Job Description P28629 Confidence 99.86% Date Wed Jan 25 15:20:47 GMT 2012 Rank 60 Aligned Residues 369 % Identity 15% Template c2okkA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:glutamate decarboxylase 2; PDBTitle: the x-ray crystal structure of the 65kda isoform of glutamic acid2 decarboxylase (gad65) Resolution 2.30 Å

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		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160				.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.
Query Sequence		L	F	S	A	L	M	K	Y	S	D	I	H	E	Y	S	W	A	A	P	.	.	.	G	H	Q	G	G	V	G	F	T	K	T	P	A	G	R	F	Y	H	D	Y	Y	G	E	N	L	F	R	T	D	M	G	I	E	R	T	S	L	G	S	L	L	D	H	T	G	A	F	G	E	S	E	K	Y	A	A	R	V	F
Query Conservation																					.	.	.
Alig confidence											.										.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	M	H	C	Q	T	T	L	.	K	Y	A	I	K	T	G	H	P	R	Y	F	N	Q	L	S	T	G	L	D	M	V	G	L	A	A	D	W	L	T	S	T	A	N	T	N	M	F	T	Y	E	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	F	V	L	L	E	Y	V	T	L	K	K	M	R	E	I	I
Template Known Secondary structure											.			S			T	T	S	T	T			S	S	S	S																					S	S		T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.		.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210										.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
		219	220	.	.		.	.			.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240															.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.				.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.
Query SS confidence						.			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.
Query Sequence		G	A	D	R	.	S	W	.	.	S	V	V	V	G	T	S	G	S	N	R	T	I	M	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	M	T	D	N	D	V	V	V	V	D	R	N	C	H	K	S	I	E	Q	G	L	M	L	T	G	A	.	.	.	K	P	V	Y	M	V	P	S	R	N	R
Query Conservation						.			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.
Alig confidence						.			.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	W	P	G	G	S	G	D	G	I	F	S	P	G	G	A	I	S	N	M	Y	A	M	M	I	A	R	F	K	M	F	P	E	V	K	E	K	G	M	A	A	L	P	R	L	I	A	F	T	S	E	H	S	H	F	S	L	K	K	G	A	A	A	L	G	I	G	T	D	S	V	I	L	I	K	C	D	E	R	G
Template Known Secondary structure		T		G	G	G		S						S	S																		T	T						G	G	G	S									T	T	S		T									T	T	S		G	G	G						B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.		.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.
Query SS confidence																																																.
Query Sequence		Y	G	I	I	G	P	I	Y	P	Q	E	M	Q	P	E	T	L	Q	K	K	I	S	E	S	P	L	T	K	D	K	A	G	Q	K	P	S	Y	C	V	V	T	N	C	T	Y	D	.	G	V	C	Y	N	A	K	E	A	Q	D	L	L	E	K	T	S	D	R	L	H	F	D	E	A	W	Y	G	Y	A	R	F	N
Query Conservation																																																.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.																		.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	M	I	P	S	D	L	E	R	R	I	L	E	A	K	.	.	.	.	Q	K	G	F	V	P	F	L	V	S	A	T	A	G	T	T	V	Y	G	A	F	D	P	L	L	A	V	A	D	I	C	K	K	Y	K	I	W	M	H	V	D	A	A	W	G	G	G	L	L	M	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		B														.	.	.	.		T	T										B	S		T	T	T			B														T								T	T	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template SS confidence
												309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.					.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.										.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	I	Y	A	D	H	Y	A	M	R	G	E	P	G	D	H	N	G	P	T	V	F	A	T	H	S	T	H	K	L	L	N	A	L	S	Q	A	S	Y	I	H	V	R	E	G	R	G	A	I	N	F	S	R	F	N	Q	A	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	M	H	A	T	T	S	P	L	Y	A	I	C
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	K	H	K	W	K	L	S	G	V	E	R	A	N	.	.	.	.	.	.	.	S	V	T	W	N	P	H	M	M	G	V	P	L	Q	C	S	A	L	L	V	.	.	.	.	.	.	.	R	E	E	G	L	M	Q	N	C	N	Q	M	H	D	L	S	Y	D	T	G	D	K	A	L	Q	C	G	R	H	V	D	V
Template Known Secondary structure		T	T	T	G	G	G	G	T	T	G	G	G		S	.	.	.	.	.	.	.												S	S								.	.	.	.	.	.	.	S	S	T	T											G	G	G			G	G	G	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.								.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.								.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	S	N	D	V	A	V	S	M	M	D	G	N	S	G	L	S	L	T	Q	E	V	I	D	E	A	V	D	F	R	Q	A	M	A	R	L	Y	K	E	F	T	A	D	G	S	W	F	F	K	P	W	N	K	E	V	V	T	D	P	Q	T	G	K	T	Y	D	F	A	D	A	P	T	K	L	L	T	T	V	Q	D
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	K	L	W	L	M	W	R	A	K	G	T	T	G	F	E	A	H	V	D	K	C	L	E	L	A	E	Y	L	Y	N	I	I	K	N	R	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	E	M	V	F	D	G	K	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																																				T	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490										.	.	.	.	.	.	.	.	.
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.					.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.					.	.	.	.	.	580
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.																								.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.																								.	.	.	.
Query Sequence		C	W	V	M	H	P	G	E	S	W	H	G	F	K	D	I	P	D	N	W	S	M	L	D	P	I	K	V	S	I	L	A	P	G	M	G	E	D	G	E	L	E	E	.	.	.	.	T	G	V	P	A	A	L	V	T	A	W	L	G	R	H	G	I	V	P	T	R	T	T	.	.	.	.	D	F	Q	I	M	F
Query Conservation																																													.	.	.	.																								.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.																								.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	H	T	N	V	C	F	W	Y	I	P	P	S	L	R	T	L	E	E	R	M	S	R	L	S	K	V	A	P	V	I	K	A	R	M	M	E	Y	G	T	T	M	V	S	Y	Q	P	L	G	D	K	V	N	F	F	R	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S									T	T	T	T	T									T	T													T	S									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
		581	.		.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		L	F	.	S	M	G	V	T	R	G	K	W	G	T	L	V	N	T	L	C	S	F	K	R	H
Query Conservation				.
Alig confidence				.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	S	N	P	A	A	T	H	Q	D	I	D	F	L	I	E	E	I	E	R	L	G	Q	D
Template Known Secondary structure						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.