Job Description P15043 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:25 GMT 2012 Rank 36 Aligned Residues 340 % Identity 21% Template c1c4oA_ PDB info PDB header:replication Chain: A: PDB Molecule:dna nucleotide excision repair enzyme uvrb; PDBTitle: crystal structure of the dna nucleotide excision repair enzyme uvrb2 from thermus thermophilus Resolution 1.50 Å

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		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40						.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	Q	Q	F	R	P	G	Q	E	E	I	I	D	T	V	L	S	G	.	.	.	.	.	R	D	C	L	V	V	M	P	T	G	G	G	K	S	L	C	Y	Q	I	P	A	L	L	L	N	G	L	T	V	V	V	S	P	L	I	S	L	M	K	D	Q	V	D	Q	L	Q	A	N	G	V	A	A	A	C	L	N	S
Query Conservation																				.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	P	S	P	K	G	D	Q	P	K	A	I	A	G	L	V	E	A	L	R	D	G	E	R	F	V	T	L	L	G	A	T	G	T	G	K	T	V	T	M	A	K	V	I	E	A	L	G	R	P	A	L	V	L	A	P	N	K	I	L	A	A	Q	L	A	A	E	F	R	E	L	F	P	E	N	A	V	E	Y	F
Template Known Secondary structure		S					T	T														T	T		S								T	T	S														T								S	S																T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
		98	.																												100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.		.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.
Query Sequence		T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	E	Q	Q	L	E	V	M	T	G	C	R	T	G	Q	I	R	L	L	Y	I	A	P	E	R	L	M	L	D	N	F	L	E	H	L	A	.	H	W	N	P	V	L	L	A	V	D	E	A	H
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.
Template Conservation
Template Sequence		I	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	G	K	D	L	Y	I	E	K	D	A	S	I	N	P	E	I	E	R	L	R	H	S	T	T	R	S	L	L	T	R	R	D	V	I	V	V	A	S	V	S	A	I	Y	G	L	G	D	P	R	E	Y	R	A	R	N	L	V	G	F	V	L	F	P	A	T	H
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	S							G	G	G	T								S																				S								G	G	G		S													B					B			S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	I	S	Q	W	G	H	D	F	R	P	E	Y	A	A	L	G	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	L	S	P	E	G	L	E	E	I	L	K	E	I	E	K	E	L	W	E	R	V	R	Y	F	E	E	R	G	E	V	L	Y	A	Q	R	L	K	E	R	T	L	Y	D	L	E	M	L	R	V	M	G	T	C	P	G	V	E	N	Y	A	R	Y	F	T	G	K	A	P	G	E	P	P	Y	T	L	L	D	Y	F
Template Known Secondary structure						S	S																						T	T																							S			T	T	G	G	G	G						T			T	T	S					G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
																																																					169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	R	F	P	T	L	P	F	M	A	L	T	A	T	A	D	D	T	T	R	Q	D	I	V	R	L	L	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.
Template Sequence		P	E	D	F	L	V	F	L	D	E	S	H	V	T	V	P	Q	L	Q	G	M	Y	R	G	D	Y	A	R	K	K	T	L	V	D	Y	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	R	F	E	E	F	L	E	R	V	S	Q	V	V	F	V	S	A	T	P	G	.	.	.	.	.	P	F	E	L	A	H	S
Template Known Secondary structure			T	T							T																									T	T	S	S		G	G	G	G	G	S	S										T		S							S	S			.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.						.	.	.	.	.	.	.
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.			.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.
Query SS confidence																																							.	.
Query Sequence		L	N	D	P	L	I	Q	I	S	S	F	D	R	P	N	I	R	Y	M	L	M	E	K	F	K	P	L	D	Q	L	M	R	Y	V	Q	E	Q	.	.	R	G	K	S	G	I	I	Y	C	N	S	R	A	K	V	E	D	T	A	A	R	L	Q	S	K	G	I	S	A	A	A	Y	H	A	G	L	E	N	N	V	R
Query Conservation																																							.	.
Alig confidence																																							.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	R	V	V	E	Q	I	I	R	P	T	G	L	L	D	P	L	V	R	V	K	P	T	E	N	Q	I	L	D	L	M	E	G	I	R	E	R	A	A	R	G	E	R	T	L	V	T	V	L	T	V	R	M	A	E	E	L	T	S	F	L	V	E	H	G	I	R	A	R	Y	L	H	H	E	L	D	A	F	K	R
Template Known Secondary structure		S							S		T	T												S	T	T															T	T								S	S														T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.						.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	V	Q	E	K	F	Q	R	D	D	L	Q	I	V	V	A	T	V	A	F	G	M	G	I	N	K	P	N	V	R	F	V	V	H	F	D	I	P	R	.	.	.	.	.	N	I	E	S	Y	Y	Q	E	T	G	R	A	G	R	D	G	L	P	A	E	A	M	L	F	Y	D	P	A	D	M	A	W	L	R	R
Query Conservation																																										.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																																																																.
Template Sequence		Q	A	L	I	R	D	L	R	L	G	H	Y	D	C	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	I	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	A	R	.	G	E	V	W	L	Y	A	D	R	V	S	E	A	M	Q	R	A
Template Known Secondary structure										T	T	S		S					S					T	T				T	T							T	T	T	T	S		S	G	G	G	S									G	G	G	T	T	S	T	T	.								S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.		.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	L	E	E	K	P	Q	G	Q	L	Q	D	I	E	R	H	K	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	E	E	T	N	R	R	R	A	L	Q	E	A	Y	N	L	E	H
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		559	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.