Job Description P0AAI5 Confidence 99.82% Date Thu Jan 5 11:13:01 GMT 2012 Rank 72 Aligned Residues 286 % Identity 19% Template c3h76A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:pqs biosynthetic enzyme; PDBTitle: crystal structure of pqsd, a key enzyme in pseudomonas2 aeruginosa quinolone signal biosynthesis pathway Resolution 1.80 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.		.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.							.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	V	V	V	T	G	L	G	M	L	S	P	V	.	G	N	T	V	E	S	T	W	K	A	L	.	.	.	.	.	.	L	A	G	Q	S	G	I	S	L	I	D	H	F	D	T	S	A	Y	A	T	K	F	A	G	L	V	K	D	F	N	C	E	D	I	I	S	R	K	E	Q	R	K	M	D	A	F	I	Q	Y
Query Conservation															.												.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.												.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	P	I	L	A	G	L	G	F	S	L	P	K	R	Q	V	S	N	H	D	L	V	G	R	I	N	T	S	D	E	F	I	V	E	R	T	G	V	R	T	R	Y	H	V	E	P	E	Q	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	L
Template Known Secondary structure														S										T	T	S	S																				T	T			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.																												.	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure																																																																																.
Query SS confidence																																																																																.
Query Sequence		G	I	V	A	G	V	Q	A	M	Q	D	S	G	L	E	I	T	E	E	N	A	T	R	I	G	A	A	I	G	S	G	I	G	G	L	G	L	I	E	E	N	H	T	S	L	M	N	G	G	P	R	K	I	S	P	F	F	V	P	S	T	I	V	N	M	V	A	G	H	L	T	I	M	Y	G	L	R	G	.	P
Query Conservation																																																																																.
Alig confidence																						.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation																						.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	V	P	A	A	R	Q	A	I	E	A	A	G	L	L	P	E	D	I	D	.	.	.	.	L	L	L	V	N	T	L	S	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	H	D	P	S	Q	A	C	L	I	Q	P	L	L	G	L	R	H	I	P
Template Known Secondary structure													T	T			G	G	G			.	.	.	.							S	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S											T			S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.					.	.	.	.	.	80	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	I	S	I	A	T	A	C	T	S	G	V	H	N	I	G	H	A	A	R	I	I	A	Y	G	D	A	D	V	M	V	A	G	G	A	E	K	A	S	T	P	L	G	V	G	G	F	G	A	A	R	A	L	S	T	R	N	D	N	P	Q	A	A	S	R	P	W	D	K	E	R	D	G	F	V	L	G	D	G	A
Query Conservation
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	D	I	R	A	Q	C	S	G	L	L	Y	G	L	Q	M	A	R	G	Q	I	L	A	G	L	A	R	H	V	L	V	V	C	G	E	V	L	S	K	R	M	D	C	S	D	R	G	R	N	L	S	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	D	G	A
Template Known Secondary structure								G	G	G															T	T	S		S											G	G	G				S	T	T	T					T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	160	.	.	.
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	280	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	M	L	V	L	E	E	Y	E	H	A	K	K	R	G	A	K	I	Y	A	E	L	V	G	F	G	M	S	S	D	A	Y	H	M	T	S	P	P	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	G	A	A	L	A
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	V	V	V	S	A	G	E	S	L	E	D	G	.	.	.	.	.	.	.	L	L	D	L	R	L	G	A	D	G	N	Y	F	D	L	L	M	T	A	A	P	G	S	A	S	P	T	F	L	D	E	N	V	L	R	E	G	G	G	E	F	L	M	R	G	R	P	M	F	E	H	A	S	Q	T	L	V	R	I
Template Known Secondary structure												S	S	S		.	.	.	.	.	.	.										G	G	G	G	G	G						S	S	T	T	S	S	S	S	S						T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.								.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	A	N	A	L	R	D	A	G	I	E	A	S	Q	I	G	Y	V	N	A	H	G	T	S	T	P	A	G	D	K	A	E	A	Q	A	V	K	T	I	F	G	E	A	A	S	R	V	L	V	S	S	T	K	S	M	T	G	H	L	L	G	A	A	G	A	V	E	S	I	Y	S	I	L	A	L	R	D	Q	A	V
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	E	M	L	A	A	H	E	L	T	L	D	D	I	D	H	V	I	C	H	Q	P	N	L	R	I	.	.	.	.	.	L	D	A	V	Q	E	Q	L	G	I	P	Q	H	K	F	A	.	.	V	T	V	D	R	L	G	N	M	A	S	A	S	T	P	V	T	L	A	M	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T	T			G	G	G									S	S				.	.	.	.	.									T			G	G	G	B		.	.								B		G	G	G										G	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.						.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.			280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	P	T	I	N	L	D	N	P	D	E	G	C	D	L	D	F	V	P	H	E	A	R	Q	V	S	G	M	E	Y	T	L	C	N	S	F	G	F	G	G	T	N	G	S	L	I	F	K	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	I	Q	P	G	Q	R	V	L	V	L	T	Y	G	S	G	A	T	W	G	A	A	L	Y	R	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S		T	T										T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																								302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.