Job Description P0AAI5 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:13:01 GMT 2012 Rank 40 Aligned Residues 302 % Identity 23% Template c2d3tC_ PDB info PDB header:lyase, oxidoreductase/transferase Chain: C: PDB Molecule:3-ketoacyl-coa thiolase; PDBTitle: fatty acid beta-oxidation multienzyme complex from2 pseudomonas fragi, form v Resolution 3.40 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	S	K	R	R	V	V	V	T	G	L	G	M	L	S	P	V	G	N	T	V	E	S	T	W	K	A	L	L	A	G	Q	S	G	I	S	L	I	D	H	F	D	T	S	A	Y	A	T	K	F	A	G	L	V	K	D	F	N	C	E	D	I	I	S	R	K	E	Q	R	K	M	D	A	F	I	Q	Y	G	I	V
Query Conservation
Alig confidence														.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	P	R	D	V	V	I	V	D	F	G	.	R	T	P	M	G	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	G	M	H	R	N	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	D	M	S	A	H
Template Known Secondary structure				T	T	S								.							S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure														.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.		.	.	.	.	.	20	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	30																.	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.		.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.			.	.	.
Predicted Secondary structure									.																																																																				.	.
Query SS confidence									.																																																																				.	.
Query Sequence		A	G	V	Q	A	M	Q	.	D	S	G	L	E	I	T	E	E	N	A	T	R	I	G	A	A	I	G	S	G	I	G	G	L	G	L	I	E	E	N	H	T	S	L	M	N	G	G	P	R	K	I	S	P	F	F	V	P	S	T	I	V	N	M	V	A	G	H	L	T	I	M	Y	G	L	R	.	.	G	P	S
Query Conservation									.																																																																				.	.
Alig confidence									.											.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation																				.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	I	S	K	V	L	E	R	N	S	K	V	D	P	G	E	V	E	.	.	.	.	D	V	I	W	G	C	V	N	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	Q	G	W	N	I	A	R	M	A	S	L	M	T	Q	I	P	H	T	S	A	A
Template Known Secondary structure									T	T	T	T	S		G	G	G			.	.	.	.							S	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T	T	T							T	T	S	S	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.					.	.	.	.	60	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	S	I	A	T	A	C	T	S	G	V	H	N	I	G	H	A	A	R	I	I	A	Y	G	D	A	D	V	M	V	A	G	G	A	E	K	A	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	T	V	S	R	L	C	G	S	S	M	S	A	L	H	T	A	A	Q	A	I	M	T	G	N	G	D	V	F	V	V	G	G	V	E	H	M	G	H	V	S	M	M	H	G	V	D	P	N	P	H	M	S	L	Y	A	A	K	A	S	G	M	M	G	L	T	A	E	M	L	G	K	M	H	G	I	S	R	E	Q
Template Known Secondary structure							G	G	G															T	T	S		S										T	T	T	S		T	T	S	S					G	G	G	G	G	T	S		G	G	G	G	S												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
				197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.								.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	P	L	G	V	G	G	F	G	A	A	R	A	L	S	T	R	N	D	N	P	Q	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	P	W	D	K	E	R	D	G	F	V	.	.	.	.	.	.	.	L	G	D	G
Query Conservation		.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	D	A	F	A	V	R	S	H	Q	L	A	H	K	A	T	V	E	G	K	F	K	D	E	I	I	P	M	Q	G	Y	D	E	N	G	F	L	K	I	F	D	Y	D	E	T	I	R	P	D	T	T	L	E	S	L	A	A	L	K	P	A	F	N	P	K	G	G	T	V	T	A	G	T	S	S	Q	I	T	D	G
Template Known Secondary structure																			T	T	S	S	T	T	T	B								T	T								S		T	T			T	T								T	S			S	S		T	T	T					T	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	M	L	V	L	E	E	Y	E	H	A	K	K	R	G	A	K	I	Y	A	E	L	V	G	F	G	M	S	S	D	A	Y	H	M	T	S	P	P	E	N	G	A	G	A	A	L	A	M	A	N	A	L	R	D	A	G	I	E	A	S	Q	I	G	Y	V	N	A	H	G	T	S	T	P	A	G	D	K	A	E
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.
Template Sequence		A	S	C	M	I	V	M	S	A	Q	R	A	K	D	L	G	L	E	P	L	A	V	I	R	S	M	A	V	A	G	V	.	.	.	.	.	D	P	A	I	M	G	Y	G	P	V	P	A	T	Q	K	A	L	K	R	A	G	L	N	M	A	D	I	D	F	I	E	L	N	E	A	F	A	.	.	.	.	A	Q	A
Template Known Secondary structure																	T				S												.	.	.	.	.		G	G	G	G	G	G												T	T	T			T	T	T		S							S	B		.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.						280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.					.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.			.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.
Query SS confidence									.	.
Query Sequence		A	Q	A	V	K	T	I	.	.	F	G	E	A	A	S	R	V	L	V	S	S	T	K	S	M	T	G	H	L	L	G	A	A	G	A	V	E	S	I	Y	S	I	L	A	L	R	D	Q	A	V	P	P	T	I	N	L	D	N	P	D	E	G	C	D	L	D	F	V	P	H	E	A	R	Q	V	S	G	M	E	Y
Query Conservation									.	.
Alig confidence									.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	V	L	K	D	L	K	V	L	D	K	M	N	E	K	V	N	L	H	G	G	A	I	A	L	G	H	P	F	G	C	S	G	A	R	I	S	G	T	L	L	N	V	M	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	N	G	G	T	F
Template Known Secondary structure								T	T		G	G	G					B	S	S	S										T	T	T															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	370	.
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	C	N	S	F	G	F	G	G	T	N	G	S	L	I	F	K	K	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	L	S	T	M	C	I	G	L	G	Q	G	I	A	T	V	F	E	R	V
Template Known Secondary structure									T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.