Job Description P0AAI5 Confidence 99.88% Date Thu Jan 5 11:13:01 GMT 2012 Rank 64 Aligned Residues 330 % Identity 15% Template c1cmlA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:protein (chalcone synthase); PDBTitle: chalcone synthase from alfalfa complexed with malonyl-coa Resolution 1.69 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.														.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.					.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Query Sequence		S	K	R	R	V	V	V	T	G	L	G	M	L	S	P	V	G	N	T	V	E	S	T	W	K	A	L	L	A	G	Q	S	G	I	S	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	F	D	T	S	A	Y	A	T	K	F	A	G	L	V	K	D	F	N	C	E	D	I	.	.	.	.	I	S
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	G	P	A	T	I	L	A	I	G	T	A	N	P	A	N	C	V	E	Q	S	T	Y	P	D	F	Y	F	K	I	T	N	S	E	H	K	T	E	L	K	E	K	F	Q	R	M	C	D	K	S	M	I	K	R	R	Y	M	Y	L	T	E	E	I	L	K	E	N	P	N	V	C	E	Y	M	A	P	S	L	D
Template Known Secondary structure				S													S					S	T	T									T	T		T	T															S								S														S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		13	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	K	E	Q	R	K	M	D	A	F	I	Q	Y	G	I	V	A	G	V	Q	A	M	Q	D	S	G	L	E	I	T	E	E	N	A	T	R	I	G	A	A	I	G	S	G	I	G	G	L	G	L	I	E	E	N	H	T	S	L	M	N	G	G	P	R	K	I	S	P	F	F	V	P	S	T	I	V	N	M	V	A
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	R	Q	D	M	V	V	V	E	V	P	R	L	G	K	E	A	A	V	K	A	I	K	E	W	G	Q	P	K	S	K	I	T	.	.	.	.	H	L	I	V	C	T	T	S	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	M	P	G	A	D
Template Known Secondary structure																												S		G	G	G			.	.	.	.							S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.					.	.	.	.	130	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	140	.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.				.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.
Query Sequence		G	H	L	T	I	M	Y	G	L	R	G	P	S	I	S	I	A	.	.	.	T	A	C	T	S	G	V	H	N	I	G	H	A	A	R	I	I	A	Y	G	D	A	D	V	M	V	A	G	G	A	E	K	A	S	T	P	L	G	V	G	G	F	G	A	A	R	A	L	S	T	R	N	D	N	P	Q	A	A	S	R
Query Conservation																			.	.	.
Alig confidence																			.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Q	L	T	K	L	L	G	L	R	P	Y	V	K	R	Y	M	M	Y	Q	Q	G	A	F	A	G	G	T	V	L	R	L	A	K	D	L	A	E	N	N	K	G	A	R	V	L	V	V	C	S	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	V
Template Known Secondary structure									T			T	T								S			T	T															T	S	T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.																										.	.	.
		222	.	.	.	.	.	.									.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	W	D	K	E	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	V	L	G	D	G	A	G	M	L	V	L	E	E	Y	E	H	A	K	K	R	G	A	K	I	Y	A	E	L	V	G	F	G	M	S	S	D	A	Y	H	M	T	S	P	P	E	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	F	R	G	P	S	D	T	H	L	D	S	L	V	G	Q	A	L	F	G	D	G	A	A	A	L	I	V	G	S	D	P	V	P	E	I	E	K	P	I	F	E	M	V	W	T	A	Q	T	I	A	P	D	S	E	G	A	I	D	G	H	L	R	E	A	G	L	T	F	H	L	L	K	D	V	P	G	I	V	S
Template Known Secondary structure		T						T	T											B											S	S			B	T	T	B															T	T		T	T	S							T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.		.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		A	G	A	A	L	A	M	A	N	A	L	R	D	A	G	I	E	A	S	Q	I	G	Y	V	N	A	H	G	T	S	T	P	A	G	D	K	A	E	A	Q	A	V	K	T	I	F	G	E	A	A	S	R	V	L	V	S	.	S	T	K	S	M	T	G	H	L	L	G	A	A	G	A	V	E	S	I	Y	S	I	L
Query Conservation																																																										.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.																			.																							.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.																																										.
Template Sequence		K	N	I	T	K	A	L	V	E	A	F	E	P	L	G	I	S	D	Y	N	S	I	F	W	I	A	H	P	G	G	P	A	I	.	.	.	.	.	L	D	Q	V	E	Q	K	L	A	L	K	P	E	K	M	N	A	T	R	E	V	L	S	E	Y	G	N	M	S	S	A	C	V	L	F	I	L	D	E	M	R	.
Template Known Secondary structure													G	G	G	T				T	T	S	S							S	S				.	.	.	.	.									T			G	G	G	G												B		G	G	G											.
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.																																										.
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.						310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	R	D	Q	A	V	P	P	T	I	N	L	D	N	P	D	E	G	C	D	L	D	F	V	P	H	E	A	R	Q	V	S	G	M	E	Y	T	L	C	N	S	F	G	F	G	G	T	N	G	S	L	I	F	K	K	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	S	T	Q	N	G	L	K	T	T	G	E	G	L	E	W	G	V	L	F	G	F	G	P	G	L	T	I	E	T	V	V	L	R	S	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T		S	B	T	T	T	T		S									T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.