Job Description P0AAI5 Confidence 99.41% Date Thu Jan 5 11:13:01 GMT 2012 Rank 88 Aligned Residues 297 % Identity 20% Template c2p8uB_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:hydroxymethylglutaryl-coa synthase, cytoplasmic; PDBTitle: crystal structure of human 3-hydroxy-3-methylglutaryl coa synthase i Resolution 2.00 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.		.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure															.
Query SS confidence															.
Query Sequence		R	V	V	V	T	G	L	G	M	L	S	P	V	.	G	N	T	V	E	S	T	W	K	A	L	L	A	G	Q	S	G	I	S	L	I	D	H	F	D	T	S	A	Y	A	T	K	F	A	G	L	V	K	D	F	N	C	E	D	I	I	S	R	K	E	Q	R	K	M	D	A	F	I	Q	Y	G	I	V	A	G	V
Query Conservation															.
Alig confidence															.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	G	I	V	A	L	E	I	Y	F	P	S	Q	Y	V	D	Q	A	E	L	E	K	Y	D	G	V	D	A	G	K	Y	T	I	G	L	G	Q	A	K	M	G	F	C	T	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	I	N	S	L	C	M	T	V	V	Q
Template Known Secondary structure														S													T			T	T																T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.			.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.
Query SS confidence																																																																										.	.
Query Sequence		Q	A	M	Q	D	S	G	L	E	I	T	E	E	N	A	T	R	I	G	A	A	I	G	S	G	I	G	G	L	G	L	I	E	E	N	H	T	S	L	M	N	G	G	P	R	K	I	S	P	F	F	V	P	S	T	I	V	N	M	V	A	G	H	L	T	I	M	Y	G	L	R	G	.	.	P	S	I	S	I	A
Query Conservation																																																																										.	.
Alig confidence																.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation																.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	M	E	R	N	N	L	S	Y	D	C	I	G	.	.	.	.	R	L	E	V	G	T	E	T	I	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	S	K	S	V	K	T	N	L	M	Q	L	F	E	E	S	G	N	T	D	I	E	G	I	D
Template Known Secondary structure							T	T			G	G	G			.	.	.	.							S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S							G	G	G	T	G	G	G	T					B
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.					.	90	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
		162		.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.			.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.																							.	.
Query SS confidence			.																							.	.
Query Sequence		T	.	A	C	T	S	G	V	H	N	I	G	H	A	A	R	I	I	A	Y	G	D	A	D	.	.	V	M	V	A	G	G	A	E	K	A	S	T	P	L	G	V	G	G	F	G	A	A	R	A	L	S	T	R	N	D	N	P	Q	A	A	S	R	P	W	D	K	E	R	D	G	F	V	L	G	D	G	A	G	M
Query Conservation			.																							.	.
Alig confidence			.																							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	T	N	A	Y	G	G	T	A	A	V	F	N	A	V	N	W	I	E	S	S	S	W	D	G	R	Y	A	L	V	V	A	G	D	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	A	T	G	N	A	R	P	T	G	G	V	G	A	V	A
Template Known Secondary structure																					S	T	T			S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.		.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																											.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	V	L	E	E	Y	E	H	A	K	K	R	G	A	K	I	Y	A	E	L	V	G	F	G	M	.	S	S	D	A	Y	H	M	T	S	P	P	E	N	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	A	L	A	M	A	N	A	L	R	D	A
Query Conservation																											.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.														.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	I	G	P	.	.	.	.	.	.	.	N	A	P	L	I	F	E	R	G	L	R	G	T	H	M	Q	H	A	Y	D	F	Y	K	P	D	M	L	S	E	Y	P	I	V	D	G	K	L	S	I	Q	C	Y	L	S	A	L	D	R	C	Y	S	V	Y	C	K	K	I	H	A	Q	W	Q	K	E	G	N	D	K
Template Known Secondary structure						S	.	.	.	.	.	.	.	S		S					T	T											S						T	T		S	S																																		T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		179	180	.	.	.								.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	E	A	S	Q	I	G	Y	V	N	A	H	G	T	S	T	P	A	G	D	K	A	E	A	Q	A	V	K	T	I	F	G	E	A	A	S	R	V	L	V	S	S	T	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	F	T	L	N	D	F	G	F	M	I	F	H	S	P	Y	C	K	L	V	Q	K	S	L	A	R	M	L	L	N	D	F	L	N	D	Q	N	R	D	K	N	S	I	Y	S	G	L	E	A	F	G	D	V	K	L	E	D	T	Y	F	D	R	D	V	E	K	A	F	M	K	A	S	S	E	L	F	S	Q	K	T
Template Known Secondary structure					G	G	G		S							S	S																				T	T	G	G	G		G	G	G	T	T		G	G	G	T	T			G	G	G		T	T												T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
									337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	S	M	T	G	H	L	L	G	A	A	G	A	V	E	S	I	Y	S	I	L	A	L	R	D	Q	A	V	P	P	T	I	N	L	D	N	P	D	E	G	C	D	L	D	F	V	P	H	E	A	R	Q	V	S	G	M	E	Y	T	L	C	N	S	F	G	F	G	G	T	N	G	S	L	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Sequence		K	A	S	L	L	V	S	N	Q	N	G	N	M	Y	T	S	S	V	Y	G	S	L	A	S	V	L	A	Q	Y	S	P	Q	Q	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	R	I	G	V	F	S	Y	G	.	S	G	L	A	A	T	L	Y
Template Known Secondary structure		T	G	G	G										G	G	G													S						T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T										.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	370	.	.	.	.	.	.		.	.	.	380	.	.	.	.
		410	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	K	K	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	L	K	V
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		385	.	.	.