	K	N	A	.	.	P	Y	R	E	N	I	I	E	Y	L	S	Y	F	Q	T	S	S	P	S	Y	L	I	M	A	S	L	E	S	A	A	Q	F	Y	K	T	Y	D	S	T	L	F	F	A	K	R	A	Q	L	I	E	C	L	E	N	K
Template Known Secondary structure								.		S	S		T	T								T	T		.	.	T	T												S		S	S
Template Predicted Secondary structure								.																	.	.
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.		.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.			.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	A	R	L	Y	K	E	F	T	A	D	G	S	W	F	F	K	P	W	N	K	E	V	V	T	D	P	Q	T	G	K	T	Y	D	F	A	D	A	P	T	K	L	L	T	T	V	Q	D	C	W	V	M	H	P	G	E	S	W	H	G	F	K	D	I	P	D	N	W	S	M	L	D	P	I	K	V	S	I	L	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	E	M	L	Q	V	D	.	.	.	.	D	P	L	K	L	L	I	K	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T							S	.	.	.	.	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Template SS confidence
																																																													284	.	.	.	.	.	290	.					.	.	.	.	.	.	.	.	300
		541	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590			.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.
Query SS confidence																																																				.	.
Query Sequence		P	G	M	G	E	D	G	E	L	E	E	T	G	V	P	A	A	L	V	T	A	W	L	G	R	H	G	I	V	P	T	R	T	T	D	F	Q	I	M	F	L	F	S	M	G	V	T	R	G	K	.	.	W	G	T	L	V	N	T	L	C	S	F	K	R	H	Y	D	A	N	T	P	L	A	Q	V	M	P	E	L
Query Conservation																																																				.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	F	T	G	H	D	I	Q	N	W	F	M	N	A	H	I	Y	L	E	L	A	D	D	Y	Q	A	L	A	I	L	P	L	W	H	H	D	D	T	Y	L	F	D	S	L	L	R	K	I	E	D	M	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S												T	T				S				S	S											T	T														T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		619	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	Q	Y	P	D	T	Y	A	N	M	G	I	H	D	L	G	D	T	M	F	A	W	L	K	E	N	N	P	G	A	R	L	N	E	A	Y	S	G	L	P	V	A	E	V	T	P	R	E	A	Y	N	A	I	V	D	N	N	V	E	L	V	S	I	E	N	L	P	G	R	I	A	A	N	S	V	I	P	Y	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	K	K	S	T	Q	L	L	T	T	E	G	N	Y	K	.	.	.	.	.	P	K	W	C	D	L	K	K	A	K	G	K	V	L	A	R	H	I	V	P	Y	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.						G	G	G		T	T	S	B			S		B				T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																							354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.						370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
		699	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	I	P	M	L	L	S	G	E	N	F	G	D	K	N	S	P	Q	V	S	Y	L	R	S	L	Q	S	W	D	H	H	F	P	G	F	E	H	E	T	E	G	T	E	I	I	D	G	I	Y	H	V
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	G	I	P	I	I	F	K	G	E	T	I	T	E	N	.	.	.	M	I	E	L	V	N	E	Y	L	E	T	G	M	I	V	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	N	N	K	I	L	V
Template Known Secondary structure		T		S		S	B		T	T	B	B					.	.	.											T	T					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.				.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.										.	.	.	.	440	.	.	.