Job Description P15043 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:25 GMT 2012 Rank 34 Aligned Residues 313 % Identity 21% Template c1wp9D_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: D: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase, putative; PDBTitle: crystal structure of pyrococcus furiosus hef helicase domain Resolution 2.90 Å

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		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.					.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.					.	.	90	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.																								.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.																								.	.	.	.
Query Sequence		Q	F	R	P	G	Q	E	E	I	I	D	T	V	L	S	G	R	D	C	L	V	V	M	P	T	G	G	G	K	S	L	C	Y	Q	I	P	A	L	L	L	.	.	.	.	N	G	L	T	V	V	V	S	P	L	I	S	L	M	K	D	Q	V	D	Q	L	Q	A	.	.	.	.	N	G	V	A	A	A	C	L	N
Query Conservation																																										.	.	.	.																								.	.	.	.
Alig confidence																.																										.	.	.	.																								.	.	.	.
Template Conservation																.
Template Sequence		Q	P	R	I	Y	Q	E	V	I	Y	A	K	C	K	.	E	T	N	C	L	I	V	L	P	T	G	L	G	K	T	L	I	A	M	M	I	A	E	Y	R	L	T	K	Y	G	G	K	V	L	M	L	A	P	T	K	P	L	V	L	Q	H	A	E	S	F	R	R	L	F	N	L	P	P	E	K	I	V	A	L	T
Template Known Secondary structure														G	G	.	G	S								T	T	S																	S		S							S	S															B		S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.		.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	T	Q	T	R	E	Q	Q	L	E	V	M	T	G	C	R	T	G	Q	I	R	L	L	Y	I	A	P	E	R	L	M	L	D	N	F	L	E	H	L	A	H	W	N	P	V	L	L	A	V	D	E	A	H	C	I	S	Q	W	G	H	D	F	R	P	E	Y	A	A	L	G	Q	L	R	Q	R	F	P	T	L	P
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Sequence		G	E	K	S	P	E	E	R	S	K	A	W	A	R	.	.	.	.	.	A	K	V	I	V	A	T	P	Q	T	I	E	N	D	L	L	A	G	R	I	S	L	E	D	V	S	L	I	V	F	D	E	A	H	R	A	V	G	N	Y	A	Y	.	.	.	.	V	F	I	A	R	E	Y	K	R	Q	A	K	N	P	L
Template Known Secondary structure		S		S												.	.	.	.	.		S															T	T	S			T	T	S		S						T	G	G	G		S	T	T				.	.	.	.												S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.						.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.					.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	M	A	L	T	A	T	A	D	D	T	T	R	Q	D	I	V	R	L	L	G	L	N	D	P	L	I	Q	I	S	S	F	D	R	P	N	I	R	Y	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	G	L	T	A	S	P	G	S	T	P	E	K	I	M	E	V	I	N	N	L	G	I	E	H	I	E	Y	R	S	E	N	S	P	D	V	R	P	Y	V	K	G	I	R	F	E	W	V	R	V	D	L	P	E	I	Y	K	E	V	R	K	L	L	R	E	M	L	R	D	A	L	K	P	L	A	E	T	G	L
Template Known Secondary structure							S		S		S	S												T									T	T	S	T	T	T	G	G	G	S																																						T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	S	S	S	P	D	I	P	K	K	E	V	L	R	A	G	Q	I	I	N	E	E	M	A	K	G	N	H	D	L	R	G	L	L	L	Y	H	A	M	A	L	K	L	H	H	A	I	E	L	L	E	T	Q	G	L	S	A	L	R	A	Y	I	K	K	L	Y	E	E	A	K	A	K	A	S	K	E	I	F	S
Template Known Secondary structure		S	S				T	T	S																	T	T	T			S	T	T	T																					T																										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
																						217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	M	E	K	F	K	P	L	D	Q	L	M	R	Y	V	Q	E	Q	R	G	K	S	G	I	I	Y	C	N	S	R	A	K	V	E	D	T	A	A	R	L	Q	S	K	G	I	S	A	A	A	Y	H	A	G	L	E	N	N	V	R	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	K	R	M	K	K	A	I	S	L	L	V	Q	A	K	E	I	G	L	D	H	P	K	M	D	K	L	K	E	I	I	R	E	Q	L	Q	R	K	Q	N	S	K	I	I	V	F	T	N	Y	R	E	T	A	K	K	I	V	N	E	L	V	K	D	G	.	.	.	.	.	.	I	K	A	K	R	F	R	E	Q	K
Template Known Secondary structure		S																T	T		S																			T	T								S															T	T	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.							.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	Q	E	K	F	Q	R	D	D	L	Q	I	V	V	A	T	V	A	F	G	M	G	I	N	K	P	N	V	R	F	V	V	H	F	D	I	P	R	N	I	E	S	Y	Y	Q	E	T	G	R	A	G	R	D	G	L	P	A	E	A	M	L	F	Y	D	P	A	D	M	A	W	L	R	R	C	L	E	E
Query Conservation
Alig confidence																																																									.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		L	I	L	D	E	F	A	R	G	E	F	N	V	L	V	A	T	S	V	G	E	E	G	L	D	V	P	E	V	D	L	V	V	F	Y	E	P	V	P	S	A	I	R	S	I	Q	R	R	G	R	T	G	R	H	M	.	P	G	R	V	I	I	L	M	A	K	G	T	R	D	E	A	Y	Y	W	S	S	R
Template Known Secondary structure										T	S		S						G	G	G	G	G	G	G	G	S	T	T							S	S													T	T	S		S			.		S								T	T	S									T
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.		.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.