Job Description P19319 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:37:17 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 740 % Identity 23% Template c1tmoA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:trimethylamine n-oxide reductase; PDBTitle: trimethylamine n-oxide reductase from shewanella massilia Resolution 2.50 Å

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		41	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	F	D	K	I	V	R	S	T	H	G	V	N	C	T	G	S	C	S	W	K	I	Y	V	K	N	G	L	V	T	W	E	I	Q	Q	T	D	Y	P	R	T	R	P	D	L	P	N	H	E	P	R	G	C	P	R	G	A	S	Y	S	W	Y	L	Y	S	A	N	R	L	K	Y	P	L	I	R	K	R	L	I	E
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	D	E	W	L	T	T	G	S	H	.	.	.	.	.	F	G	A	F	K	M	K	R	K	N	G	V	I	A	E	V	K	P	F	D	L	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	T	D	M	I	N	G	I	R	G	M	V	Y	N	P	S	R	V	R	Y	P	M	V	R	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												T	.	.	.	.	.	T									T	T									T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			G	G	G	G	T						S		T	T	B			S					.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.						.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.												.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.
		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.												.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	W	R	E	A	L	K	Q	H	S	D	P	V	L	A	W	A	S	I	M	N	D	P	Q	K	C	L	S	Y	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	R	G	R	G	G	F	I	R	S	N	W	Q	E	L	N	Q	L	I	A	A	A	N	V	W	T	I	K	T	Y	G	P	D	R	V	A	G	F
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	F	L	L	K	G	H	K	S	N	T	H	Q	R	G	D	F	R	F	V	R	V	T	W	D	K	A	L	T	L	F	K	H	S	L	D	E	V	Q	T	Q	Y	G	P	S	G	L	H	A	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							G	G	G	S		G	G	G	T	T	S																										T		G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																															64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
		190	.	.	.	.	.	.	.	.				.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.					.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure											.	.	.																						.															.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.																						.															.	.	.	.
Query Sequence		S	P	I	P	A	M	S	M	V	.	.	.	S	Y	A	A	G	T	R	Y	L	S	L	L	G	G	T	C	L	S	F	Y	D	.	W	Y	C	D	L	P	P	A	S	P	M	T	W	G	.	.	.	.	E	Q	T	D	V	P	E	S	A	D	W	Y	N	S	S	Y	I	I	A	W	G	S	N	V	P	Q	T	R
Query Conservation											.	.	.																						.															.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.																						.															.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	T	G	W	R	A	T	G	Q	L	H	S	S	T	S	H	M	Q	R	A	V	G	M	H	G	N	Y	V	K	K	I	G	D	Y	S	T	G	A	G	Q	T	I	L	P	Y	V	L	G	S	T	E	V	Y	A	Q	G	T	S	W	P	L	I	L	E	H	S	D	T	I	V	L	W	S	N	D	P	Y	K	N	L
Template Known Secondary structure								S		T	T	T												T	T				B						S	S	S	T	T									T	S	S			T	T	S													S						S							T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
		262	.	.	.													.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.		.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		T	P	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	F	F	T	E	V	R	Y	K	G	T	K	T	I	A	I	T	P	D	Y	S	E	V	A	K	L	.	C	D	Q	W	L	A	P	K	Q	G	T	D	S	A	L	A	M	A	M	G	H	V	I	L	K	E	F	H	L	D	N	P	S	D	Y	F	I
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.																																.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	V	G	W	N	A	E	T	H	E	S	F	A	Y	L	A	Q	L	K	E	K	V	K	Q	G	K	I	R	V	I	S	I	D	P	V	V	T	K	T	Q	A	Y	L	G	C	E	Q	L	Y	V	N	P	Q	T	D	V	T	L	M	L	A	I	A	H	E	M	I	S	K	K	L	Y	D	D	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S			S	S	B				T															T	S	S							S	S									T								T	T																T	T		S			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	Y	C	R	R	Y	S	D	M	P	M	L	V	M	L	E	P	R	D	D	G	S	Y	V	P	G	R	M	I	R	A	S	D	L	V	D	G	L	G	E	S	N	N	P	Q	W	K	T	V	A	V	N	T	A	G	E	L	V	V	P	N	G	S	I	G	F	R	W	G	E	K	G	K	W	N	L	E	S	I	A
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	F	I	Q	G	Y	S	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		269	270	.	.	.	.	.	.	.
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	T	E	T	E	L	S	L	T	L	L	G	Q	H	D	A	V	A	G	V	A	F	P	Y	F	G	G	I	E	N	P	H	F	R	S	V	K	H	N	P	V	L	V	R	Q	L	P	V	K	N	L	T	L	V	D	G	N	T	C	P	V	V	S	V	Y	D	L	V	L	A	N	Y	G	L	D	R	G	L	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	E	F	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																			278	.	280	.	.	.
		489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	N	S	A	K	D	Y	A	E	I	K	P	Y	T	P	A	W	G	E	Q	I	T	G	V	P	R	Q	Y	I	E	T	I	A	R	E	F	A	D	T	A	H	K	T	H	G	R	S	M	I	I	L	G	A	G	V	N	H	W	Y	H	M	D	M	N	Y	R	G	M	I	N	M	L	I	F	C	G	C	V	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	Y	V	M	G	T	K	D	G	V	A	K	T	P	E	W	A	A	P	I	C	G	V	E	A	H	V	I	R	D	L	A	K	T	L	V	K	G	.	.	.	.	.	.	R	T	Q	F	M	M	G	W	C	I	Q	R	Q	Q	H	G	E	Q	P	Y	W	M	A	A	V	L	A	T	M	I	G	Q	I	G
Template Known Secondary structure		.	.	.				T	T	T	T	S													T																S	.	.	.	.	.	.								S	G	G	G	S	S	T	T	T															T		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320							.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
		569	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	S	G	G	G	W	A	H	Y	V	G	Q	E	K	L	R	P	Q	T	G	W	L	P	L	A	F	A	L	D	W	N	R	P	P	R	Q	M	N	S	T	S	F	F	Y	N	H	S	S	Q	W	R	Y	E	K	V	S	A	Q	E	L	L	S	P	L	A	D	A	S	K	Y	S	G	H	L	I	D	F	N	V	R
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	Y	G	H	H	Y	S	S	I	G	V	P	S	S	G	A	A	A	P	G	A	F	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.			S		T	T	S	T	T	T	T	S													S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		355	.	.	.	.										360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
		649	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	R	M	G	W	L	P	S	A	P	Q	L	G	R	N	P	L	G	I	K	A	E	A	D	K	A	G	L	S	P	T	E	F	T	A	Q	A	L	K	S	G	D	L	R	M	A	C	E	Q	P	D	S	S	S	N	H	P	R	N	L	F	V	W	R	S	N	L	L	G	S	S	G	K	G	H	E	Y	M	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	D	E	N	Q	K	P	L	F	D	S	S	D	F	K	G	A	S	S	T	I	P	V	A	R	W	I	D	A	I	L	E	P	G	K	T	I	D	A	N	G	S	K	V	V	Y	P	D	I	K	M	M	I	F	S	G	N	N	P	W	N	H	H	Q	D	R	N	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	S			T	T				S	S						T	T	S		S				G	G	G							S	T	T						S	S	S														S							S	S				.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.
Template SS confidence
										385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
		729	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800			.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.
Query SS confidence																																																																										.	.
Query Sequence		K	Y	L	L	G	T	E	S	G	I	Q	G	E	E	L	G	A	S	D	G	I	K	P	E	E	V	E	W	Q	T	A	A	I	E	G	K	L	D	L	L	V	T	L	D	F	R	M	S	S	T	C	L	F	S	D	I	V	L	P	T	A	T	W	Y	E	K	D	D	M	N	T	S	.	.	D	M	H	P	F	I
Query Conservation																																																																										.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	M	K	Q	A	F	H	K	L	E	C	V	V	T	V	D	V	N	W	T	A	T	C	R	F	S	D	I	V	L	P	A	C	T	T	Y	E	R	N	D	I	D	V	Y	G	A	Y	A	N	R	G	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T		S							S	B							T		S					B			G	G	G	S								T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																														453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
		807	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	P	L	S	A	A	V	D	P	A	W	E	S	R	S	D	W	E	I	Y	K	G	I	A	K	A	F	S	Q	V	C	V	G	H	L	G	K	E	T	D	V	V	L	Q	P	L	L	H	D	S	P	A	E	L	S	Q	P	C	E	V	L	D	W	R	K	G	E	C	D	L	I	P	G	K	T	A	P	N	I	V
Query Conservation
Alig confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	M	Q	K	M	V	E	P	L	F	D	S	L	S	D	F	E	I	F	T	R	F	A	A	V	L	G	K	E	K	E	Y	T	R	N	M	G	E	M	E	W	L	E	T	L	Y	N	E	C	K	A	A	N	A	G	K	F	E	M	P	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S				T	T		B													T	T							T	T																			T	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
		887	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	E	R	D	Y	P	A	T	Y	E	R	F	T	S	L	G	P	L	M	D	K	L	G	N	G	G	K	G	I	S	W	N	T	Q	D	E	I	D	F	L	G	K	L	N	Y	T	K	R	D	G	P	A	Q	G	R	P	L	I	D	T	A	I	D	A	S	E	V	I	L	A	L	A	P	E	T	N	G	H	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	F	W	K	Q	G	Y	V	H	F	G	D	G	E	V	W	T	R	H	A	D	F	R	N	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T	T							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																								568	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
		967	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	K	A	W	Q	A	L	G	E	I	T	G	R	E	H	T	H	L	A	L	H	K	E	D	E	K	I	R	F	R	D	I	Q	A	Q	P	R	K	I	I	S	S	P	T	W	S	G	L	E	S	D	H	V	S	Y	N	A	G	Y	T	N	V	H	E	L	I	P	W	R	T	L	S	G	R	Q	Q	L	Y	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	N	P	L	G	T	P	S	G	L	I	E	I	F	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S			S	S	S	S	S	S			S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																		595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
		1047	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.				.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.
Query Sequence		D	H	P	W	M	R	A	F	G	E	S	L	V	A	Y	R	P	P	I	D	T	R	S	V	S	E	M	R	Q	I	P	P	N	G	F	P	E	K	A	L	N	F	L	T	P	H	Q	K	W	G	I	H	S	T	Y	S	E	N	L	L	M	L	T	L	S	.	.	.	R	G	G	P	I	V	W	I	S	E	T	D
Query Conservation																																																																			.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.																																									.									.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.																																									.
Template Sequence		R	K	I	D	Q	F	G	Y	D	D	C	.	.	.	.	.	K	G	H	P	T	W	M	E	K	T	E	R	S	H	G	G	P	G	S	D	K	H	P	I	W	L	Q	S	C	H	P	D	K	R	L	H	S	Q	M	C	.	E	S	R	E	Y	R	E	T	Y	A	V	N	G	R	E	P	V	Y	I	S	P	V	D
Template Known Secondary structure						T	T			T	T	S	.	.	.	.	.		S	S							S	S		S	S	S	S	T	T	T	T	T											S	S	S	B	T	T	B	T	T	.	T						T	T	T		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.																																									.
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.						.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.		.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.
		1124	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	E	L	T	I	V	D	N	D	W	V	E	V	F	N	A	N	G	A	L	T	A	R	A	V	V	S	Q	R	V	P	P	G	M	T	M	M	Y	H	A	Q	E	R	I	M	N	I	P	G	S	E	V	T	G	M	R	G	G	I	H	N	S	V	T	R	V	C	P	K	P	T	H	M	I	G	G	Y	A	Q
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.	.																																		.
Template Conservation																																													.	.	.																																		.
Template Sequence		A	K	A	R	G	I	K	D	G	D	I	V	R	V	F	N	D	R	G	Q	L	L	A	G	A	V	V	S	D	N	F	P	K	G	I	V	R	I	H	E	G	A	W	.	.	.	Y	G	P	V	G	K	D	G	S	T	E	G	G	A	E	V	G	A	L	C	S	Y	G	D	P	N	T	L	T	L	D	I	G	.
Template Known Secondary structure					T	T			T	T								S	S											T	T	S		T	T						T	T			.	.	.						T	T	S		S	G	G	G	G	S	T	T				S	S			G	G	G	S					B	.
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.																																		.
Template SS confidence
		685	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.				.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760
		1204	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	W	G	F	N	Y	Y	G	T	V	G	S	N	R	D	E	F	I	M	I	R	K	M	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	T	S	K	L	A	Q	A	C	S	A	Y	T	C	L	V	E	F	E	K	Y	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	S		T	T	T			B		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						761	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.