Job Description P0AAI5 Confidence 99.47% Date Thu Jan 5 11:13:01 GMT 2012 Rank 83 Aligned Residues 300 % Identity 20% Template c2v4wB_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:hydroxymethylglutaryl-coa synthase, PDBTitle: crystal structure of human mitochondrial 3-hydroxy-3-2 methylglutaryl-coenzyme a synthase 2 (hmgcs2) Resolution 1.70 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.		.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.
Query SS confidence																			.
Query Sequence		M	S	K	R	R	V	V	V	T	G	L	G	M	L	S	P	V	.	G	N	T	V	E	S	T	W	K	A	L	L	A	G	Q	S	G	I	S	L	I	D	H	F	D	T	S	A	Y	A	T	K	F	A	G	L	V	K	D	F	N	C	E	D	I	I	S	R	K	E	Q	R	K	M	D	A	F	I	Q	Y	G	I
Query Conservation																			.
Alig confidence						.													.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	P	K	D	.	V	G	I	L	A	L	E	V	Y	F	P	A	Q	Y	V	D	Q	T	D	L	E	K	Y	N	N	V	E	A	G	K	Y	T	V	G	L	G	Q	T	R	M	G	F	C	S	V	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	I	N	S	L	C	L
Template Known Secondary structure				S	S	.												S												T	T			T	T																T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		50	.	.	.		.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						100	.	.	.	.	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		V	A	G	V	Q	A	M	Q	D	S	G	L	E	I	T	E	E	N	A	T	R	I	G	A	A	I	G	S	G	I	G	G	L	G	L	I	E	E	N	H	T	S	L	M	N	G	G	P	R	K	I	S	P	F	F	V	P	S	T	I	V	N	M	V	A	G	H	L	T	I	M	Y	G	L	R	G	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	V	V	Q	R	L	M	E	R	I	Q	L	P	W	D	S	V	G	.	.	.	.	R	L	E	V	G	T	E	T	I	I	D	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	V	K	T	V	L	M	E	L	F	Q	D	S	G	N	T	D	I
Template Known Secondary structure												T			G	G	G			.	.	.	.							S			S		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							G	G	G	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.					.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.			.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.
Query SS confidence																															.	.
Query Sequence		P	S	I	S	I	A	T	A	C	T	S	G	V	H	N	I	G	H	A	A	R	I	I	A	Y	G	D	A	D	.	.	V	M	V	A	G	G	A	E	K	A	S	T	P	L	G	V	G	G	F	G	A	A	R	A	L	S	T	R	N	D	N	P	Q	A	A	S	R	P	W	D	K	E	R	D	G	F	V	L	G
Query Conservation																															.	.
Alig confidence																															.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	G	I	D	T	T	N	A	C	Y	G	G	T	A	S	L	F	N	A	A	N	W	M	E	S	S	S	W	D	G	R	Y	A	M	V	V	C	G	D	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	P	S	G	N	A	R	P	T	G	G
Template Known Secondary structure		B						S	G	G	G														T	S	T	T			S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.		.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	A	G	M	L	V	L	E	E	Y	E	H	A	K	K	R	G	A	K	I	Y	A	E	L	V	G	F	G	M	.	S	S	D	A	Y	H	M	T	S	P	P	E	N	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	A	L	A	M	A	N
Query Conservation																																.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.														.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	A	V	A	M	L	I	G	P	.	.	.	.	.	.	.	K	A	P	L	A	L	E	R	G	L	R	G	T	H	M	E	N	V	Y	D	F	Y	K	P	N	L	A	S	E	Y	P	I	V	D	G	K	L	S	I	Q	C	Y	L	R	A	L	D	R	C	Y	T	S	Y	R	K	K	I	Q	N	Q	W	K	Q
Template Known Secondary structure											S	.	.	.	.	.	.	.	S		S					T	T											S						T	T		S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220								.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	R	D	A	G	I	E	A	S	Q	I	G	Y	V	N	A	H	G	T	S	T	P	A	G	D	K	A	E	A	Q	A	V	K	T	I	F	G	E	A	A	S	R	V	L	V	S	S	T	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	S	D	R	P	F	T	L	D	D	L	Q	Y	M	I	F	H	T	P	F	C	K	M	V	Q	K	S	L	A	R	L	M	F	N	D	F	L	S	A	S	S	D	T	Q	T	S	L	Y	K	G	L	E	A	F	G	G	L	K	L	E	D	T	Y	T	N	K	D	L	D	K	A	L	L	K	A	S	Q	D	M
Template Known Secondary structure		T	T							G	G	G		S							S	S																			S										G	G	G	G	G	G	T	T			G	G	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
															338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	T	G	H	L	L	G	A	A	G	A	V	E	S	I	Y	S	I	L	A	L	R	D	Q	A	V	P	P	T	I	N	L	D	N	P	D	E	G	C	D	L	D	F	V	P	H	E	A	R	Q	V	S	G	M	E	Y	T	L	C	N	S	F	G	F	G	G	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Sequence		F	D	K	K	T	K	A	S	L	Y	L	S	T	H	N	G	N	M	Y	T	S	S	L	Y	G	C	L	A	S	L	L	S	H	H	S	A	Q	E	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	R	I	G	A	F	S	Y	G	.	S	G	L
Template Known Secondary structure						T	G	G	G	G										G	G	G													S						T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T										.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	410	.	.	.		.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	S	L	I	F	K	K	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	A	S	F	F	S	F	R	V
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		417	.	.	420	.	.	.	.	.