Job Description P19319 Confidence 91.94% Date Thu Jan 5 11:37:17 GMT 2012 Rank 79 Aligned Residues 185 % Identity 21% Template c3knzA_ PDB info PDB header:sugar binding protein Chain: A: PDB Molecule:putative sugar binding protein; PDBTitle: crystal structure of putative sugar binding protein (np_459565.1) from2 salmonella typhimurium lt2 at 2.50 a resolution Resolution 2.50 Å

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		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	A	A	A	N	V	W	T	I	K	T	Y	G	P	D	R	V	A	G	F	S	P	I	P	A	M	S	M	V	S	Y	A	A	G	T	R	Y	L	S	L	L	G	G	T	C	L	S	F	Y	D	W	Y	C	D	L	P	P	A	S	P	M	T	W	G	E	Q	T	D	V	P	E	S	A	D	W	Y	N	S	S
Query Conservation
Alig confidence																					.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	D	L	W	R	A	A	Q	A	L	T	E	R	G	V	T	R	I	I	.	L	T	G	S	G	T	S	Y	H	G	A	L	T	A	R	T	F	X	Q	R	W	C	A	L	P	V	D	V	C	W	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	X	L	D	D	E	T	L	A	R	S	G	K
Template Known Secondary structure														T	T						.																							T	S							G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G									S		S
Template Predicted Secondary structure																					.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.		.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.		.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.								.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure																																										.																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	I	I	A	W	G	S	N	V	P	Q	T	R	T	P	D	A	H	F	F	T	E	V	R	Y	K	G	T	K	T	I	A	I	T	P	D	Y	S	E	V	.	A	K	L	C	D	Q	W	L	A	P	K	Q	G	T	D	S	A	L	.	.	.	.	.	.	.	A	M	A	M	G	H	V	I	L	K	E	F	H	L
Query Conservation																																										.																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																												.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.
Template Sequence		A	L	V	V	G	I	S	Q	G	G	G	S	.	L	S	T	L	A	A	X	E	R	A	R	N	V	G	H	I	T	A	S	X	A	G	V	A	P	A	T	I	D	R	A	A	D	Y	I	L	T	V	P	C	G	E	T	K	G	Y	H	C	T	V	L	N	L	X	L	L	A	L	A	V	A	G	Q	Q	Q	R	L
Template Known Secondary structure									S	S	S			.													T	T								S	S	S	S		G	G	G	G	G		S											T																				T	T		S
Template Predicted Secondary structure														.
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	N	P	S	D	Y	F	I	N	Y	C	R	R	Y	S	D	M	P	M	L	V	M	L	E	P	R	D	D	G	S	Y	V	P	G	R	M	I	R	A	S	D	L	V	D	G	L	G	E	S	N	N	P	Q	W	K	T	V	A	V	N	T	A	G	E	L	V	V	P	N	G	S	I	G	F	R	W	G	E	K	G
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	.	.	.	.	.	.	E	Q	R	R	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.							.	.	.	170	.	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	W	N	L	E	S	I	A	A	G	T	E	T	E	L	S	L	T	L	L	G	Q	H	D	A	V	A	G	V	A	F	P	Y	F	G	G	I	E	N	P	H	F	R	S	V	K	H	N	P	V	L	V	R	Q	L	P	V	K	N	L	T	L	V	D	G	N	T	C	P	V	V	S	V	Y	D	L	V	L	A	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	R	X	E	K	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																											173	.	.	.	.	.	.
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	L	D	R	G	L	E	D	E	N	S	A	K	D	Y	A	E	I	K	P	Y	T	P	A	W	G	E	Q	I	T	G	V	P	R	Q	Y	I	E	T	I	A	R	E	F	A	D	T	A	H	K	T	H	G	R	S	M	I	I	L	G	A	G	V	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	N	H	L	P	A	L	V	T	A	S	Q	A	W	A	Q	T	N	A	L	A	L	R	D	S	.	.	.	.	.	.	A	D	I	R	L	T	G	P	A	T	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		T						T		.	.	.	.	.	.	S								G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.							.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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