Job Description P28629 Confidence 99.80% Date Wed Jan 25 15:20:47 GMT 2012 Rank 78 Aligned Residues 358 % Identity 13% Template c2qmaB_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:diaminobutyrate-pyruvate transaminase and l-2,4- PDBTitle: crystal structure of glutamate decarboxylase domain of2 diaminobutyrate-pyruvate transaminase and l-2,4-diaminobutyrate3 decarboxylase from vibrio parahaemolyticus Resolution 1.81 Å

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		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160				.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.
Query Sequence		L	F	S	A	L	M	K	Y	S	D	I	H	E	Y	S	W	A	A	P	.	.	.	G	H	Q	G	G	V	G	F	T	K	T	P	A	G	R	F	Y	H	D	Y	Y	G	E	N	L	F	R	T	D	M	G	I	E	R	T	S	L	G	S	L	L	D	H	T	G	A	F	G	E	S	E	K	Y	A	A	R	V	F
Query Conservation																					.	.	.
Alig confidence																					.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	I	D	D	V	A	E	L	V	A	K	N	A	I	F	T	Q	H	P	D	C	I	A	H	L	H	T	P	P	L	X	P	A	V	A	A	E	A	X	I	A	A	L	N	Q	S	X	D	S	W	D	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	A	T	Y	V	E	Q	K	V	V	N	W	L	C	D	K	Y
Template Known Secondary structure										T	G	G	G	S			T	T	S	T	T	B		S	S	S																						T	T		G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.																		T
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.										.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
		219			220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure			.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query SS confidence			.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query Sequence		G	.	.	A	D	R	S	W	S	V	V	V	G	T	S	G	S	N	R	T	I	M	Q	A	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	T	D	N	D	V	V	V	V	D	R	N	C	H	K	S	I	E	Q	G	L	M	L	T	G	A	K	P	V	Y	M	V	P	.	S
Query Conservation			.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Alig confidence			.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	S	E	K	A	D	G	I	F	T	S	G	G	T	Q	S	N	Q	X	G	L	X	L	A	R	D	W	I	A	D	K	L	S	G	H	S	I	Q	K	L	G	L	P	D	Y	A	D	K	L	R	I	V	C	S	K	K	S	H	F	T	V	Q	K	S	A	S	W	X	G	L	G	E	K	A	V	X	T	V	D
Template Known Secondary structure		T			T	T							S	S																														S		T	T	G	G	G							T	T	S		T									T	T	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		615	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.		.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.
Query SS confidence																																																		.
Query Sequence		R	N	R	Y	G	I	I	G	P	I	Y	P	Q	E	M	Q	P	E	T	L	Q	K	K	I	S	E	S	P	L	T	K	D	K	A	G	Q	K	P	S	Y	C	V	V	T	N	C	T	Y	.	D	G	V	C	Y	N	A	K	E	A	Q	D	L	L	E	K	T	S	D	R	L	H	F	D	E	A	W	Y	G	Y	A
Query Conservation																																																		.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.																	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Sequence		A	N	A	D	G	T	X	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	T	K	L	D	E	V	I	A	Q	A	K	.	.	.	.	A	E	G	L	I	P	F	A	I	V	G	T	A	G	T	T	D	H	G	A	I	D	D	L	D	F	I	A	D	X	A	V	K	H	D	X	W	X	H	V	D	G	A	Y	G	G	A	L
Template Known Secondary structure		B		T	T	S		B	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.		T	T										B	S		T	T	T			B														T								T	T	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template SS confidence
		695	.	.	.	.	700	.									.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.					.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	F	N	P	I	Y	A	D	H	Y	A	M	R	G	E	P	G	D	H	N	G	P	T	V	F	A	T	H	S	T	H	K	L	L	N	A	L	S	Q	A	S	Y	I	H	V	R	E	G	R	G	A	I	N	F	S	R	F	N	Q	A	Y	M	M	H	A	T	T	S	P	L	Y	A	I	C	A	S	N	D	V	A
Query Conservation
Alig confidence						.													.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation						.													.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template Sequence		I	L	S	S	.	H	K	S	R	L	K	G	V	E	R	A	H	.	.	.	.	.	.	.	S	I	S	V	D	F	H	K	L	F	Y	Q	T	I	S	C	G	A	L	L	V	N	D	K	S	N	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	L	K	R	F	D	A	L	K	V	F	X	T	X	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	S	T	.	T	G	G	G	G	T	T	G	G	G		S	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S	T	T				S	S							S		G	G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G					T									.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.													.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template SS confidence
		763	.	.	.		.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.								.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.											.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	M	M	D	G	N	S	G	L	S	L	T	Q	E	V	I	D	E	A	V	D	F	R	Q	A	M	A	R	L	Y	K	E	F	T	A	D	G	S	W	F	F	K	P	W	N	K	E	V	V	T	D	P	Q	T	G	K	T	Y	D	F	A	D	A	P	T	K	L	L	T	T	V	Q	D	C	W	V	M	H	P
Query Conservation
Alig confidence		.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	Q	N	V	G	P	K	A	L	G	D	X	Y	D	H	L	L	A	Q	T	L	E	V	A	D	X	I	R	T	N	D	Q	F	E	L	L	A	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.			T																									T		T	T					S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			846	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.
		515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.				.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.			580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.													.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.													.	.
Query Sequence		G	E	S	W	H	G	F	K	D	I	P	D	N	W	S	M	L	D	P	I	K	V	S	I	L	A	P	G	M	G	E	D	G	E	L	E	E	T	G	V	P	A	A	L	V	T	A	W	L	G	R	H	G	.	.	.	I	V	P	T	R	T	T	D	F	Q	I	M	.	.	F	L	F	S	M	G	V	T	R	G
Query Conservation																																																							.	.	.													.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.												.	.	.													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	S	T	V	L	F	R	A	T	H	E	T	A	D	L	D	E	L	N	.	.	.	.	.	K	A	L	R	L	E	A	L	T	R	G	I	A	V	L	G	E	T	I	V	D	G	K	T	A	L	K	F	T	I	L	N	P	C	L	T	T	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S									S	S	S							.	.	.	.	.											T	S		B							T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			884	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.						.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.
		590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	W	G	T	L	V	N	T	L	C	S	F	K	R	H	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	F	E	S	L	L	S	K	I	N	X	L	A	V	E	L
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		942	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.